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Ensemble des génomesgénomes des populations bactériennes d'un milieu donné. La méthode utilisée pour l'analyser -- la métagénomique -- consiste à étudier collectivement les gènesgènes, sans les détailler individu par individu.

L'avantage est une rapidité plus grande de l'analyse et le principe présente également une pertinence d'un point de vue écologique. L'information importante est en effet de savoir quels gènes, donc quelles fonctions biologiques, existent dans le milieu.

On étudie ainsi des métagénomes de milieux marins, terrestres ou encore des milieux internes d'animaux (dont les écosystèmesécosystèmes bactériens sont appelés microbiomesmicrobiomes). On s'intéresse particulièrement au métagénome intestinal humain, par exemple.