Un pangolin, l'espèce est en voie de disparition en raison du braconnage et de la perte de son habitat.© Jiri Prochazka, Adobe Stock

Santé

Coronavirus : le pangolin est soupçonné d'être le chaînon manquant

ActualitéClassé sous :Coronavirus , 2019-nCoV , Pangolin

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Le pangolin est l'espèce la plus braconnée au monde, loin devant les éléphants ou les rhinocéros. Victime d'un trafic illégal, ce petit mammifère, menacé d'extinction, est très prisé pour sa chair, ses écailles, ses os et ses organes dans la médecine traditionnelle asiatique. Il pourrait être l'animal qui aurait transmis le virus, c'est ce qu'avancent des chercheurs chinois tandis que d'autres appellent à la prudence. 

Le pangolin, petit mammifère à écailles menacé d'extinction, est-il l'animal qui a transmis le nouveau coronavirus à l'homme ? Des chercheurs chinois ont avancé cette hypothèse vendredi, mais d'autres scientifiques appellent à la prudence en attendant une confirmation définitive.

L'animal, qui héberge un virus sans être malade et peut le transmettre à d'autres espèces, est appelé « réservoir ». Dans le cas du nouveau coronavirus, il s'agit certainement de la chauve-souris : selon une récente étude, les génomes de ce virus et de ceux qui circulent chez cet animal sont identiques à 96 %. Mais le virus de chauve-souris n'étant pas équipé pour se fixer sur les récepteurs humains, il est sans doute passé par une autre espèce pour s'adapter à l'homme.

 Le pangolin pourrait être un « possible hôte intermédiaire ». © Sabrina Blanchard, AFP

Le pangolin est-il le chaînon manquant ? 

L'identité de cet animal intermédiaire fait l'objet de nombreuses interrogations depuis le début de l'épidémie. L'hypothèse du serpent, un temps avancée, avait vite été balayée. Vendredi, l'Université d'agriculture du sud de la Chine a jugé que le pangolin pourrait être « un possible hôte intermédiaire », sans toutefois donner beaucoup de précisions. On sait seulement que les analyses génétiques de virus prélevé sur les pangolins et les Hommes étaient à 99 % identiques, selon l'agence étatique Chine nouvelle. Ces éléments ne sont « pas suffisants pour conclure, a tempéré un scientifique britannique, le Pr James Wood. Les preuves de l'implication du pangolin n'ont pas été publiées dans une revue scientifique », critère indispensable pour accréditer cette hypothèse, a-t-il commenté.

« Il faudrait voir l'ensemble des données génétiques pour connaître le degré de proximité entre les virus du pangolin et de l'Homme », a renchéri un autre scientifique britannique, le Pr Jonathan Ball. Le nouveau virus a fait son apparition en décembre dans un marché de Wuhan (centre de la Chine). Malgré son nom de Marché de fruits de mer, de nombreux autres animaux, dont des mammifères sauvages, y étaient vendus pour être mangés. On ne sait pas si le pangolin en faisait partie. Lors de l'épidémie de Sras (2002-2003), également causée par un coronavirus, l'intermédiaire était la civette, petit mammifère dont la viande est appréciée en Chine.

Un biologiste à l'Institut Pasteur, le 28 janvier 2020 à Paris. © Thomas Samson, AFP, Archives

Comment se déroulent les enquêtes sur les animaux ?

Avant de cibler le pangolin, les chercheurs chinois ont testé plus de 1.000 échantillons provenant d'animaux sauvages. Ils ont vraisemblablement dû recenser tous les types d'animaux vendus dans le marché et faire des tests pour voir s'ils étaient porteurs du virus. Pour cela, on réalise « un prélèvement pharyngé (dans la gorge, ndlr) et un prélèvement de selles », explique à l'AFP Arnaud Fontanet, de l'Institut Pasteur.

La virologue Martine Peeters, de l'IRD (Institut de recherche pour le développement), a enquêté en Afrique pour trouver l'animal réservoir du virus Ebola. Là aussi, la chauve-souris était en cause. La chercheuse décrit des prélèvements sur cet animal : « On leur passe un écouvillon dans la bouche et un autre dans le rectum». À défaut de disposer de l'animal lui-même, il faut également prélever des excréments dans la nature. « On a collecté des milliers de crottes dans de nombreux sites en Afrique », raconte Martine Peeters à l'AFP.

