Des chercheurs ont découvert que la lignée qui a donné naissance au coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 est présente chez les chauves-souris depuis plus de 40 ans. Et que d’autres virus de ce type pourraient être transmis aux Hommes. © creativenature.nl, Adobe Stock
Santé

Le coronavirus est resté caché plus de 40 ans dans les chauves-souris avant d'émerger

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[EN VIDÉO] 9 questions sur l’épidémie mondiale de coronavirus  Retrouvez en vidéo toutes les réponses aux questions que vous vous posez sur l'épidémie mondiale provoquée par le coronavirus de Wuhan ! De l'origine de l'épidémie aux moyens de prévention, cette vidéo détaille toutes les informations clés en 9 questions. 

S'il est si important de retrouver l'origine du coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19, c'est parce qu'ainsi, de futures crises sanitaires pourraient être évitées. Et justement, une équipe internationale de chercheurs annonce aujourd'hui que la lignée de virus dont est issu le SARS-CoV-2 circule chez la chauve-souris depuis au moins 40 ans.

Il y a quelques jours, la virologue chinoise Shi Zhengli, rendue célèbre par son travail sur les virus de la chauve-souris, revenait sur les théories du complot qui prétendent que le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 s'est échappé de l'Institut de virologie de Wuhan (Chine) où elle travaille. Réfutant ces théories avec force et conviction, elle rappelait que la recherche de l'origine d'un virus est une tâche scientifique des plus difficile.

C'est sans doute pourquoi il aura fallu mobiliser une équipe internationale et pluridisciplinaire pour tenter d'y voir plus clair quant à l'origine du SARS-CoV-2. D'autant que les coronavirus disposent d'un matériel génétique hautement recombinant. En d'autres mots, différentes régions de leur génome peuvent être dérivées de plusieurs sources. Pour reconstruire l'histoire évolutive de ce coronavirus en particulier, il aura donc d'abord fallu identifier toutes les régions qui se sont recombinées. Ensuite, il aura fallu reconstruire les histoires phylogénétiques des régions non recombinantes. Puis les comparer les unes aux autres pour voir quels virus spécifiques ont pu être impliqués dans des événements de recombinaison par le passé.

Un travail méticuleux qui a permis aux chercheurs de reconstruire finalement les relations évolutives entre le SARS-CoV-2 et ses virus connus les plus proches. Et de conclure que la lignée à laquelle ce coronavirus appartient s'est différenciée des autres il y a environ 40 à 70 ans. Mais aussi que même si le SARS-CoV-2 est génétiquement très proche - à environ 96 % - du RaTG13, identifié en 2013 dans la province du Yunnan (Chine), il s'en est écarté dès 1969.

Pour prévenir de prochaines pandémies, les chercheurs appellent à investir dans la protection des écosystèmes et dans la surveillance des populations à risque. © Tarcisio Schnaider, Adobe Stock

Miser sur la prévention

Les chercheurs ont aussi découvert que l'un des traits les plus anciens que le SARS-CoV-2 partage avec ses parents est justement celui qui lui permet de reconnaître et de se lier aux récepteurs situés à la surface des cellules humaines. De quoi imaginer que d'autres virus susceptibles d'infecter les humains circulent depuis longtemps au sein des populations de chauve-souris chinoises.

Mais pas sans un intermédiaire... Ou peut-être que si. Car les chercheurs affirment que, s'il est possible que le pangolin ait fait figure d'hôte intermédiaire pour le SARS-CoV-2, il n'existe aucune preuve qui suggère que l'infection par des pangolins soit un indispensable pour que les virus de la chauve-souris sautent la barrière des espèces jusqu'aux Hommes. Ces derniers travaux suggèrent au contraire que le SARS-CoV-2 a probablement développé, grâce aux propriétés généralistes de ses ascendants, la capacité à se répliquer dans les voies respiratoires supérieures des humains et des pangolins.

« Ce ne sera pas notre dernière pandémie de coronavirus », prévient Macej Boni, biologiste, dans un communiqué de l’université de Penn State (États-Unis). « Un système de surveillance beaucoup plus complet et en temps réel doit être mis en place pour maîtriser ce type de virus avant que le nombre de cas atteigne la centaine. » Pour ce faire, les chercheurs appellent à un meilleur échantillonnage des chauves-souris sauvages avec l'objectif d'identifier les virus les plus à risque.

