Déterminer si le variant BA.2 est à l’origine d’une infection nécessite de séquencer l’échantillon. Shutterstock. © Weyo, Adobe Stock
Santé

Ce qui préoccupe les scientifiques avec BA.2, le « variant frère » d’Omicron

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Omicron, qui s'est répandu comme une traînée de poudre, laisse peu à peu la place à son « variant frère », BA.2. Son origine reste à déterminer et ses propriétés sont encore mal définies. Des spécialistes s'attachent désormais à en savoir plus sur ce sous-variant, attentivement surveillé, et qui, de nouveau, semble plus contagieux que les précédents.

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The ConversationLe nombre de cas d'infection par le variant Omicron a explosé partout sur la Planète au cours des deux derniers mois. Dans de nombreux pays, le pic de cette vague a même dépassé ceux des vagues précédentes, causées par d'autres vari

Depuis quelque temps, des patients se retrouvent infectés par un sous-variant d'Omicron, baptisé BA.2.

On pourrait avoir tendance à imaginer que BA.2 est le descendant de BA.1 (aussi appelé B.1.1.529), mais il est plus juste de le considérer plutôt comme un « variant frère ».

Petit rappel sur les variants

Les virus, et en particulier les virus à ARN tels que le SARS-CoV-2, font de nombreuses erreurs (ou mutations) lorsqu'ils se reproduisent. Ils ne peuvent corriger ces erreurs [même si les coronavirus possèdent un mécanisme de correction des erreurs, son efficacité n'est pas parfaite, ndlr], et de ce fait sont constamment en train d'évoluer.

Lorsque ces mutations se traduisent par des modifications de l'information génétique portée par le virus, on parle de « variant ». Si l'on suppose que ces modifications peuvent avoir un impact sur les propriétés du variant, et risquent de le rendre plus dangereux que les versions précédentes du virus, et si de surcroît l'on constate qu'il se transmet significativement plus dans certains pays, il est alors classé en « variant d'intérêt » et surveillé.

Si les modifications d'un variant d'intérêt se traduisent effectivement par des changements remarquables d'une ou plusieurs de ses caractéristiques (contagiosité, virulence, échappement immunitaire, symptomatologie ou résistance aux antiviraux, impact sur les performances des tests de détection...), il est requalifié en « variant préoccupant ».

Omicron est un variant « hautement divergent », car il a accumulé plus de 30 mutations dans sa protéine Spike. De ce fait, la protection conférée par une précédente infection ou par la vaccination a diminué tandis que, en parallèle, sa transmissibilité a augmenté.

Omicron a un taux de réinfection plus élevé que les précédents variants, est plus contagieux, et limite la protection que procurent les vaccins : c'est pour toutes ces raisons que l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) l'a rapidement classé en « variant préoccupant » le 26 novembre 2021.

Qu’est-ce que le lignage ?

Un lignage est un groupe de variants génétiquement proches, qui dérivent d'un ancêtre commun. On parle aussi de sous-variants.

On dénombre trois sous-lignages pour le variant Omicron : B.1.1.529 ou BA.1, BA.2 et BA.3.

Si l'OMS n'a pas requalifié BA.2, le Royaume-Uni l’a, lui, étiquetté « variant en cours d’investigation ». Ce statut signifie que BA.2 n'est pas encore un variant d'intérêt ou préoccupant distinct, mais qu'il est attentivement surveillé.

Omicron n'est pas le premier variant à avoir des sous-lignages. L'an dernier avait émergé le variant « Delta plus » (ou AY.4.2), puis Omicron a émergé.

En quoi BA.2 est-il différent ?

Bien que les premières séquences de BA.2 aient été soumises par les Philippines - et que des milliers de cas d'infections par ce variant aient été observés, y compris aux États-Unis, au Royaume-Uni ou en Australie -, son origine précise demeure inconnue.

Ses propriétés font également l'objet de recherches. Bien qu'il n'existe pour l'instant aucune preuve qu'il provoque des formes plus graves de la maladie, plusieurs choses préoccupent les scientifiques.

1. BA.2 est plus difficile à différencier

L'un des marqueurs qui permettait de différencier Omicron version BA.1 des autres variants du SARS-CoV-2 lors des tests PCR était l'absence, dans les résultats desdits tests, du signal correspondant au gène S (on désigne cette absence de détection par l'acronyme SGTF, pour « S gene target failure »). Mais ce n'est plus le cas pour BA.2.

L'incapacité de détecter ce sous-lignage de cette façon a mené certaines personnes à le qualifier de « sous-variant furtif ».

Cependant, cela ne signifie pas que nous ne pouvons plus utiliser les tests PCR pour détecter BA.2. Cela signifie simplement que les échantillons testés positifs doivent désormais être séquencés pour déterminer à quel variant nous avons affaire. Cela prend davantage de temps, mais c'était déjà le cas avec les variants précédents.

