Malgré une charge virale plus faible, Omicron est plus contagieux que le variant Delta. © Teeradej, Adobe Stock
Santé

Omicron : plus de virions, plus de contagions ?

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Selon une prépublication, le variant Omicron induit une charge virale plus faible que le variant Delta. Alors à quoi est due sa contagiosité ?

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Le variant Delta a perdu la guerre des infections, battu par Omicron. Pourtant ce dernier induit une charge virale, la quantité de virus présente chez une personne infectée, plus faible que Delta. C'est la conclusion d'une étude prépubliée menée dans plusieurs universités américaines, dont l'école de santé publique d'Harvard. Quel est le secret de la contagiosité d'Omicron ?

Comparaison de la charge virale d'Omicron et de Delta. Plus le Ct est élevé, moins il y a de virus dans l'échantillon. © James A. Hay et al., MedRxiv

Une contagiosité indépendante de la charge virale

Lors d'un test de dépistage par PCR, la quantité de virus présente dans l'échantillon est estimée par le Ct (cycle threshold ou seuil de cycle). Plus cette valeur est haute, plus la quantité d'ARN du coronavirus présente dans l'échantillon est faible. Il faut donc plus de cycles d'amplification pour la rendre détectable. Pour un Ct > 25, on considère qu'il n'y a pas beaucoup d'ARN viral dans l'échantillon, au contraire pour un Ct < 10, la quantité d'ARN viral présente est très importante.

Pour comparer la charge virale induite par Omicron et Delta, les scientifiques ont réalisé des prélèvements nasopharyngés sur des membres de la National Basket Association (NBA) entre juillet 2021 et janvier 2022. Sur les 10.324 prélèvements effectués, 97 sont positifs pour Omicron et 107 pour Delta. Les participants infectés ont réalisé des prélèvements tous les jours pour suivre la dynamique de la charge virale au cours du temps. En moyenne, l'infection à Omicron dure 9,87 jours et avec un Ct de 23,3. En comparaison, l'infection à Delta dure 10,9 jours en moyenne, avec un Ct moyen de 20,5.

Comment le variant Omicron a-t-il pu devenir majoritaire aux dépens de Delta, en provoquant une charge virale moins importante et une infection plus courte ? Tout d'abord, les scientifiques n'ont pas contrôlé la présence d'une immunité préexistante chez les volontaires, cette dernière pourrait expliquer en partie pourquoi la charge virale est plus faible après une infection à Omicron. Le Ct ne reflète pas non plus une infectiosité des particules virales présentes dans l'échantillon. Néanmoins, les deux variants ont des dynamiques comparables. Ces résultats suggèrent que la grande contagiosité d'Omicron n'est pas liée à sa charge virale. Si l'infection à Omicron dure en moyenne 9,87 jours, les scientifiques ont observé que 50 % des échantillons étaient encore positifs cinq jours après l'infection initiale. Dix jours après l'infection initiale, 50 % de ces mêmes échantillons contenaient suffisamment de virions pour être contagieux.

Ces observations sont préoccupantes car la quarantaine se termine dix jours après le test de dépistage en France. Aucun test n'est nécessaire pour sortir de cette période d'isolement. Certaines personnes pourraient toujours être contagieuses après ce délai et participer à la propagation du variant. Le respect des gestes barrières après l'isolement reste primordial. L'échappement au système immunitaire d'Omicron pourrait aussi favoriser sa contagiosité. 

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