Pour en savoir plus

Sars-CoV-2 : les arguments se multiplient en faveur d'une origine naturelle

Virus ayant muté, recombiné, fabriqué de toute pièce en laboratoire ? Le coronavirus, responsable de la maladie du Covid-19, nourrit d'extravagantes théories, parfois complotistes. Quant à eux, les scientifiques poursuivent leurs recherches et rassemblent leurs connaissances en génétique, en virologie et en infectiologie. De plus en plus d'arguments penchent en faveur d'une origine naturelle. Voici pourquoi.

Article de l'INSERM paru le 03/06/2020

Des chercheurs poursuivent leur quête sur l'origine du nouveau coronavirus causant la maladie du Covid-19. De nombreux arguments plaident de plus en plus en faveur d'une origine naturelle. © Antonio Rodriguez, Adobe Stock

Certaines spéculations fortement relayées sur les réseaux sociaux évoquent la possibilité que le Sars-CoV-2 soit en réalité un virus « chimère » issu de la recombinaison en laboratoire d'un coronavirus dont la chauve-souris serait le réservoir initial et d'un autre virus. Certains avancent même que la chimère aurait été obtenue à partir du VIH, et serait le produit d'une tentative infructueuse pour mettre au point un vaccin. Mais qu'en disent les scientifiques ?

Tout d'abord, il faut bien différencier cette hypothèse d'un virus créé en laboratoire d'une autre théorie avec laquelle elle est souvent confondue : celle d'une éventuelle sélection en laboratoire d'un virus ayant naturellement muté. Cette dernière fera l'objet d'un point de décryptage ultérieur car elle implique des notions scientifiques différentes.

Coronavirus Sars-CoV-2, responsable de la maladie Covid-19 observé en gros plan à la surface d’une cellule épithéliale respiratoire humaine. © M.Rosa-Calatrava, O.Terrier, A.Pizzorno, E.Errazuriz-cerda, Inserm

Créer un vaccin : de la théorie…

Il faut savoir qu'il est possible, bien que complexe, de créer un virus chimère à visée vaccinale en laboratoire. Cette technique consiste à insérer à un endroit choisi du génome d'un premier virus (virus A) la séquence génétique codant pour l'antigène d'un autre virus (virus B) contre lequel on veut fabriquer un vaccin. Le virus A, appelé « plateforme vaccinale », est en général un virus vivant « atténué » (son pouvoir pathogène lui a été retiré) déjà utilisé comme base de vaccin.

En combinant les deux, on obtient ainsi un virus chimère qui, une fois inoculé, permet à la plateforme vaccinale de « présenter » l'antigène du virus B au système immunitaire. Ce dernier le gardera en mémoire et sera capable de le reconnaître immédiatement si le virus B venait à infecter l'individu par la suite.

Les coronavirus sont des virus difficiles à manipuler en laboratoire. D'abord, ils sont encore mal connus. Mais surtout, ils appartiennent à la catégorie des virus à ARN pour laquelle les techniques de manipulation génétique décrites plus haut ne sont pas aussi abouties, et sont plus contraignantes que pour les virus à ADN. Le Sars-CoV-2 présente donc en théorie un profil peu adapté à la manipulation génétique, en particulier à but vaccinal.

… À la pratique

À ces arguments théoriques, des arguments d'analyses génétiques et structurelles du Sars-CoV-2 viennent réfuter l'idée d'un virus chimérique. Dans le cas d'une chimère, pour que l'antigène du virus B s'exprime correctement à la surface du virus A, la séquence provenant du virus B doit avoir une longueur suffisante et être insérée à un endroit précis du génome du virus A. Une telle modification est très facilement détectable à l'aide d'outils permettant de comparer les séquences génomiques entre elles, au sein de banques de données. Les séquences génomiques similaires d'un virus à l'autre ou celles d'un même virus au sein d'une population sont alors mises en évidence.

En admettant que ce type de manipulation génétique a pu être réalisé sur le Sars-CoV-2, des « cicatrices » résiduelles devraient être détectables avec les techniques dont disposent les scientifiques actuellement, d'autant plus si cette manipulation a été faite avec la séquence d'un virus comme le VIH, très différent du Sars-CoV-2. On détecterait alors des régions du génome étranger à des endroits très spécifiques du génome du Sars-CoV-2. Or, le génome du Sars-CoV-2 a été séquencé et comparé à de multiples reprises dans de nombreux laboratoires à travers le monde, au cours des derniers mois.

