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Ensemble des génomesgénomes des bactériesbactéries colonisant l'organisme d'un animal. On les considère collectivement pour une raison essentiellement pratique. Plutôt que de séquencer successivement les génomes de toutes les espècesespèces bactériennes, on utilise les méthodes de la métagénomiquemétagénomique, applicable à un écosystèmeécosystème complet.

Les bactéries qui vivent en commensalisme avec le corps des animaux y jouent des rôles très importants, notamment pour la digestiondigestion et la défense contre les organismes pathogènespathogènes.

On estime que les bactéries hébergées par le corps humain sont environ dix fois plus nombreuses que ses propres cellules. L'ensemble de leurs populations forme un écosystème dont on sait peu de choses et qui fait aujourd'hui l'objet d'études.