Des milliers de virus inconnus découverts dans les couches sales des bébés

L'intestin des bébés, presque stérile au début de la vie, gagne des bactériesbactéries, des virusvirus et d'autres micro-organismes jusqu'à former le microbiotemicrobiote intestinal mature vers 3 ans. Sa richesse et son équilibre dépendent de plusieurs facteurs : l'alimentation, la prise d'antibiotiquesantibiotiques, les modalités de naissance (par voie basse ou césarienne). Si on connait plutôt bien les bactéries qui colonisent les intestins durant la petite enfance, les virus sont plus mystérieux. Publiée dans Nature Medicine, une nouvelle analyse des couches souillées de 647 bébés danois de moins d'un an a permis de découvrir 10 000 espècesespèces de virus regroupés dans 248 familles dont la grande majorité était inconnue jusqu'alors.

Des centaines de famille de virus inconnues

Ces virus ne représentent aucun risque direct pour la santé des nourrissons puisque ce sont des bactériophagesbactériophages, des virus qui s'attaquent uniquement aux bactéries et régulent leur présence. Les 10 000 nouvelles espèces de bactériophages ont été identifiées par séquençage génétique. Alors que, auparavant, les scientifiques devaient isoler le virus et leur cellule hôte pour décrire une nouvelle espèce virale, le Comité international de taxonomietaxonomie des virus a assoupli cette règle et désormais, l'identification d'une espèce virale peut se faire uniquement avec une séquence génétique.

À l'origine de ce travail, le groupe international de chercheurs, dirigé par l'université de Copenhague, a donc analysé le métagénomemétagénome -- l'ensemble de l'ADNADN présent d'un échantillon -- de 647 échantillons de selles prélevés chez les bébés. Par des techniques de bioinformatique, ils ont reconstitué le viromevirome des enfants. C'est ainsi que les 10 021 espèces de bactériophages ont été découvertes et classées dans 248 familles dont 232 était totalement inconnues ; 7 524 parmi les 10 021 découvertes appartiennent à ces nouvelles familles.

Les 246 familles virales auxquelles appartiennent les 10 021 espèces de phages découvertes. © Shiraz A. Shah et al. Nature Microbiology

Mieux comprendre la « matière sombre » de nos entrailles

Cette étude permet d'appréhender l'incroyable diversité du virome intestinal mais aussi d'étendre nos connaissances sur cette « matière noire » qui vit dans nos intestins. La plupart des bactériophages identifiés sont dits tempérés, c'est-à-dire qu'ils ont un cycle de vie lysogène qui comprend l'intégration d'une partie de leur génome dans celui des bactéries qu'ils infectent, lui laissant un sursis. Les phages tempérés s'opposent aux phages virulents ou lytiques qui n'utilisent qu'un cycle de vie lytique où la bactérie hôte est détruite rapidement. Chez les adultes, les phages lytiques constituent la majeure partie du virome intestinal. Des informations précieuses pour comprendre comment se forme et évolue cette communauté de micro-organismes qui nous protège de certaines maladies et renforce notre immunitéimmunité dès le début de la vie.