On peut continuer à porter le coronavirus même après la guérison. © petovarga, Adobe Stock
Santé

Covid-19 : 10 % des infectés sont toujours contagieux 10 jours après

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Une petite étude menée en Angleterre indique qu'une minorité de personnes infectées par le SARS-CoV-2 gardent des traces d'activité virale dix jours après l'infection initiale. 

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Isolée une personne malade, c'est limiter le risque qu'elle en contamine une autre. Avec l'épidémie de Covid-19, la plupart d'entre nous ont connu au moins une période d'isolement après avoir été cas contact ou infecté. L'arrivée du variant Omicron a poussé le gouvernement a adapté les mesures d'isolement, désormais la quarantaine initiale peut durer jusqu'à dix jours pour une personne positive non vaccinée. À l'issu de ces dix jours, la personne est considérée comme non contagieuse et peut rompre son isolement. Mais est-ce bien le cas ?

Des scientifiques de l'Université d'Exeter, en Angleterre, ont effectué des tests PCR particuliers, qui amplifient de l'ARN sous-génomique, sur des échantillons prélevés en 2020. Selon leurs résultats, 13 % des personnes testées présentent encore des quantités importantes d'ARN sous-génomiques après 10 jours.

Des traces de réplication active chez 13 % des personnes étudiées après 10 jours

La réplication du matériel génétique du coronavirus, un brin d'ARN simple-brin et de polarité positive, est complexe. Les protéines non structurales sont produites directement à partir de l'ARN génomique. Tandis que les protéines structurales (la spicule, l'enveloppe, la membrane et la nucléocapside) sont produites à partir d'autres molécules d'ARN, absentes du virion initial mais confectionnées lors de la réplication, appelées ARN sous-génomiques (ou ARNsg).

Les scientifiques ont pu analyser l'évolution de la quantité de ARNsg

Contrairement aux PCR de routine, qui ne sont pas capables de faire la différence entre un virion viable ou non, l'étude des ARN sous-génomiques permet de savoir si la réplication virale est active chez un patient et donc, s'il est potentiellement contagieux. La présence des ARNsg du gène E a été détectée chez 72 patients parmi les 176 inclus dans l'étude. Les scientifiques ont pu analyser l'évolution de la quantité de ARNsg pour 32 patients issus de ce groupe. Pour quatre d'entre eux, soit 13 %, la quantité d'ARNsg dépasse les 1.000 copies/mL entre 11 et 31 jours après leur dernier dépistage. Pour ces individus, la réplication du coronavirus semble toujours en cours après dix jours. Les scientifiques ont identifié un individu chez lequel les ARNsq étaient toujours présents après 68 jours.

« Cela signifie que ces individus sont susceptibles d'être restés contagieux au-delà de 10 jours et auraient pu transmettre le virus à d'autres », explique le Professeur Lawrence Young, virologiste à l'Université de Warwick.

Cette petite étude ne doit pas être surinterprétée. Si la présence d'ARNsg témoigne bien d'un cycle viral encore actif, cela ne signifie pas automatiquement que la personne est bel et bien infectieuse. Il existe d'autres méthodes, plus difficiles à mettre en œuvre mais aussi plus fiables, pour quantifier les virions infectieux dans un échantillon. De plus, l'étude a été faite en 2020, lorsque les variants Delta ou Omicron ne circulaient pas et qu'il n'y avait pas de vaccin. « Ses découvertes s'appliquent vraiment au virus de Wuhan originel. Les autres variants Alpha, Delta et Omicron plus transmissibles engendrent probablement plus que 10 % d'infections toujours actives après 10 jours », conclut le Dr Julian Tang, de l'université de Leicester. 

Pour en savoir plus

17 % des patients qui ont eu la Covid-19 seraient encore porteurs du virus

Article publié le 30 octobre 2020 par Céline Déluzarche

On pensait que les personnes déjà atteintes de Covid-19 étaient tranquilles pour au moins quelques mois. Il n'en n'est rien : non seulement bon nombre d'entre elles éprouvent encore des symptômes après leur guérison, mais 17 % sont à nouveau positives au coronavirus et donc potentiellement contagieuses. Cette découverte, même si elle n'est pas réservée à la Covid-19, vient cependant remettre en cause les protocoles d'isolement.

À fin du mois d'octobre, plus de 45 millions de personnes dans le monde ont été touchées par le coronavirus, dont 32,9 millions d'entre elles sont considérées comme guéries. Il existe pourtant des formes « longues » de la Covid-19 où les patients souffrent encore de difficultés respiratoires, de fatigue intense, de courbatures ou de perte d’odorat parfois pendant plusieurs mois après la guérison. D'autres cas de ré-infection ont également été décrits. Une nouvelle étude parue dans la revue American Journal of Preventive Medicine montre aujourd'hui que près de 17 % des anciens patients de la Covid-19 sont encore porteurs du virus parfois longtemps après.

L'étude a été menée par la fondation Policlinico Universitario Agostino Gemelli, à Rome (Italie), où un service de santé multidisciplinaire a été créé pour les patients qui se sont rétablis de la Covid-19 afin d'établir un suivi des malades après la guérison et d'évaluer l'impact du virus sur leur corps. Pour l'étude, 131 personnes déclarées officiellement guéries ont été à nouveau testées et, pour 16,7 % d'entre elles, le test RT-PCR s'est révélé à nouveau positif.