Une modification très importante, comme l’insertion d’un pan entier de la séquence d’un autre virus, aurait immédiatement été détectée

Une modification très importante, comme l'insertion d'un pan entier de la séquence d'un autre virus, aurait immédiatement été détectée par les outils de bio-informatique et n'aurait pas échappé à la communauté scientifique. Il est par ailleurs tout à fait normal et fréquent de trouver de petites homologies (séquences génétiques similaires) répétées en comparant l'intégralité des génomes de deux ou plusieurs virus.

Ces homologies apparentes résultent le plus souvent du hasard.Les homologies de séquence identifiées entre le génome du Sars-CoV-2 et celui du VIH, en plus d'être également retrouvées chez d'autres virus, sont trop courtes (moins de 20 bases) par rapport à la taille globale du génome du Sars-CoV-2 (30 000 bases) pour être autre chose que le fruit du hasard.

L'hypothèse renforcée d'une provenance naturelle

Des travaux parus dans Nature Communications le 17 mars 2020 montrent une très haute affinité de liaison entre la protéine Spike, qui donne sa forme de couronne au Sars-CoV-2, et le récepteur ACE2 des cellules humaines qui permet au virus de se fixer pour infecter ces dernières. Selon les auteurs de l'étude, une telle affinité est très probablement le produit de mutations et de la sélection naturelle, et non le résultat d'une manipulation volontaire en laboratoire. Une autre publication plus récente, comparant la structure de la protéine Spike du Sars-CoV-2 avec celle d'un coronavirus de chauve-souris très proche génétiquement, vient renforcer l'hypothèse d'une provenance naturelle du virus.

Enfin, une modification aussi importante qu'une recombinaison aurait fortement réduit le niveau de ressemblance du virus avec les autres coronavirus. Or, le Sars-CoV-2 présente une très forte homologie avec plusieurs coronavirus retrouvés chez les chauves-souris du genre Rhinolophus.

À ce jour, aucun argument scientifique solide ne permet donc d'affirmer que le Sars-CoV-2 serait un virus recombiné. À l'inverse, les publications dans les revues à comité de lecture mettent en avant des arguments de plus en plus nombreux en faveur d'une origine naturelle du virus.


Coronavirus : de nouvelles preuves qu'il est d'origine naturelle

Article de Nathalie Mayer, publié le 17 mais 2020

Le coronavirus baptisé SARS-CoV-2 -- celui qui est responsable de cette maladie que le monde connaît désormais sous le nom de Covid-19 -- a émergé en Chine, il y a plusieurs mois déjà. Mais son origine continue de faire débat. Aujourd'hui, des chercheurs affirment que rien ne permet de supposer qu'il n'est pas d'origine naturelle.

« Depuis la découverte du coronavirus SARS-CoV-2 -- responsable du Covid-19 --, un certain nombre de rumeurs non fondées ont couru, suggérant qu'il aurait été créé en laboratoire, rappelle Weifeng Shi, professeur à l'Institut de biologie des agents pathogènes de la Shandong First Medical University (Chine) dans le communiquéIl a notamment été mis en avant une caractéristique particulière -- une insertion d'acides aminés -- qui pourrait être l'indication d'une manipulation humaine. Mais nos travaux montrent très clairement que ce type d'insertion peut se produire dans la nature ».

Rappelons que depuis la découverte que les chauves-souris étaient le réservoir du SRAS en 2005, les chercheurs se sont beaucoup intéressés à ces animaux de la nuit. Cette fois, l'équipe de Weifeng Shi a analysé 227 échantillons de chauve-souris prélevés dans la province du Yunnan, en Chine, entre mai et octobre 2019. Les chercheurs y ont découvert un nouveau coronavirus de chauve-souris qui partage avec le SARS-CoV-2, 97,2 % de son ARN sur certaines parties de son génome.

Le coronavirus RmYN02 découvert par des chercheurs de la Shandong First Medical University chez les chauves-souris est très proche du SARS-CoV-2. Mais il ne lui ressemble pas dans la région du génome codant pour le récepteur qui lui permet d’infecter les Hommes. Il n’est donc pas susceptible d’infecter des cellules humaines. © Thaut Images, Adobe Stock

Toujours en quête de l’ancêtre du SARS-CoV-2

Or ce coronavirus baptisé RmYN02 présente des insertions d'acides aminés similaires à celles observées sur le coronavirus responsable du Covid-19. Celles que les rumeurs présentaient comme la preuve de sa manipulation dans un laboratoire. Le fait que ces insertions soient similaires mais pas identiques à celles observées sur le SARS-CoV-2 indique qu'elles se sont produites lors d'événements d'insertion indépendants. Et suggère que de tels événements qui semblaient très inhabituels peuvent bien se produire naturellement.