2. BA.2 pourrait être plus infectieux

Ce point est peut-être plus préoccupant : des preuves indiquant que BA.2 pourrait être plus infectieux que l'Omicron originel (BA.1) s'accumulent.

Une étude préliminaire réalisée au Danemark (lire ci-dessous), où BA.2 a largement remplacé BA.1, suggère que la susceptibilité à l’infection des personnes non vaccinées a augmenté (elle est un peu plus de deux fois supérieure à ce qu'elle était avec BA.1).

En outre, selon ces travaux, les personnes entièrement vaccinées (deux doses) sont 2,5 fois plus susceptibles de contracter BA.2 que BA.1. Cette susceptibilité à BA.2 est presque trois fois plus importante pour les individus qui ont reçu une troisième dose [les auteurs précisent que chez les personnes qui ont reçu cette troisième dose, la susceptibilité et la transmissibilité est réduite par rapport aux personnes qui n'ont reçu que deux doses, ndlr].

Les auteurs ont analysé plus de 2.000 cas d'infections primaires par BA.2 au sein de foyers danois durant le mois de décembre, enregistrant le nombre de cas survenus sur une période de suivi de sept jours.

Ils ont également évalué le taux d'attaque secondaire (autrement dit, la probabilité, au sein d'un groupe spécifique - foyer, contacts proches - qu'une infection survienne chez des personnes sensibles). Leurs résultats indiquent qu'il serait de 39 % dans les foyers où circule BA.2, contre 29 % dans le cas de BA.1.

Cette étude danoise est encore au stade de « preprint », ce qui signifie qu'elle n'a pas encore été revue par des scientifiques indépendants. D'autres recherches sont donc nécessaires pour confirmer le fait que BA.2 est réellement plus infectieux que BA.1.

De nouveaux variants sont susceptibles d’émerger

Nous devons nous attendre à ce que de nouveaux variants et sous-variants continuent à émerger. En effet, avec de tels taux de transmission, le SARS-CoV-2 a d'innombrables opportunités de se reproduire, et donc de subir des mutations.

Un moyen de limiter les conséquences de cette situation est bien évidemment de ralentir la transmission virale et de diminuer la taille des populations susceptibles dans lesquelles le virus peut se répliquer sans entrave.

Les approches basées sur la distanciation sociale et le port du masque, ainsi que l'augmentation de la couverture vaccinale globale, restent donc d'actualité pour ralentir les émergences de nouveaux variants.

Pour en savoir plus

Le variant BA.2 est encore plus contagieux qu'Omicron !

Article de Stéphanie Le Guillou, publié le 5 février 2022

Le sous-variant BA.2 d'Omicron, encore très minoritaire en France, est devenu majoritaire au Danemark en quelques semaines. Une étude récemment publiée confirme qu'il est encore plus contagieux que le sous-variant originel, le BA.1.

La souche originelle du SARS-CoV-2, apparue il y a deux ans, était qualifiée à l'époque de virus extrêmement contagieux. Depuis, nous avons vu défiler les variants Alpha, Bêta, Delta, Gamma, et depuis début décembre Omicron. Pour qu'un variant puisse prendre le pas sur les autres et devenir majoritaire, il doit forcément être plus contagieux que le précédent. Omicron est déjà dix fois plus contagieux que la souche originelle. Avec ce dernier, le monde pensait avoir atteint un sommet et espérait que ce variant serait le dernier préoccupant. Il semblerait que ce ne soit pas le cas. Un sous-variant d'Omicron, nommé BA.2, déjà majoritaire au Danemark, pourrait être encore plus contagieux.  

Un variant devenu majoritaire en quelques semaines

Alors qu'en France le sous-variant BA.1 d'Omicron est le seul à circuler activement, du moins pour le moment, la situation est différente au Danemark. Le variant BA.2 a été détecté là-bas pour la première fois le 5 décembre 2021. Ce variant possède environ 40 mutations supplémentaires par rapport au BA.1, qui comportait déjà un grand nombre de mutations par rapport au variant Delta. Au Danemark, les deux sous-variants BA.1 et BA.2 coexistaient au début. Puis, en deux semaines, BA.2 est passé de 20 % des cas à 45 %. Finalement, il est devenu majoritaire en quelques semaines. La vitesse à laquelle le variant BA.2 a supplanté le BA.1 dans cette population est déjà une preuve en soi de sa plus forte contagiosité.

