Il a été suggéré que les mammifèresmammifères avaient développé l'empreinte génomiquegénomique pour que puissent s'exprimer les intérêts divergents que les gènesgènes paternels et maternels ont par rapport à la progéniture.
L'étude des fossilesfossiles semble indiquer que de nombreuses lignées de mammifères ont peu à peu acquis une capacité crânienne plus grande, mais il se pourrait que les différences entre la vie des mâles et celle des femelles aient soumis le cerveaucerveau à des modes de sélection différents, qui ont favorisé un remodelage sous contrôle de l'empreinte génomique.

Empreinte génomique paternelle et empreinte génomique maternelle
On dit de beaucoup de sociétés de primates qu'elles sont cimentées par les femelles, alors que les mâles sont plus indépendants du groupe. Ce sont les femelles qui donnent au groupe sa stabilité et sa cohésion ; plus attachées au groupe, ce sont elles qui, de génération en génération, assurent sa continuité. Elles sont le creuset de la société matrilinéaire, dont font partie les filles, mais pas les fils. Les mâles se détachent plus vite du groupe natal, sont sexuellement très actifs, ont des comportements agressifs et des liens hiérarchiques beaucoup plus ouverts.
Aussi, l'évolution cérébrale peut-elle avoir été soumise à des modes de sélection différents, épousant les différences comportementales les plus aptes à permettre à l'un et l'autre sexe d'avoir son meilleur rendement reproductif. Des impératifs de sélection différents ont donc pu agir sur les gènes selon qu'ils étaient contrôlés par l'empreinte génomique paternelle ou maternelle, mais telle est la nature de l'empreinte génomique que les effets sont aussi bien transmis aux fils qu'aux filles et que les différences liées au sexe sont encore amplifiées par les hormoneshormones testiculaires et ovariennes.
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