Ce musée, communément appelé La Citadelle parce qu'il est installé dans l'ouvrage militaire qui surplombe Besançon, est un des plus grands muséums de France. Il propose de montrer la biodiversité à l'aide de présentations vivantes : insectarium, aquarium, noctarium et parc zoologique.
Cette citadelle est classée au Patrimoine mondial de l'Unesco.