Une étude confirme sa plus forte contagiosité

Une étude de l'Université de Copenhague au Danemark publiée le 30 janvier 2022 (non encore relue par les pairs) s'est penchée sur la contagiosité du variant BA.2. Les auteurs se sont intéressés à 8.541 cas d'infections au variant Omicron survenus entre le 20 décembre 2021 et le 11 janvier 2022, dont 2.122 étaient liés au variant BA.2. Parmi les 17.945 potentiels cas contacts, 5.702 ont été contaminés dans la semaine suivant le contact. Le taux d'infection des cas contacts était de 29 % parmi les contaminations liées au variant BA.1 et de 39 % parmi celles liées au variant BA.2. Le sous-variant BA.2 est donc 30 % plus contagieux que le BA.1.

Le sous-variant BA.2 est donc 30 % plus contagieux que le BA.1

Par ailleurs, les auteurs se sont intéressés au statut vaccinal des personnes contaminées. Avoir un schéma vaccinal complet, même avec le booster, ne protégeait pas de la contamination par BA.2. Ce qui signifie que BA.2 est capable d'échapper aux anticorps secondaires à la vaccination.

Enfin, les auteurs se sont penchés sur le statut vaccinal des personnes contaminantes. Les données sont plus rassurantes : les individus vaccinés contaminaient moins de patients que les non vaccinés. Autrement dit, si BA.2 a plus de risques de contaminer des vaccinés que BA.1, une personne vaccinée contaminée par BA.2 a moins de risques de le transmettre à son tour qu'une personne non vaccinée. La vaccination contribue donc à freiner la circulation du virus.


Variant d’Omicron BA.2 : ce que l’on sait

Article de Stéphanie Le Guillou, publié le 22 janvier 2022

Depuis quelques semaines, un sous-variant du variant Omicron est régulièrement détecté dans plusieurs pays dont la France. Celui-ci a été baptisé BA.2. Il serait déjà majoritaire en Inde et au Danemark. Que sait-on de ce nouveau variant ?

Le variant Omicron, détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021, est désormais majoritaire. Extrêmement contagieux, d'où son invasion fulgurante, il provoque des symptômes moins sévères. Le variant initial, BA.1, a muté à son tour pour donner naissance au variant BA.2. Ce phénomène de mutations d'un variant est connu et attendu ; plus le virus circule et plus les probabilités de mutations augmentent. Les mutations du variant BA.2 sont au nombre de 20 environ. La moitié d'entre elles se trouvent au niveau de la protéine Spike, clé d'entrée du virus dans les cellules et... cible des vaccins.

Un sous-variant plus contagieux

Des cas ont été détectés dans plusieurs pays : en Inde et en Afrique du Sud fin décembre 2021, puis aux Philippines, au Danemark, en Suède et en France. Une quinzaine de cas seulement ont été identifiés en France pour le moment. Mais tous les prélèvements ne sont pas séquencés.  

Au Danemark, ce sous-variant est devenu majoritaire très rapidement, en 10 jours à peine. Contre toute attente, il a supplanté le sous-variant initial BA.1. Pour rappel, le variant Omicron est déjà un virus extrêmement contagieux, environ 10 fois plus contagieux que la souche originelle du coronavirus apparue à Wuhan fin 2019. Ces données suggèrent donc que le sous-variant BA.2 est encore plus contagieux que le sous-variant initial du variant Omicron du SARS-CoV-2.

Le port du masque ne sera bientôt plus obligatoire en extérieur en France. © blvdone, Fotolia

Un sous-variant pas plus sévère

Les premières données provenant de l'Inde et du Danemark suggèrent que ce sous-variant ne provoquerait pas de symptômes plus sévères que le sous-variant BA.1. Dans une note d’actualisation du conseil scientifique en date du 20 janvier 2022, une allusion est faite au sous-type BA.2 du variant Omicron du coronavirus. On peut y lire : « le sous-type BA.1 représente 90 % des variants circulants, et le sous-type BA.2 entre 3 et 4 %, surtout en Afrique et en Asie. » Si le conseil scientifique souligne l'existence de plusieurs sous-types du variant Omicron du SARS-CoV-2, il précise plus loin, « tous ces sous-variants semblent avoir les mêmes caractéristiques ». Par ailleurs, à ce stade, il n'est absolument pas possible de donner des informations sur l'efficacité des vaccins sur ce sous-variant.

En France, l'heure est au retour à la normale avec les dernières annonces de Jean Castex : fin du télétravail obligatoire, fin du port du masque en extérieur, réouverture des discothèques, fin des jauges... À la mi-décembre, on pensait avoir atteint en France le pic du variant Delta et être sur la descente... quand le variant Omicron est arrivé, fulgurant. Même s'il est bien entendu trop tôt pour tirer des conclusions quant à la contagiosité et à la sévérité du sous-variant BA.2, souhaitons que la remontée des contaminations de ces derniers jours ne soit pas le fait de la propagation du variant BA.2.  

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