Considérant l'ensemble des génomes, le coronavirus le plus proche du SARS-CoV-2 reste celui que les chercheurs appellent RaTG13. Mais ni lui ni RmYN0 ne sont des ancêtres directs de celui qui nous inquiète aujourd'hui. Les chercheurs estiment toutefois qu'en échantillonnant plus d'espèces sauvages, ils pourraient réussir à trouver un ancêtre du SARS-CoV-2 et comprendre comment il a émergé chez l'Homme.


Le coronavirus est bien d’origine naturelle

Virus échappé d'un laboratoire... Bioterrorisme... Sur Internet, les rumeurs vont bon train. Mais les chercheurs ont analysé le génome du coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19. Il est d'origine naturelle.

Article de Nathalie Mayer paru le 22/03/2020

Nous vient-il de la chauve-souris ou du pangolin ? Les chercheurs sont à ce jour incapables de le dire avec certitude. Mais ils sont certains d’une chose : le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 est d’origine naturelle. © 2630ben, Adobe Stock

Apparu en Chine, il est aujourd'hui responsable d'une pandémie de Covid-19. Plus de 70 pays sont touchés. Et les théories les plus folles circulent désormais sur Internet quant à son origine. Mais des chercheurs de l'institut de recherche Scripps (États-Unis) l'affirment : le coronavirus SARS-CoV-2 est le produit d'une évolution naturelle.

Le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 provient d’un processus naturel

« Nous avons comparé les données publiques disponibles sur la séquence du génome du SARS-CoV-2 et celles disponibles également pour des souches de coronavirus connues. Nous avons fermement déterminé que le coronavirus, responsable de la pandémie de Covid-19, provient d'un processus naturel », déclare Kristian Andersen, professeur en immunologie et en microbiologie, dans un communiqué de l’institut de recherche Scripps.

Rappelons qu'il existe de nombreux coronavirus. Ils appartiennent à une famille de virus susceptibles de provoquer des maladies plus ou moins graves. L'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) que la Chine a connue en 2003 avait déjà été causée par un coronavirus. Tout comme celle de MERS contre laquelle l'Arabie Saoudite a dû lutter en 2012.

Peu de temps après le début de l'épidémie en Chine, les scientifiques chinois ont séquencé le génome du SRAS-CoV-2. Ils ont mis ces données à disposition des chercheurs du monde entier. Les études ont rapidement révélé une transmission interhumaine à partir d'une seule et unique introduction dans la population humaine.

Le coronavirus SARS-CoV-2 vu au microscope électronique. © Scripps

Des caractéristiques qui excluent la manipulation génétique

Les chercheurs de l'institut de recherche Scripps se sont concentrés sur des caractéristiques révélatrices du coronavirus. Des caractéristiques portées par les protéines que les experts appellent les protéines spiculaires. Ils se sont plus exactement intéressés au domaine de liaison aux récepteurs (RBD) - une sorte de grappin qui adhère aux parois des cellules humaines - et au site de clivage - une sorte d'ouvre-boîte moléculaire qui permet au virus de se fissurer.

Selon les chercheurs, les protéines spiculaires du SRAS-CoV-2 sont tellement efficaces pour se lier aux cellules humaines qu'elles ne peuvent résulter que d'une sélection naturelle. Qu'elles ne peuvent pas être le produit du génie génétique.

Une conclusion étayée par la structure moléculaire générale du SRAS-CoV-2. Son squelette diffère en effet considérablement de ceux des coronavirus déjà connus. Et les chercheurs sont convaincus que, si quelqu'un cherchait à concevoir un nouvel agent pathogène, il le construirait à partir d'une épine dorsale connue pour causer des maladies.

« Les caractéristiques du coronavirus excluent la manipulation en laboratoire comme une origine potentielle pour le SRAS-CoV-2 », insiste Kristian Andersen. De quoi mettre fin à toute spéculation de manipulation de génie génétique délibéré.

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