Le coronavirus qui circule en Europe est plus infectieux in vitro

La variante du SARS-CoV-2 qui circule aujourd'hui en Europe et aux États-Unis est différente de la souche chinoise originale. Un changement d'acide aminé dans la séquence protéique de la protéine S lui permet d'infecter plus facilement les cellules in vitro. Cela améliore-t-il aussi sa transmission entre les humains ?

La variante du SARS-CoV-2, appelée D614G, qui domine aujourd'hui dans le monde, infecte plus facilement les cellules que celle apparue en Chine. Bien que cela reste à confirmer, une étude publiée dans Cell le 2 juin 2020 suggère que cela la rend probablement plus contagieuse.

« Nous ne savons pas encore si une personne s'en sort moins bien avec elle ou non », a commenté Anthony Fauci, directeur de l'Institut des maladies infectieuses américain, à la revue Jama. « Il semble que le virus se réplique mieux et puisse être plus transmissible, mais nous en sommes toujours au stade d'essayer de le confirmer. Mais il y a de très bons généticiens des virus qui travaillent là-dessus. »

Après sa sortie de Chine et son arrivée en Europe, une variante du nouveau coronavirus, qui mute en permanence comme tout virus, est devenue dominante. C'est cette version européenne qui s'est ensuite installée aux États-Unis. La variante D614G concerne une mutation d'une seule lettre de l'ADN du virus, sur la protéine S (spike) avec laquelle il pénètre les cellules humaines.

Les mutations génétiques du coronavirus sont traquées dans le monde entier par les chercheurs. Ils séquencent le génome de chaque isolat viral et le partagent sur une base de données internationale, GISAID. Un trésor qui compte plus de 30.000 séquences à ce jour.

D614G, une variante du coronavirus plus transmissible ?

Les chercheurs de la nouvelle étude, des universités de Sheffield et Duke et du laboratoire national de Los Alamos, ont établi en avril que D614G dominait désormais. Ils ont alors affirmé, avec une certaine alarme, que la mutation rendait le virus « plus transmissible ». Ils avaient mis leurs résultats en ligne sur le site de prépublications scientifiques BioRxiv.

Mais cette assertion avait été critiquée car les auteurs n'avaient pas prouvé que la mutation elle-même était la cause de la domination. Les scientifiques ont donc réalisé des travaux et des expériences supplémentaires, à la demande des éditeurs de Cell.

Sur cette illustration en 3D, la protéine S (en rouge) du coronavirus reconnaît le récepteur ACE 2 (en bleu) de la cellule. © Juan Gaertner, Shutterstock  

Pas de confirmation formelle d'une meilleure transmission du variant

Ils ont d'abord analysé les données de 999 patients britanniques hospitalisés à cause de la Covid-19. Ceux infectés par la variante D614G avaient certes plus de particules virales dans l'organisme, mais sans que cela n'affecte la gravité de leur maladie. Une observation encourageante.

En revanche, des expériences in vitro ont montré que la variante était trois à six fois plus compétent pour infecter des cellules humaines.

« Il semble probable que c'est un virus plus apte », dit Erica Ollmann Saphire, qui a réalisé l'une de ces expériences, au La Jolla Institute for Immunology. Mais tout est dans le « probable » : une expérience in vitro ne peut reproduire la dynamique réelle d'une pandémie.

La conclusion la plus stricte est donc que si le coronavirus qui circule actuellement, la variante D614G, est sans doute plus « infectieux », il n'est pas forcément plus « transmissible » entre humains. Dans tous les cas, écrivent Nathan Grubaugh, de l'université Yale, et des collègues, dans un article distinct également publié dans Cell, « cette variante est désormais la pandémie ».

« D614G ne devrait rien changer à nos mesures de restrictions ni aggraver les infections individuelles », poursuit Nathan Grubaugh. « Nous assistons au travail scientifique en temps réel : c'est une découverte intéressante qui touche potentiellement des millions de gens, mais dont nous ignorons encore l'impact final. Nous avons découvert ce virus il y a six mois, et nous apprendrons encore beaucoup de choses dans les six prochains mois. »


Plus dangereux ou moins sévère ? Le coronavirus a subi deux mutations importantes

Article publié le 7 mai 2020 par Céline Deluzarche

Deux nouvelles souches du coronavirus Sars-Cov-2 ont été identifiées. La première, apparue en Europe, est aujourd'hui prédominante dans le monde et expliquerait la propagation accrue du virus par rapport sa version originale chinoise. Une deuxième mutation a entraîné l'effacement complet de certaines séquences, suggérant un affaiblissement du virus.

