Un traitement possible contre le Covid-19 suppose de modéliser des protéines impliquées dans la structure du virus. L'opération demande une grande puissance de calcul qui est atteinte en partageant les opérations à mener sur des ordinateurs à l'échelle de la Planète bleue grâce au logiciel [email protected] Le Cern vient de joindre à ces ordinateurs certaines des machines de son centre de calcul.

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Il y a quelque temps, Futura vous avait proposé de vous joindre à la lutte mondiale contre le Covid-19Covid-19 de chez vous en installant le logiciellogiciel [email protected]. Il s'exécute pendant que vous utilisez votre ordinateur sans que vous le remarquiez et il permet de faire du calcul distribué, lequel consiste à découper en petites unités indépendantes des calculs à effectuer pour les répartir ensuite sur des ordinateursordinateurs personnels (Mac ou PCPC), fonctionnant aussi bien sous Windows que sous macOS ou LinuxLinux.

En l'occurrence, les calculs pour lesquels on vous demande de l'aide portent - mais pas seulement car d'autres traitements pour d'autres maladies sont aussi étudiés avec ce logiciel - sur la modélisation de la structure et de la dynamique d’une protéine à la surface du Covid-19 (voir l'illustration créée aux Centers for Disease Control and Prevention). Elle intervient dans les dégâts causés par la maladie en se liantliant à une protéine réceptrice sur une cellule pulmonaire. Un traitement consisterait donc à trouver un anticorpsanticorps thérapeutique, c'est-à-dire un type de protéine qui peut empêcher la protéine virale de se lier à son récepteur, empêchant ainsi le virusvirus d'infecter la cellule pulmonaire. C'est là qu'intervient la modélisationmodélisation par une technique dite de dynamique moléculaire de la protéine du Covid-19.

Bon plan

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Le projet [email protected] fonctionne grâce au réseau mondial d'InternetInternet qui est devenu une illustration frappante de certaines idées visionnaires exposées par le géologuegéologue, paléontologuepaléontologue et philosophe Teilhard de Chardin, avec le concept de Noosphère, et celle d'Arthur Clarke qui anticipait, lui aussi, l'arrivée du fameux village global selon l'expression que l'on doit au philosophe et sociologue des médias canadiens Marshall McLuhan.


Une présentation du Cern. © Cern

[email protected] au lieu de naissance du Web

Or rappelons-le, le Web que nous connaissons est né au Cern il y a 30 ans. Le célèbre laboratoire européen, où l'on a fait la découverte des bosons de Brout-Englert-Higgs, W et Z est lui-même un grand consommateur de calculs lorsqu'il analyse les produits des collisions de protonsprotons dans les détecteurs géants du LHCLHC à la recherche d'une nouvelle physiquephysique. Ces calculs concernent toute la communauté de la physique des particules mondiale qui travaille sur le LHC. Le CernCern avait lui-même suivi la voie de [email protected] en proposant aux internautes de la noosphère de rejoindre la quête de nouvelles particules via le projet de calculs partagés [email protected]. C'est donc sans surprise que l'on vient d'apprendre, par un communiqué du Cern, que le laboratoire avait lui aussi mis à la disposition de [email protected] une partie de la puissance de calcul de ses ordinateurs, environ 10.000 cœurs de processeursprocesseurs de son principal centre de calcul.

Le Cern précise cependant dans son communiqué que : « Cela ne représente toutefois qu'un tiers environ des "opérations de calcul" que l'équipe du Cern a réalisées pour [email protected] Le reste correspond à des contributions faites directement par les sites de calcul pour le LHC. Ensemble, à la date du 21 avril, le Cern et les sites de calcul pour le LHC venaient au 87e rang des contributeurs ».

On voit ici la puissance de calcul de plusieurs superordinateurs, celui, virtuel, du projet Folding@home est désormais loin devant. © Folding@home
On voit ici la puissance de calcul de plusieurs superordinateurs, celui, virtuel, du projet [email protected] est désormais loin devant. © [email protected]

2,5 milliards de milliards d’opérations à virgule flottante par seconde

Et les contributeurs sont désormais nombreux car depuis ces dernières semaines la puissance de calcul de [email protected] a augmenté de façon vertigineuse au point de damer le pion aux grandes puissances qui faisaient la course pour dépasser le murmur de l'exaFLOPS, c'est-à-dire un seuil de vitessevitesse de calcul correspondant à l'exécution d'un milliard de milliards d'« opérations à virgule flottante par seconde » (floating point operations per second ou FLOPS, en anglais)

Les Chinois espéraient passer ce mur de l'exaFLOPS à l'horizon 2021 au centre National University of Defense Technology de Guangzhou et les Américains également avec l'AuroraAurora du DOE (Department of Energy), construit par Cray pour le compte du Laboratoire national d'Argonne (à Chicago). Rappelons que le mur du pétaFLOPS (un million de milliards de FLOPS) avait été, lui, franchi par le RoadRunner d'IBMIBM en 2008.

Mais aujourd'hui, [email protected] a déjà atteint les 2,5 exaFLOPS, soit une puissance supérieure à celle que l'on obtiendrait si on réunissait les 500 supercalculateurssupercalculateurs les plus puissants au monde. Et ce n'est sans doute pas fini ! La noosphère est en tout cas bel et bien entrée dans l'ère exaflopique...


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