La persistance de symptômes ne signifie pas pour autant que l’on reste contagieux. © KP Arts, Adobe Stock

Des symptômes persistants non liés à la présence du virus

Positifs ou négatifs, la plupart des patients se portaient plutôt mieux et aucun d'entre eux ne montrait de fièvre. Toutefois, ils étaient nombreux à présenter des symptômes persistants, bien qu'étant de plus faible intensité que durant la phase aiguë de la maladie : fatigue, 51 % ; difficultés respiratoires, 44 % ; toux, 17 %. Curieusement, la prévalence de ces symptômes est similaire entre les personnes testées négatives et celles testées positives, ce qui signifie que ce critère n'est pas un bon prédicteur de l'infectiosité.

Un taux notable de patients guéris de Covid-19 pourraient encore être porteurs asymptomatiques du virus

« Nos conclusions indiquent qu'un taux notable de patients guéris de Covid-19 pourraient encore être porteurs asymptomatiques du virus, avertit Franceso Land, principal auteur de l'étude. La question à laquelle il faut encore répondre pour contenir la pandémie de Sars-CoV-2 est de savoir si la présence persistante de fragments du virus signifie que les patients sont toujours contagieux. Le test RT-PCR recherche de petits fragments d'ARN viral. Un prélèvement positif peut révéler si les patients continuent d'excréter des fragments de virus, mais il n'est pas capable de discerner s'ils sont ou non infectieux ».

Un indice toutefois : aucun cas positif n'a été enregistré dans leur entourage, ce qui plaide pour une faible infectiosité. Dans le doute, les auteurs recommandent tout de même aux personnes considérées comme guéries de continuer d'appliquer les gestes barrière, comme le port du masque ou le lavage de mains.

Tests PCR : un faux indice de confiance

La persistance de symptômes après une maladie n'est cependant pas unique à la Covid-19. Il est connu que, après une pneumonie par exemple, de nombreux patients continuent à éprouver des difficultés respiratoires. La maladie de Lyme, causée par une piqûre de tique, donne aussi lieu à des formes longues. Trouver des traces de virus longtemps après l'infection n'est pas non plus inhabituel. Une étude de 2017 a, par exemple, trouvé des traces d'ARN du virus Zika chez des patients guéris depuis des mois.

L'étude italienne reflète surtout les faiblesses des tests RT-PCR, ceux-ci étant pourtant considérés comme référence : non seulement ces derniers peuvent donner lieu à des faux positifs ou faux négatifs, ce qui fausse les études, mais ils n'indiquent en rien si le virus est toujours actif ou s'il s'agit de « déchets » subsistant dans le corps ni si la personne reste infectieuse ou pas.


Le coronavirus resterait plus longtemps dans l'organisme des patients sévèrement atteints

Article de Julien Hernandez publié le 23/04/2020

Selon une récente étude rétrospective, le SARS-CoV-2 resterait plus longtemps dans l'organisme des patients atteints d'une forme sévère de la maladie que dans celui des patients modérément atteints. De plus, le pic de la charge virale durerait également plus longtemps chez ce type de patients. Prudence cependant, car cette étude comporte des limites

La pandémie de SARS-CoV-2 a déjà contaminé plus de 2,5 millions de personnes dans le monde. Pour endiguer l'épidémie et donc la contagiosité des porteurs, il est primordial de savoir comment évolue la charge virale chez les patients infectés. Une récente étude parue dans le British Medical Journal donne quelques pistes qui devront être confirmées.

Elle avait pour objectif d'évaluer la progression de la charge virale en fonction de la sévérité de la maladie. 96 patients ont été admis dans

l'analyse de données, 74 cas sévères et 22 modérés. L'échantillon est petit et disproportionné, ce qui peut conduire à d'éventuels biais. Plus de 3.497 échantillons différents (mucus, selles, sérum, urine) ont été prélevés chez les malades. Voici ce que les scientifiques ont observé et ce qu'ils en concluent. 

Charge virale et gravité de la maladie

En premier lieu, les patients de cette cohorte atteints par une forme sévère de la maladie gardent le virus plus longtemps dans leur organisme (durée médiane à 21 jours) que les cas modérés (durée médiane de 14 jours). Ensuite, le pic de la charge virale, c'est-à-dire le moment où celle-ci culmine car le virus se réplique énormément, dure également plus longtemps chez ces patients.

En effet, le pic s'observe durant la deuxième semaine chez les cas modérés, puis s'estompe alors qu'il reste élevé lors de la troisième semaine de la maladie chez les patients sévèrement atteints. Enfin, les auteurs remarquent que le virus est présent pendant une durée bien plus longue dans les selles des patients (durée médiane de 22 jours) que dans leurs sécrétions respiratoires (durée médiane de 18 jours), peu importe la gravité de la maladie. 

Une forme sévère de la maladie est associée à une charge virale détectable plus longtemps. © Halfpoint, Adobe Stock

Que faut-il penser de ces observations ? 

Il faut les prendre pour ce qu'elles sont, c'est-à-dire des observations. L'étude comporte des limites, notamment le fait qu'elle ne soit pas multicentrique et que la taille de l'échantillon soit insuffisante. Les auteurs le reconnaissent eux-mêmes : « Cela peut conduire à une répartition déséquilibrée des facteurs de confusion lors de l'évaluation de l'excrétion virale et de la charge virale. » Ensuite, la charge virale est influencée par de nombreux facteurs.

La qualité des échantillons prélevés affecte directement la charge virale, de sorte que l'étude de la charge virale ne reflète que partiellement la quantité de virus dans le corps. Enfin, les tests PCR ne peuvent pas faire la distinction entre un virus viable et un virus non viable, et ne reflète pas le niveau de réplication du virus dans différents tissus. Il faut donc être prudent avec ces résultats préliminaires et ne pas en tirer de conclusion hâtive. 

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