Voilà de quoi brouiller un peu plus la compréhension du coronavirus à l'origine du Covid-19 : de nouvelles souches ont été identifiées, mais elles produisent des conclusions contradictoires : l'une serait plus dangereuse que l'originale, l'autre montrerait à l'inverse un possible affaiblissement du virus. On sait que le virus subit en permanence de nombreuses mutations : selon le Centre national de Bio-information chinois, plus de 7.551 mutations ont été enregistrées.

La plupart affecte des parties du génome sans intérêt, mais certaines influent sur la fonction même du virus. Des chercheurs chinois ont ainsi montré récemment que certaines souches sont 270 fois plus virulentes que les autres, ce qui expliquerait en partie pourquoi certaines personnes sont plus sévèrement touchées que d'autres.

La fréquence à laquelle cette mutation se propage est alarmante

Une nouvelle étude du laboratoire national de Los Alamos, pré-publiée sur le site bioRxiv, a trouvé 14 mutations sur les protéines de pointe à la surface du virus, celles qui servent au virus à pénétrer dans la cellule. En remontant l'arbre phylogénétique des mutations, les chercheurs ont découvert que l'une d'elles a commencé à se répandre en Europe au mois de février 2020 et a rapidement pris le dessus.

C'est cette même souche qui a gagné la côte Est des États-Unis et qui est à l'origine de l’épidémie à New York. Elle serait aujourd'hui majoritaire dans le monde depuis mars. « Lorsque [cette nouvelle souche] est introduite dans une région, elle devient rapidement la forme dominante, atteste Bette Korber, biologiste et auteure principale. La fréquence à laquelle cette mutation se propage est alarmante. »

La mutation G614 (en bleu) s’est répandue à vitesse fulgurante durant le mois de mars, prenant le dessus sur la souche originale de Wuhan (orange). © Bette Korber et al, bioRxiv, 2020  

Non seulement cette souche se répand plus rapidement que la version chinoise originale, suggérant un avantage compétitif, mais elle rendrait les personnes plus vulnérables à une seconde infection, avance l'étude. « Nous avons découvert des recombinaisons entre des souches circulant localement, ce qui indique des infections à souches multiples », détaillent les chercheurs qui ont passé en revue plus de 6.000 séquences. Ces mutations à répétition pourraient compromettre la mise au point d’un vaccin, surtout ceux dirigés vers les protéines de surface, concluent-ils.

Sur une souche du virus, 81 bases ont été effacées, ce qui pourrait entraîner son affaiblissement et sa disparition. © vchalup, Adobe Stock  

Des morceaux de génome ont complètement disparu

Encore en préparation, une autre étude est, quant à elle, beaucoup plus optimiste. Menée par l'université d'Arizona et parue dans le Journal of Virology, elle devrait « susciter l'intérêt de la communauté scientifique du monde entier, y compris de l'Organisation mondiale de la Santé », dès lors qu'elle sera publiée sur un site officiel, s'enthousiasme Efrem Lim qui a dirigé l'équipe de recherche. Les scientifiques ont découvert une mutation dans laquelle 81 bases du génome se sont tout simplement évaporées et « supprimées définitivement du génome ».

Or, c'est ce même phénomène qui avait abouti en 2003 à l'affaiblissement du virus Sars-Cov, puis à à sa disparition. « Durant la phase tardive de l'épidémie, le Sars-Cov a accumulé des mutations qui ont atténué le virus. Le virus affaibli provoque une maladie moins grave peut avoir un avantage sélectif s'il est capable de se propager efficacement dans les populations par des personnes infectées à leur insu », indique Efrem Lim.

L'épidémie de Covid-19 pourrait-elle alors disparaitre d'elle-même ? Il est bien trop tôt pour se prononcer, avancent prudemment les auteurs, d'autant plus qu'on ne connaît pas la fréquence de cette souche. À peine 16.000 génomes du virus ont été séquencés à ce jour, « ce qui représente moins de 0,5 % des souches en circulation », signale Efrem Lim.