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Les micro-organismes sont étymologiquement des "petits organismes", donc des êtres vivants si petits qu'ils ne sont observables qu'au microscopemicroscope.

Ce terme englobe une variété d'espècesespèces très différentes, qu'elles soient procaryotesprocaryotes (bactériesbactéries) ou eucaryotes (levureslevures, alguesalgues). Certains incluent aussi les virusvirus, bien qu'ils soient à la limite du vivant.