Les preuves contre l'hypothèse du microbiote placentaire se succèdent. © ihgora, Fotolia
Santé

La colonisation de l'intestin par les micro-organismes ne se fait pas avant l'accouchement

ActualitéClassé sous :Biologie , bactérie , flore placentaire

[EN VIDÉO] Interview : le microbiote intestinal, allié indispensable du système immunitaire  Le microbiote intestinal regroupe l’ensemble des microbes présents dans notre intestin. Il permet un bon fonctionnement ainsi qu’une certaine protection du côlon. Gerard Eberl, responsable de l’unité Micro-environnement & Immunité à l’Institut Pasteur, nous en dit plus au cours de cette interview. 

Un article récemment publié dans la revue Nature Microbiology vient mettre fin à une controverse : le milieu intra-utérin est bien stérile et la colonisation de l'intestin par des micro-organismes se fait pendant et après l'accouchement. Pour nous aider à comprendre les tenants et les aboutissants de cette dernière, nous avons interrogé Filipe De Vadder, chercheur en physiologie intestinale au Centre national de la recherche scientifique (CNRS) qui n'a pas participé à l'étude.

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Le fait que le milieu intra-utérin soit stérile et qu'il ne soit en contact avec aucun micro-organisme nous semble aller de soi. À juste titre, puisque c'était une réalité admise par la communauté scientifique. Mais en science, aucun fait n'est à l'abri de révision. C'est alors qu'en 2014 une équipe de scientifiques vient challenger cette affirmation (voir notre article précédent, ci-dessous). Elle suggère qu'un microbiote placentaire existe et que, par conséquent, le milieu intra-utérin n'est pas stérile (pour une histoire plus détaillée de cette controverse, voir le thread de Filipe De Vadder).

Mais la communauté scientifique travaillant sur le microbiote n'est pas dupe et souligne immédiatement les problèmes de cette étude : risque de contamination des échantillons et peu de cohérence avec le fait qu'on est jamais réussi à cultiver des bactéries à partir de placenta. Aussi, les réplications de cette étude donnent des résultats négatifs faisant pencher la balance plutôt du côté de l'erreur que de la découverte révolutionnant le paradigme actuel. Une étude récemment parue dans Nature Microbiology assène un coup final à l'hypothèse du microbiote placentaire.

Le microbiote placentaire n'existe vraisemblablement pas. © Crystal light, Fotolia

Une histoire de contamination bactérienne

Quelle que soit la discipline scientifique, lorsque des chercheurs se trouvent face à des résultats extraordinaires, deux options s'offrent à eux : considérer qu'il s'agit d'une découverte révolutionnaire ou, au contraire, incriminer une hypothèse auxiliaire. Désormais, il apparaît assez clairement que la détection d'un microbiote placentaire n'en était pas une et que la solution se trouvait dans l'hypothèse auxiliaire de la contamination des échantillons. « Cette étude vient confirmer ce que la grande majorité des études démontrent : la présence de bactéries dans le méconium ou dans le placenta ne sont que des contaminations. On peut désormais conclure avec une probabilité assez forte que l'environnement utérin est stérile et que toute la colonisation intestinale se fait à la naissance », explique Filipe De Vadder.

La colonisation s'opère à la naissance et dans les premières années de vie

Dès lors, on peut considérer à nouveau que la colonisation en micro-organismes est un processus qui s'opère pendant et après l'accouchement. Et cela s'arrête là ? Évidemment, les chercheurs font ces études dans un but précis. En effet, on sait que le microbiote joue un rôle prépondérant dans l'apparition de nombreuses maladies : asthme, obésité, terrain atopique, etc. Par conséquent, comprendre comment et quand se fait la colonisation est primordial pour pouvoir espérer des interventions permettant de moduler le microbiote (même si ce qui différencie un microbiote « sain » d'un microbiote « néfaste » est loin d'être clair au sein de la communauté scientifique de ce domaine). 

Les premières années de vie avec le mode de naissance et de nutrition ont un rôle primordial. © Prostockstudio, Adobe Stock

De ce fait, en réfutant l'hypothèse du microbiote placentaire, cela nous permet de nous concentrer à nouveau pleinement sur la période importante concernant la colonisation intestinale : « si la colonisation se fait à la naissance, il est important de comparer la naissance par voie basse et par césarienne, ce que l'on fait depuis longtemps maintenant. Aujourd'hui, certains centres de maternité utilisent une serviette qu'ils frottent contre le vagin de la mère et avec laquelle ils frottent les bébés nés sous césarienne, pour "mimer" un accouchement par voie basse, détaille Filipe De Vadder. Il développe en nous parlant des premières années de vie : les premiers mois jouent un rôle crucial, par exemple au niveau de l'allaitement, même si les formules de laits maternisés ont considérablement évolué depuis et de l'exposition à différents antigènes dans l'environnement ». 

Les implications pour la recherche 

Comme nous le disions, ce résultat permet de réinvestir toute l'énergie des chercheurs du domaine sur les moments clés de la colonisation, à savoir la naissance et les premières années de vie. Dans le même temps que l'étude publiée dans Nature Microbiology, une étude a été publiée dans la revue Cell Host & Microbe par une équipe de scientifiques suédois et danois. Elle suggère que la colonisation intestinale par les micro-organismes est très individuelle en matière de souches et de temporalité, que l'effet dommageable de la césarienne se résorbe entre trois et cinq ans et qu'à ce même âge l'enfant n'a pas encore atteint la diversité d'espèces microbiennes d'un adulte, ce qui laisse espérer que des interventions pour modifier de façon importante la dynamique de l'évolution du microbiote après cet âge puissent être efficaces. 