C'est sans doute aussi ce qu'ont fait les chercheurs chinois pour le nouveau coronavirus, d'autant que le marché de Wuhan a été fermé au début de l'épidémie. Fin janvier, une équipe chinoise avait dit avoir réalisé 585 prélèvements sur des étals et dans un camion poubelle  du marché, et « avoir retrouvé le coronavirus dans 33 d'entre eux, indique le Pr Fontanet. Ils ne disent pas de quels échantillons il s'agissait, mais je pense que c'était des excréments qui traînaient sur les établis. »

Des techniciens de laboratoire travaillent sur des échantillons prélevés sur des personnes à tester pour le nouveau coronavirus, le 6 février 2020 à Wuhan. © STR, AFP

De l'importance de connaître l'animal responsable de l'épidémie ?

Connaître l'animal qui a transmis le virus à l'Homme pourra permettre d'empêcher ce virus de réapparaître, une fois que l'épidémie aura été jugulée. « C'est en interdisant la consommation des civettes et en fermant les fermes d'élevage qu'on avait pu prévenir toute réintroduction [du virus du Sras chez l'humain, ndlr] », rappelle le Pr Fontanet. Si l'hypothèse du pangolin se confirme, la quête de l'animal responsable de l'épidémie causée par le nouveau coronavirus aura été rapide, comme pour le Sras.

Pour d'autres maladies, cela peut prendre beaucoup plus de temps. « Dans le cas d'Ebola, les recherches du réservoir ont commencé en 1976 et les premiers résultats ont été publiés en 2005 », rappelle à l'AFP Eric Leroy, virologue et vétérinaire de l'IRD. Pour le virus du sida, le VIH, l'enquête a duré vingt ans avant de pointer les grands singes, relève Martine Peeters.

Un bébé pangolin avec sa mère enroulée, ici dans les forêts de Palawan, aux Philipines. © Shukran888, Wikimédia Commons, CC by-sa 4.0

Quelles menaces pèsent désormais sur le pangolin ?

Près de 100.000 pangolins sont victimes chaque année en Asie et en Afrique d'un trafic illégal qui en fait l'espèce la plus braconnée au monde, largement devant les éléphants ou les rhinocéros, selon l'ONG WildAid. Leur chair délicate est très prisée des gourmets chinois et vietnamiens, tout comme le sont leurs écailles, leurs os et leurs organes dans la médecine traditionnelle asiatique.

En 2016, la Convention internationale sur le commerce d'espèces sauvages menacées d'extinction (Cites) a voté l'inscription des pangolins à son annexe 1, qui interdit strictement son commerce. Malgré cette mesure, leur trafic n'a fait que s'accroître, selon des ONG. « Ce sont des contacts animaux sauvages-hommes qui sont à l'origine de ces transmissions, donc il faudrait laisser les animaux sauvages où ils sont » , estime le Pr Fontanet.

En conclusion d'une étude publiée lundi dans la revue médicale Nature, des chercheurs chinois ont préconisé  « l'instauration d'une législation stricte contre l'élevage et la consommation des animaux sauvages ». Une mesure transitoire a d'ailleurs déjà été prise : fin janvier, la Chine a interdit le commerce de tous les animaux sauvages en attendant la fin de l'épidémie.

« À chaque fois, on cherche à éteindre un incendie et, quand il est éteint, on attend le suivant », déplore quant à lui François Renaud, chercheur au CNRS. Selon lui, il faudrait « cartographier tout ce qui est potentiellement susceptible de transmettre des agents infectieux à l'Homme », tout en concédant toutefois que cet « inventaire des risques » à l'échelle mondiale représenterait un énorme travail et nécessiterait d'importants financements.

Pour en savoir plus

Les chauves-souris seraient le réservoir du nouveau virus de Chine

Article de Julie Kern, publié le 26 janvier 2020

Les scientifiques se démènent pour mieux caractériser 2019-nCoV, une nouvelle souche de coronavirus qui fait trembler la Chine. Une première hypothèse sur son réservoir a été émise il y a quelques jours, en voici une seconde qui privilégie les chauves-souris. Et qui rapproche aussi 2019-nCoV de l'agent du SRAS.

Au fil des jours, le coronavirus 2019-nCoV livre un peu plus ses secrets. Dans un article paru hier, nous discutions du réservoir du virus : des serpents vendus sur le marché de Wuhan, selon les premiers éléments rassemblés par des chercheurs de l'université de médecine de Pékin. Les scientifiques à l'origine de cette étude suggèrent que 2019-nCoV est issu d'une recombinaison entre deux coronarivus dont un spécifique des chauves-souris.

Une nouvelle étude, prépubliée dans bioRvix, menée par des chercheurs de l'Académie chinoise des sciences, semble confirmer le lien de parenté entre les chauves-souris et 2019-nCoV. De plus, il appartiendrait à la même espèce que le SARS-CoV, l'agent responsable d'une épidémie de pneumopathie mortelle il y a 18 ans.

2019-nCoV est proche du SARS-CoV

Le travail de séquençage génomique a été réalisé à partir de virus isolés chez cinq patients différents à un stade précoce de la maladie. Par comparaison entière du génome, il apparaît que 2019-nCoV et une souche virale de chauves-souris sont identiques à 96 %.

