Plongée dans le plasma d’un patient convalescent, la souche originale du virus SARS-CoV-2 ne tarde pas à muter pour échapper aux anticorps et aux lymphocytes T. Des changements extrêmement rapides et inquiétants à plusieurs titres.

Les résultats de cette étude pré-publiée sur le site bioRxiv font froid dans le dosdos. Une équipe de chercheurs vient de mettre en évidence la capacité incroyable du virusvirus à muter pour échapper aux anticorpsanticorps. Les chercheurs, menés par Rino Rappuoli (le chef de la R&D externe de GSK Vaccines), ont injecté la souche initiale du coronaviruscoronavirus SARS-CoV-2 dans le plasmaplasma d'un patient convalescent pour voir comment le virus réagissait. Durant 38 jours, le plasma a neutralisé le virus sans problème même dilué 640 fois. Mais le rapport de force n'a pas tardé à s'inverser.

Trois mutations qui suffisent à anéantir l’efficacité des anticorps

Au bout du 45e jour, une première mutation échappant aux anticorps est apparue sur la protéineprotéine de pointe sur 36 % des virionsvirions. Après un passage supplémentaire, cette mutation concernait 100 % des virions et avait déjà divisé l'efficacité du plasma par quatre. Après 12 passages et 80 jours, est alors apparue la fameuse mutation E484K, présente notamment chez les variants sud-africain et brésilien, et détectée récemment chez le variant anglais. À cette date, la capacité de résistancerésistance du sérumsérum a encore été divisée par quatre. Ce dernier était alors déjà 16 fois moins neutralisant qu'au départ. Un troisième changement survenu après un dernier passage entre le 80e et le 90e jour (lorsque s'est arrêtée l'expérience) s'est accompagné « de l'abrogation complète de l'activité de neutralisation par l'échantillon plasmatique », écrivent les auteurs.

Les mutations successives neutralisent les anticorps en moins de 90 jours. © Rino Rappuoli et <em>al.</em>, <em>bioXriv</em>, 2021
Les mutations successives neutralisent les anticorps en moins de 90 jours. © Rino Rappuoli et al., bioXriv, 2021

La dernière mutation, l'insertion spontanée d'une longue chaîne de 11 acides aminésacides aminés à la position 248 de la protéine de pointe, est particulièrement intéressante car elle constitue une stratégie d'évasion immunogène bien connue décrite dans la grippegrippe, le VIH-1VIH-1 et d'autres virus. Mais alors que ce genre de mutation de grande ampleur met généralement des années à se produire, elle est ici intervenue en moins de trois mois !

Une échappatoire supplémentaire contre les lymphocytes T

Et les mauvaises nouvelles ne s'arrêtent pas là. Selon une autre récente étude publiée dans Science Immunology, certains peptidespeptides mutants du virus ne se lient pas efficacement aux protéines de la surface des cellules infectées. Cela signifie que ces cellules ne peuvent pas être reconnues par les lymphocyteslymphocytes T CD8+, chargés de les détruire. « Ces peptides mutants diminuent la multiplication des lymphocytes T, retardent la production de facteurs inflammatoires tels que l'IFN-γ et interrompent l'activité globale de destruction cellulaire des lymphocytes T tueurs », relatent les auteurs de l'étude, qui ont examiné 747 séquences génétiquesgénétiques du virus afin d'identifier ces mutations clés.

Une nouvelle d'autant plus inquiétante que les immunologistes estimaient jusqu'ici que l'action des lymphocytes T pouvait compenser une efficacité amoindrie des anticorps. De plus, certains vaccinsvaccins comme ceux à ARNARN induisent une réponse contre un nombre limité d'épitopesépitopes reconnus par les CD8+, ce qui signifie que quelques mutations du virus pourraient suffire à affaiblir leur efficacité.


Le SARS-CoV-2 est-il intelligent et diabolique ?

Article de Julien Hernandez publié le 25/01/2021

Dans son intervention sur BFM TV hier soir, le président du Conseil scientifique qualifiait le virus d'intelligent et de diabolique. Que signifie véritablement cette formulation ? Pourquoi constitue-t-elle un abus de langage qui plus est malencontreux ?

