Le variant XD ou Deltacron est un variant recombinant. © Jeromecronenberger, Adobe Stock
Santé

Covid-19 : ce que l’on sait sur le variant XD

ActualitéClassé sous :Variant du coronavirus , Covid-19 , Virus

Deltacron avait reçu ce nom car il était issu d'une recombinaison entre le variant Delta et le variant Omicron du SARS-CoV-2. Il s'appelle désormais variant XD. Voilà ce que l'on sait sur son génome et sa circulation en France.

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Le variant Deltacron a été identifié pour la première fois en janvier 2022 à Chypre où une équipe affirmait avoir détecté 25 cas. À ce moment-là, la communauté scientifique avait émis des doutes quant à l'existence réelle de ce variant, suggérant plutôt des contaminations d'échantillons. Ensuite, mi-février, l'agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni a elle aussi déclaré un cas d'infection hybride entre le variant Delta et le variant Omicron. Là aussi, il avait plutôt été évoqué un cas exceptionnel de co-infection d'une personne par les deux variants en même temps. À cette même période, des cas de co-infection avaient aussi été décrits avec les virus de la grippe et du coronavirus. On avait alors parlé de Flurona, contraction entre « flu », la grippe, et « coronavirus ». Néanmoins et malgré les doutes sur l'existence réelle de Deltacron, la France a décidé de suivre de près ce potentiel variant recombinant dès le 18 février 2022. Elle a confié ce travail aux laboratoires du consortium Emergen, à Santé publique France et au CNR (Centre national de référence) des virus des infections respiratoires. Depuis, le nom donné à Deltacron est XD.

Ce que l’on sait du génome du variant XD

Le variant XD ne résulte ni d'une contamination d'échantillons ni d'une co-infection par deux virus d'une même cellule. Il s'agit bien d'un nouveau variant. Selon le point épidémiologique de Covid-19 du 24 mars 2022 de Santé publique France, le génome du variant XD est constitué :

  • du génome du variant Delta (sous-lignage AY.4) en majorité ;
  • du génome du variant Omicron (sous-lignage BA.1) sur une portion petite mais stratégique, le gène S qui code pour la protéine Spike.

Pour rappel, la protéine Spike est une protéine présente à la surface du virus. Elle a la capacité de se lier à un récepteur humain, nommé ACE2. Ce récepteur est largement répandu à la surface des cellules humaines, notamment pulmonaires. Via cette liaison, le virus pénètre à l'intérieur de nos cellules.

Sur cette illustration en 3D, la protéine S (en rouge) du coronavirus reconnaît le récepteur ACE 2 (en bleu) de la cellule. © Juan Gaertner, Shutterstock

Ce que l’on sait de la propagation du variant XD en France

Toujours selon le point épidémiologique de Covid-19 du 24 mars 2022 de Santé publique France, 44 cas ont été détectés sur le territoire. Plusieurs de ces contaminations remontent à janvier 2022, « ce qui suggère une circulation de ce recombinant à des niveaux faibles depuis plusieurs semaines ». Néanmoins, le nombre de cas détectés semaine après semaine ne semble pas augmenter.

De façon légitime, ce variant fait peur. Imaginez un variant ayant la dangerosité de Delta et la contagiosité d'Omicron ! Toutefois, il n'y a pas d'inquiétude à avoir pour le moment. Le rapport précise qu'« à ce jour, très peu de données sont disponibles sur les caractéristiques du variant XD, mais des investigations sont en cours ».

Pour en savoir plus

Ce que l’on sait sur le premier cas du variant Deltacron détecté au Royaume-Uni

Article de Stéphanie le Guillou publié le 19/02/2022

Le nombre de cas de contaminations à Omicron ne cesse de décroître en France : - 44 % de nouveaux cas positifs par rapport à la semaine dernière en ce lundi 14 février. La sortie de crise semble se dessiner... à moins que de nouveaux variants plus contagieux ou plus dangereux ne surgissent. Un cas de Deltacron a été détecté au Royaume-Uni en fin de semaine dernière. De quoi s'agit-il ? Faut-il s'inquiéter ?

Le variant Deltacron avait déjà fait parler de lui début janvier. Il s'agirait d'un nouveau variant du coronavirus, résultant d'une recombinaison entre Delta et Omicron. Une équipe chypriote affirmait à ce moment-là avoir détecté 25 cas de Deltacron. Dès lors, des doutes sérieux avaient été émis quant à l'existence de ce variant. Des contaminations d'échantillons avaient été évoquées.

