Les bactéries ont, depuis la nuit des temps, colonisé des niches écologiques très variées. Ces agents se retrouvent partout dans l'environnement. Qu'il s'agisse de la terre du jardin, du sable dans lequel jouent les enfants, de l'herbe d'un champ mais aussi du lisier épandu sur le sol ou des lieux de stabulation des animaux...
Que ce soit dans l'eau douce d'une rivière, d'un abreuvoir, d'un lac ou l'eau salée des mers, l'environnement est le réservoir de bon nombre d'agents infectieux. Et ces pathogènes peuvent y survivre pendant de longues, voire très longues, périodes. Pour ne donner que quelques exemples, les salmonelles survivent plusieurs mois dans le milieu extérieur et l'environnement des élevages tel que les étables et les poulaillers.
les bactéries peuvent survivre dans des milieux très pauvres
Jusqu'à 1 an dans la terre, 4 mois dans l'eau des rivières, 3 mois dans l'eau de puits et 11 jours dans l'eau salée des mers. Au Royaume-Uni, plusieurs enfants ont été contaminés par Escherichia coli O157:H7 à la suite d'un séjour dans une ferme pédagogique. La bactérie pathogène a été retrouvée dans le compost préparé depuis trois mois. Listeria monocytogenes pour finir, mais de manière non exhaustive, est capable de survivre pendant 1 à 2 ans dans le sol et se retrouve dans tout l'écosystème dont les ensilages qui nourrissent les animaux.
Quoi qu'il en soit, les bactéries pathogènes n'ont pas attendu la recette du gâteau à la crème pour survivre et se multiplier. Elles savent le faire depuis longtemps et dans des milieux parfois très pauvres. Certaines d'entres elles, comme Clostridium ou Bacillus, sont même devenues les championnes de la survie en se transformant en spores. Elles peuvent, ainsi, persister dans la nature pendant plusieurs années.