Lorsqu'ils boivent et qu'ils mangent, les animaux sont amenés à ingérer des bactéries ou des parasites qui peuvent, ensuite, provoquer des maladies chez l'Homme. C'est le cas des salmonelles ou d'Escherichia coli par exemple.
Certains de ces parasites contaminent le muscle de l'animal tandis que diverses bactéries pathogènes se chargent, par exemple, de coloniser leur tube digestif. C'est, en effet, un endroit où il fait bon vivre, tout du moins pour les bactéries. Nutriments, « douce » température, humidité sont là pour leur faciliter le séjour...
Ensuite, quoi de plus facile, par le biais des excréments, que d'aller visiter d'autres niches écologiques ? Tout en se permettant, pourquoi pas, un petit passage par la cuisine du particulier !
La matière fécale : une source de contamination
Salmonella, Bacillus cereus, Campylobacter, Clostridium, Escherichia colipathogènes, Listeria monocytogenes, Yersinia, virus de l'hépatite A ou E, norovirus... peuvent à un moment ou un autre, être présents dans le tube digestif de l'Homme et des animaux sains ou malades. Les matières fécales sont donc une source importante de recontamination de l'environnement et des animaux. Une étude a permis de retrouver des Escherichia coli O157:H7 sur des mouches (3,3 %), sur des oiseaux (0,5 %), des fèces de chevaux (1,1 %) ou même de chiens (3,1 %). Chez les bovins, un seul gramme d'excréments peut contenir jusqu'à 100.000 E. coli O157:H7. On retrouve également ces pathogènes chez de nombreux autres animaux tels que les porcs, les volailles et même chez les pigeons.
Pour Listeria monocytogenes, 10 à 30 % des bovins, ovins, porcins et poulets hébergent la bactérie. On la retrouve chez plus de 40 mammifères et divers autres animaux tels que les campagnols ou les oiseaux. Les volailles et autres oiseaux sauvages sont les principaux réservoirs de Campylobacter jejuni. Mais il en existe d'autres tels que les bovins, les porcins, les petits ruminants, et même les chats et les chiens. Les staphylocoques ne sont pas en reste puisqu'ils sont portés, entre autres, par les bovins, ovins, caprins, volailles, chevaux, chiens, chat et les pigeons.
Difficile de décrire toutes les espèces qui sont un réservoir potentiel de pathogènes mais une chose est sûre : l'animal et ses déjections sont bien une source de contamination de l'environnement et de tout ce qui entre à son contact (lait, œufs, viande, chair du poisson...).
Le fumier mis autour d'un plant de fraisier est un excellent engrais. Mais il peut aussi se révéler une pratique à risque quand les fruits sont mangés crus ou utilisés pour faire des jus de fruits non pasteurisés. Diverses contaminations de personnes à partir de fruits et légumes sont décrites dans la littérature scientifique : du patient végétarien qui consomme les produits de son jardin fertilisés avec du fumier de bovin au consommateur de pommes de terre qui pratique la même technique. Des animaux qui paissent dans un champ peuvent également contaminer les fruits de l'arbre tombés à terre.
Les animaux souffrant de diverses infections ou abcès constituent une autre source de contamination. Le lait d'une vache atteinte d'une mammite, infection du pis, sera donc écarté. En revanche, les mammites pour lesquelles aucun symptôme n'apparaît (mammites sub-cliniques) sont une source possible de contamination du lait cru en Staphylocoques aureus. Enfin il est également possible que l'Homme se contamine directement au contact de l'animal.
Dans ce cas, la bactérie pathogène est ingérée sans intervention de l'aliment. Cela peut se passer lors d'une visite à la ferme. En caressant une vache puis en mettant ses doigts à la bouche.