Ce vendredi 11 février, le variant Deltacron est revenu sur le devant de la scène : l'agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni a indiqué avoir détecté un premier cas d'infection hybride. Ce variant, sous la dénomination « Delta x Omicron recombinant », fait désormais partie de la liste des variants « sous surveillance » des autorités britanniques. Alors s'agit-il véritablement d'un nouveau variant ?

Un simple cas de co-infection ?

Avant de parler de nouveau variant, il faut éliminer les autres explications, notamment le cas d'une co-infection. Il faut savoir qu'une même cellule peut être infectée par deux virus en même temps. Des cas d’infections à la grippe et au SARS-CoV-2 ont été rapportés il y a peu. À ce moment-là, on avait très vite entendu parler de Flurona, contraction entre « flu » (la grippe) et coronavirus. Il ne s'agissait pourtant pas d'un nouveau virus ou d'un nouveau variant mais d'un patient ayant été infecté par les deux virus en même temps. Concernant le cas de Deltacron détecté en Grande-Bretagne, il est fort probable que le patient ait été infecté par le variant Delta et le variant Omicron du SARS-CoV-2 en même temps.

La menace de survenue d'un nouveau variant est bien réelle. © flyalone, Adobe Stock

Plus de dangerosité ?

Quand on pense à la dangerosité de Delta et à la contagiosité d'Omicron, le mot Deltacron est absolument effrayant ! Pour le moment, les cas de Deltacron sont extrêmement rares et le signalement britannique est le seul cas officiellement répertorié. Les données ne sont donc pas suffisantes pour conclure sur ce type de contamination hybride. Cependant, les populations européennes disposent aujourd'hui d'un bon niveau de protection contre les variants Delta et Omicron, d'une part grâce à la vaccination et d'autre part à cause du fort niveau de circulation du variant Omicron ces dernières semaines. Il n'y a donc pour le moment pas lieu de s'inquiéter de la survenue de ce nouveau variant.

Même si le variant Deltacron ne semble pas en être un, la menace de la survenue de nouveaux variants demeure en revanche indiscutable. Comme le déclarait le directeur général de l'OMS il y a quelques semaines, le risque d'émergence de nouveaux variants plus transmissibles et plus mortels est « bien réel ».


Deltacron : le nouveau variant découvert à Chypre existe-t-il vraiment ?

Article de Julie Kern publié le 10/01/22 

« Deltacron », voilà un terme qui a fait le tour des médias ce week-end. Il s'agirait d'un variant du SARS-CoV-2, mélange entre Delta et Omicron, découvert à Chypre. L'existence réelle de ce nouveau variant ne fait pas encore l'unanimité. 

Samedi 8 janvier 2021, l'agence de presse Bloomberg a publié une information qui a rapidement fait le tour des médias. Leondios G. Kostrikis, un biochimiste chypriote et responsable du laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire à l'Université de Chypre, a découvert un nouveau variant du coronavirus, issu de la recombinaison entre les variants Delta et Omicron. Le scientifique a fait part de sa découverte, appelée « Deltacron » sur la chaîne Sigma TV lors d'une interview le 7 janvier 2021.

Le variant Delta avec des signatures génétiques d'Omicron

Le génome de Deltacron serait en grande partie similaire à celui du variant Delta, mais possèderait des mutations propres à Omicron. Leondios Kostrikis et son équipe affirment avoir détecté 25 cas de Deltacron. Les séquences de ces derniers ont été transmises au Gisaid par les scientifiques chypriotes, une base de données qui regroupe les séquences des variants du coronavirus, mais Deltacron ne fait pas encore partie de la liste des variants répertoriés par le site.

En effet, la découverte de Deltacron laisse beaucoup de scientifiques sceptiques. Tom Peacock, virologiste à l'Imperial College de Londres, s'est exprimé sur Twitter à ce propos. Pour lui, il s'agit d'un problème de contamination des échantillons plutôt qu'un évènement de recombinaison réel.

Un variant qui n'existe pas ?

Leondios Kostrikis a déclaré à Bloomberg, le 9 janvier 2021, que les 25 échantillons n'ont pas été séquencés en même temps, ce qui exclut, selon lui, toute erreur technique. De plus, il ne pense pas que Deltacron soit le fruit de la recombinaison entre Delta et Omicron chez un patient co-infecté par les deux variants, mais plutôt le résultat de l'évolution naturelle d'un variant plus ancien.

Alors le variant Deltacron existe-t-il vraiment ? Difficile à dire à partir de ces éléments uniquement. Pour confirmer l'existence de Deltacron, d'autres observations similaires doivent être faites indépendamment de manière répétée, et dans des laboratoires différents.


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