Le musée présente un panorama de l'archéologie bourguignonne du paléolithique au Moyen Âge. Parmi les plus belles pièces de l'établissement, l'on peut voir les objets découvert dans le dépôt de Blanot datant de l'Âge du Bronze, les ex-votos du sanctuaire de la source de la Seine, les artefacts de l'abbaye de Sainte Bénigne et le buste du Christ de Claus Sluter réalisé en 1399.
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