Aussi, en dehors de la recherche sur le microbiote, cette histoire est une bonne leçon pour reconsidérer le système de publication scientifique actuelle, qui pousse à publier des résultats extraordinaires. Dans le cas qui nous occupe aujourd'hui, il aura fallu six ans pour réfuter convenablement une hypothèse qui émane d'une étude avec des biais méthodologiques sous-évalués. Heureusement, le débat est resté au sein de la communauté scientifique du domaine et n'a pas impacté l'opinion publique, étant donné le sujet. Mais il y a des cas où cette pression est préjudiciable. On pourra alors citer la fausse corrélation entre les vaccins et l'autisme ou encore l'étude biaisée sur le cancer et les organismes génétiquement modifiés, dont les conséquences auprès du grand public ont été, et sont encore, désastreuses en matière de faits scientifiques.

Pour en savoir plus

Des bactéries dans le placenta responsables des naissances prématurées ?

Par Janlou Chaput, le 25/05/14

Longtemps considéré comme un organe stérile, le placenta contient en réalité une flore bactérienne ressemblant fortement à celle observée dans la bouche. Point intéressant : elle diffère nettement entre les femmes qui donnent la vie prématurément et les mères qui accouchent à terme. De là à établir un lien entre la santé buccodentaire et les naissances prématurées il y a un pas, que les scientifiques osent seulement suggérer.

Les bactéries sont partout, même là où elles ne sont pas censées se retrouver. Dans l'urine par exemple, fluide organique que l'on pensait stérile mais qui se révèle malgré tout contaminé. Ou le placenta, qui était supposé ne pas contenir de micro-organismes non plus et dans lequel des recherches précédentes ont révélé quelques cellules colonisées par des bactéries. Des découvertes importantes étant donné les rôles fondamentaux que joue cette flore microbienne au niveau des organismes dans leur entier, comme l'ont montré les études de ces dernières années.

Les États-Unis ne se sont donc pas trompés en lançant le Projet microbiome humain (Human Microbiome Project), dans le but de déterminer les espèces bactériennes présentes dans les différents organes et en quelles proportions. Parmi les laboratoires impliqués, celui de Kjersti Aagaard, obstétricienne au Baylor College of Medicine de Houston (Texas). En 2012, elle et ses collaborateurs ont mis en évidence dans Plos One que la flore vaginale des femmes enceintes diffère de celle des autres femmes, sans être pour autant semblable à celle observée dans les selles des nouveau-nés durant leurs premières semaines de vie. La question de l'origine de ces bactéries se posait donc. Leurs regards se sont tournés vers le placenta, dans lequel l'embryon puis le fœtus passent les neuf mois de gestation.

Pour cela, il fallait aux biologistes de la matière fraîche. Ainsi, du tissu placentaire a été prélevé chez 320 mères juste après la mise au monde. L'ADN y a été extrait et séquencé dans le but de déterminer les espèces et la concentration en micro-organismes. Résultat : une faible diversité bactérienne retrouvée, en majorité des souches non pathogènes d'Escherichia coli, ainsi que cinq autres groupes, le plus souvent des espèces bénignes et symbiotiques.

Le placenta est un organe unique et propre aux femelles de mammifères euthériens durant leur gestation. Il connecte l’embryon puis le fœtus à l’utérus, et c’est à travers lui que s’échangent les nutriments et l’oxygène entre la mère et le petit à naître, tandis que ce dernier en profite pour excréter tous ses déchets métaboliques et les renvoyer dans la circulation de sa mère, qui assume la responsabilité de s’en débarrasser. © Henry Gray, Gray’s Anatomy, Wikipédia, DP

Des bactéries qui passent de la bouche au placenta

Le poids de la mère ou la façon d'accoucher (par les voies naturelles ou par césarienne) semblent peu influer la composition de cette flore placentaire. En revanche, deux paramètres modulent le contenu de la communauté bactérienne : un accouchement prématuré et une infection urinaire, même si celle-ci a été soignée plusieurs mois auparavant (les antibiotiques pouvant perturber l'écosystème bactérien qui s'était mis en place).

Ce travail, publié dans Science Translational Medicine, va encore plus loin, puisqu'il compare les quelques bactéries trouvées dans le placenta avec les flores intestinale, vaginale, buccale ou dermique, entre autres. De manière inattendue, le contenu ressemble fort à ce que l'on trouve dans nos bouches. De quoi suspecter que les microbes atteignent le tissu placentaire à travers le sang directement depuis les gencives. Des supputations qui renforcent des données établies précédemment suggérant un lien entre les maladies buccodentaires de la mère et le risque de naissance prématurée.

Cette découverte est importante car c'est la première à montrer que les bactéries colonisent l'ensemble du placenta, et qu'une grossesse normale s'accompagne aussi d'une flore microbienne particulière. Les scientifiques vont d'ailleurs poursuivre leurs investigations à d'autres organes, afin de constater l'ensemble des changements qui apparaissent dans le microbiote d'une femme enceinte. 

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