Une pression de sélection au sein d'un patient immunodéprimé a pu jouer dans l'apparition de ce nouveau variant du SARS-CoV-2. © dottedyeti, Adobe Stock
Santé

Coronavirus : le plasma convalescent augmente le risque de mutation

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[EN VIDÉO] 5 questions sur la nouvelle variante du coronavirus  Une nouvelle variante du coronavirus SARS-CoV-2 est à l’origine d’une nouvelle vague épidémique en Angleterre. D'où vient-elle ? Est-elle plus virulente, ou plus contagieuse ? Faut-il s'inquiéter ? 

Non seulement l'administration d'anticorps se révèle inefficace dans les cas de forme sévère de coronavirus, mais elle favorise l'apparition rapide de mutants chez des patients avec une faible réponse immunitaire. Un effet totalement contraire à celui attendu.

Jusqu'à récemment, le plasma convalescent semblait constituer une piste prometteuse contre les formes graves de coronavirus. Cette thérapie, qui consiste à injecter des anticorps neutralisants de patients guéris qui peuvent ainsi bénéficier de l'immunité acquise du donneur, a notamment montré des résultats efficaces contre la rougeole ou le virus Ebola. En avril 2020, l'Agence française du médicament (ANSM) avait autorisé en urgence cette méthode pour des cas atteints d'une forme sévère du coronavirus.

Plusieurs essais cliniques interrompus

Depuis, les déceptions n'ont cessé de s'accumuler. En octobre, une vaste étude menée en Inde concluait que le plasma convalescent « n'apporte aucun bénéfice clinique net pour les patients ». Pire, l'étude pointait du doigt le risque de thrombose associé à l'administration de plasma, spécialement chez les personnes âgées. En janvier 2021, ce sont les essais cliniques d'Oxford et de l'université de Laval au Québec qui ont été interrompus faute de résultats.

Un changement rapide du génotype du virus

Mais il y a encore plus préoccupant. Une nouvelle étude de l'université de Cambridge suggère que l'administration de plasma favorise la mutation du SARS-CoV-2. « Nous avons constaté une réponse évolutive répétée du SARS-CoV-2 en présence d'anticorps thérapeutiques », écrivent les chercheurs. Dans leur étude, les chercheurs documentent le cas d'un patient de 70 ans immunodéprimé et hospitalisé pour la Covid-19. D'abord traité par remdésivir fin juin (un antiviral qui s'est lui aussi révélé inefficace), le patient s'est ensuite vu administrer du plasma convalescent en juillet. Il est mort peu de temps après.

Durant les 57 premiers jours de son hospitalisation, les chercheurs n'ont pas noté de changement dans la population virale du patient. Mais après la série d'injections de plasma convalescent en juillet, ils ont constaté un changement rapide du génotype du virus. Un variant avec deux altérations de la protéine de pointe est apparu dans les analyses sérologiques, dont la délétion observée dans la variante B.1.1.7 (variant anglais), alors encore très rare. Le virus mutant s'est ensuite révélé « deux fois moins sensible au plasma convalescent ».

Chez un patient immunodéprimé, l’injection d’anticorps favorise les mutations du virus. © Jürgen Fälchle, Adobe Stock

Les patients immunodéprimés, terrain de jeu idéal pour le virus

Les patients immunodéprimés, chez qui le virus reste pendant une longue période, offrent une opportunité au virus de développer des mutations résistantes, un peu comme les bactéries s'adaptent aux antibiotiques. De plus, ces patients ne bénéficient pas du soutien des lymphocytes T, qui sont présents en très petite quantité. Le virus a donc libre cours pour combattre les anticorps et adapter son génome. Les médecins pensent d'ailleurs que le variant anglais B.1.1.7 est apparu chez un de ces patients immunodéprimés où le virus reste longtemps dans l'organisme (voir notre article ci-dessous).

Même si cette évolution virale a moins de chances de se produire chez les patients immunocompétents, qui bénéficient d'un meilleur contrôle immunitaire, cette étude montre les potentiels dangers du plasma convalescent utilisé dans un contexte défavorable. Un danger non seulement pour le patient lui-même mais aussi pour l'évolution épidémique en général. Il apparaît donc urgent de trouver un traitement rapidement efficace pour ces patients.

Pour en savoir plus

Variant du SARS-CoV-2 : l'hypothèse du patient immunodéprimé

Article de Julien Hernandez publié le 22/12/2020

L'infection chronique d'un patient immunodéprimé pourrait être à l'origine de l'émergence du nouveau variant détecté au Royaume-Uni, même si cela reste à confirmer.

Un nouveau variant vient d'émerger récemment au Royaume-Uni. Pour l'instant, les seules choses que nous savons à son sujet, sont d'ordre physique, c'est-à-dire, que les sites où les acides aminés composent le matériel génétique du SARS-CoV-2 ont changé -- ou bien ont été modifiés ou perdus. Tout le reste n'est qu'hypothèses que les chercheurs sont en train d'étudier ou allégation non fondées scientifiquement.

Pour l'instant, nous ne savons pas, grâce à des preuves empiriques, si ce variant change la capacité du SARS-CoV-2 à se transmettre, même si des analyses mécanistes portent à croire que cela est de l'ordre du possible. De même pour la gravité de la maladie ou l'origine de ce variant. C'est sur ce point que nous allons nous concentrer brièvement. Une hypothèse semble dominer dans la genèse de cette nouvelle souche du SARS-CoV-2 : celle de l'infection chronique d'un patient immunodéprimé. 

Une histoire de sélection 

C'est dans la nature d'un virus de muter. Continuellement, ces derniers mutent plus ou moins lors des phases de réplications virales, cela à la suite d'erreurs ou à cause de pressions du milieu dans lequel il évolue. Ce n'est donc pas le premier variant que l'on voit apparaître dans la généalogie des SARS-CoV-2. Néanmoins, c'est le premier qui possède un nombre aussi élevé de mutations. Comment rendre compte de ce phénomène ?

L'évolution des mutations du SARS-CoV-2 chez un patient immunodéprimé. © New England Journal Of Medicine

L'hypothèse qui semble dominer pour l'instant dans la communauté scientifique, est celle de l'infection chronique d'un patient immunodéprimé. En effet, chez ce type de patient, on cherche à apporter de l'aide au système immunitaire en transfusant des anti-corps par l'intermédiaire du sang de patients guéris. Cette technique médicale, en plus de la présence anormalement longue du virus au sein de l'organisme, pourrait exercer une sélection sur le virus plus forte, si bien que cela se traduirait en variations plus importantes au sein de son ARN.

Plusieurs patients de ce type identifiés

Grâce à deux publications parues dans la revue Cell et dans le New England Journal of Medicine, on sait qu'au moins deux patients ont fait l'objet d'une infection prolongée au SARS-CoV-2 en recevant des anticorps par transfusion sanguine. Il y en a certainement eu d'autres dont les infections n'ont pas été rapportées dans la littérature scientifique. Les analyses réalisées sur ces patients vont dans le sens de l'hypothèse de sélection. En effet, chez ces deux patients, l'infection anormalement longue et les diverses méthodes, apportant des anti-corps afin d'atteindre la clairance virale, se traduisent par des mutations et des délétions plus nombreuses au cours du temps. 

Pour en savoir plus sur ce nouveau variant : 

Royaume-Uni : un variant du coronavirus SARS-CoV-2, porteur de nombreuses mutations - par Marc Gozlan

Nouveau variant du coronavirus SARS-CoV-2 détecté en Angleterre – Que faut-il savoir ? - par Lucy Van Dorp 

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