Autre fait nouveau, 2019-nCoV serait aussi un proche cousin du SARS-CoV, dont le réservoir est la chauve-souris. Ces deux virus partagent 79,5 % de leur génome, mais aussi la même protéine, ACE2, qui leur sert de porte d'entrée dans les cellules de la muqueuse respiratoire.

Faut-il pour autant abandonner l'hypothèse des serpents ? Si le réservoir naturel de 2019-nCoV semble plutôt être les chauves-souris, les serpents décrits précédemment pourraient être l'hôte intermédiaire entre les chauves-souris et l'Homme. Dans le cas du SARS-CoV, les humains ont été infectés lors d'un contact rapproché avec des civettes palmistes à masque (Paguma larvata), elles aussi vendues et consommées dans les marchés chinois. Bien sûr, cela n'est qu'une hypothèse.


Virus en Chine : les serpents sont-ils à l’origine de l’épidémie ?

Article publié le 23 janvier 2020 par Julie Kern

Alors que la Chine multiplie les mesures sanitaires pour limiter la propagation de 2019-nCoV, qui a déjà tué 17 personnes, les scientifiques semblent avoir mis le doigt sur le réservoir animal de ce nouveau coronavirus.

L'épidémie de pneumopathie due à un nouveau coronavirus en Chine continue de s'étendre. Ce 23 janvier, on compte 555 cas confirmés, essentiellement dans la province de Hubei où se trouve Wuhan, et 17 personnes décédées. L'épidémie se concentre à l'est de la Chine et aux pays alentour bien qu'un premier cas ait été identifié à Seattle aux États-Unis.

La décision de déclarer ou non une urgence de santé publique de portée internationale est très sérieuse

Le gouvernement chinois a instauré des mesures drastiques pour contenir la propagation de 2019-nCoV. Les aéroports et les gares de Wuhan sont fermés, coupant la ville du reste du monde. L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) prolonge sa réunion vu le manque d'informations communiquées par la Chine. « La décision de déclarer ou non une urgence de santé publique de portée internationale est une décision que je prends très au sérieux et que je ne suis prêt à prendre qu'en tenant dûment compte des preuves disponibles », a déclaré à la presse le directeur de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, à Genève en Suisse.

De leur côté, les scientifiques continuent leurs investigations pour mieux comprendre cette souche jusqu'alors inédite. Une équipe de recherche de l'université de médecine de Pékin a publié, le 22 janvier, une étude dans Journal of Medical Virology. Ces chercheurs pensent avoir identifié l'origine de cette épidémie qui inquiète le monde entier : les serpents.

2019-nCoV, issu d’une recombinaison, viendrait des serpents

Les coronavirus sont plutôt communs chez les mammifères et les oiseaux, notamment chez des espèces proches des humains comme les cochons, les chats, les rats ou encore les volailles. Pour remonter la piste de l'origine du virus, les scientifiques chinois ont comparé plus de 200 génomes de coronavirus infectant les animaux avec celui de 2019-nCoV. En comparant les séquences génétiques qui sont spécifiques à l'hôte du virus par bio-informatique, il apparaît que les serpents seraient le réservoir le plus probable parmi toutes les espèces étudiées.

De plus, le génome du coronavirus de Wuhan est né de la recombinaison de deux coronavirus : l'un connu pour infecter les chauves-souris et l'autre aux origines inconnues. Certaines de ces protéines diffèrent donc de celles de ses « parents ». C'est le cas d'une glycoprotéine de surface qui autorise l'entrée du virus dans d'autres cellules. Cette modification aurait permis à 2019-nCoV de franchir la barrière des espèces pour infecter les humains.

Le Bongare rayé (Bungarus multicinctus) est l’une des deux espèces vendues sur le marché de Wuhan, là où l’épidémie de 2019-nCoV a débuté. © Fearingpredators, CC by-sa 3.0

2019-nCoV, une zoonose émergente

La piste de la zoonose a été favorisée par les scientifiques, car l'épidémie s'est déclarée au sein d'un marché alimentaire de Wuhan. Pour rappel, une zoonose est une maladie virale, bactérienne ou parasitaire animale, capable d'infecter l'Homme suite à une mutation. Mais quel est le rapport entre les serpents et un marché aux poissons ? Selon les auteurs, on retrouve communément des serpents à la vente sur les étals de ce marché, notamment les espèces Bungarus multicinctus et Naja atra qui vivent dans la région.

C'est la première étude qui identifie un réservoir potentiel du coronavirus de Wuhan. D'autres espèces, elles aussi abondantes au marché de Wuhan, feront également l'objet d'investigations.

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