« Un virus diabolique et plus intelligent qu'on ne le pense ». Ces mots, ce sont ceux du président du Conseil scientifique, Jean-François Delfraissy, invité de l'émission BFMTVSD hier soir. Il tempère cette phrase d'un « entre-guillemets » juste après l'avoir prononcée, certainement pour évoquer le fait qu'on ne doit pas la prendre au pied de la lettre. Mais alors, qu'entendait-il réellement par cette formule ? 

Un virus intelligent et diabolique ?

Au-delà de la personnification inadéquate pour se référer à un micro-organismemicro-organisme, faire appel à la notion d'intelligenceintelligence, sous-entend une intentionnalité du SARS-CoV-2SARS-CoV-2. Comme si, grâce à son intelligence supérieure aux autres virus, il avait la capacité de comprendre les actions que nous menons pour éviter sa propagation et agir en conséquence. De là, découle assez intuitivement le fait qu'il serait diabolique, étant donné que sa volonté de se répandre va engendrer une proportion non négligeable de séjours en réanimation ou de morts dans les populations touchées

En réalité, cette sémantique semble clairement inappropriée pour retranscrire la capacité du virus à muter. Nous sommes clairement face à un abus de langage. Tous les virus mutent plus ou moins rapidement et de façon plus ou moins similaire. Il est normal qu'un virus mute au fur et à mesure qu'il se réplique. Et se faisant, il accumule des mutations et celles qui lui confèrent un avantage pour survivre au sein d'un hôte persiste généralement. Un virus n'est, en réalité, qu'un amas de protéines et d'acides nucléiquesacides nucléiques. Il est erroné de lui attribuer une quelconque capacité à développer une stratégie consciente.

Le SARS-CoV-2 n'est pas un virus intelligent et diabolique. C'est un virus, comme un autre, ou presque. © Niaid, RML, <em>Wikimedia Commons</em>, Flickr, CC by-sa 2.0
Le SARS-CoV-2 n'est pas un virus intelligent et diabolique. C'est un virus, comme un autre, ou presque. © Niaid, RML, Wikimedia Commons, Flickr, CC by-sa 2.0

Les mutations sont la norme

De plus, les données concernant ces variants sont encore très préliminaires et issues de clusters spécifiques. Il est encore tôt pour affirmer de façon péremptoire qu'ils sont beaucoup plus contagieuxcontagieux et surtout pour donner une quantification exacte de leur supériorité en matièrematière de transmission. Il faut également se rappeler que ce n'est pas la première fois qu'une mutation persiste. La souche qui a émergé à Wuhan l'année dernière est différente de celle qui s'est répandue en Europe.

Pour ce qui est de la mortalité qu'engendrent les variants, il faut aussi rester prudent car les données sont encore plus préliminaires que pour la contagiosité. Aussi, si on se réfère à la cohérence avec la notion d'adaptation, ce n'est pas dans l'intérêt (ceci est un abus de langage) du virus que de devenir plus mortel pour son hôte. Cela dit, la situation est nouvelle. Ce pathogènepathogène circule sur toute la Planète depuis une année et nous sommes les spectateurs de son évolution et de son adaptation en temps réel grâce aux outils de séquencage modernes. C'est totalement inédit. 

Ce qu'il faut aussi rappeler, c'est le fait que les mutations sont la norme et non l'anomalieanomalie. Plus le virus va se répliquer, plus il a de chances d'accumuler des mutations car la polymérasepolymérase, des enzymesenzymes en charge de fabriquer des copies de son génomegénome lors de ce phénomène, commet régulièrement des erreurs même si, pour les coronavirus, c'est un peu différent étant donné qu'il possède aussi une exonucléase (une enzyme qui vient couper les acides nucléiques aux extrémités) qui permet de corriger certaines de ces erreurs.

Vous l'aurez donc compris, le SARS-CoV-2 n'est pas un virus intelligent et diabolique. C'est un virus, comme un autre, ou presque.