Le séquençage du génome du virus SARS-CoV-2 permet d’identifier le variant impliqué dans une infection. C’est extrêmement important pour suivre l’évolution du virus, repérer les éventuelles modifications de la fameuse protéine Spike, et si besoin adapter les vaccins ou mettre en place des mesures de freinage de la circulation du virus. Mais comment fonctionne le séquençage ?

Cela vous intéressera aussi

[EN VIDÉO] Covid long : quand les symptômes durent des mois De nombreuses personnes sont atteintes de Covid long, une forme de la maladie qui peut s'étirer sur plusieurs mois. © Futura

Le séquençage est en quelque sorte la lecture du génomegénome du virusvirus, une suite de 30.000 lettres (bases). Ce texte génétiquegénétique contient les informations nécessaires à la réplicationréplication et à la production du virus. Celui-ci comprend une trentaine de protéines constituées d'acides aminésacides aminés. Les acides aminés sont des briques assemblées entre elles selon les instructions du génome. La plus célèbre de ces protéines est la protéineprotéine Spike. C'est elle qui permet au virus de se lier à la cellule cible humaine. C'est aussi elle qui est reconnue par les anticorpsanticorps (issus d'une contamination précédente ou de la vaccination) et qui va déclencher la réponse immunitaireréponse immunitaire de notre organisme.

Comment apparaissent les variants ?

Depuis son apparition, le virus de la Covid-19Covid-19 a évolué. Lors des nombreuses réplications du virus, lorsqu'il se propage de cellule en cellule, d'hôte en hôte, il peut se produire des erreurs de copies. C'est ce qu'on appelle des mutations génétiques. Une lettre peut être remplacée par une autre ou bien supprimée. Lorsque les lettres du génome changent, ce sont les instructions de synthèse des protéines qui sont modifiées. Certaines modifications ont peu de conséquences, d'autres beaucoup plus. Par exemple, lorsqu'une mutation survient à un endroit stratégique de la protéine Spike, le virus peut devenir résistant aux anticorps.

Lors de sa réplication, le virus peut muter et générer un nouveau variant. © artegorov3@gmail, Fotolia
Lors de sa réplication, le virus peut muter et générer un nouveau variant. © [email protected], Fotolia

Comment identifier les variants ?

À partir d'un échantillon issu d'un patient contaminé, il est possible d'extraire le matériel génétique du virus et de l'amplifier afin de pouvoir l'analyser. Des machines de séquençageséquençage haut débitdébit sont capables de lire le texte génétique du virus, de le comparer aux séquences déjà connues et de repérer les différences. Les données sont ensuite traitées par bio-informatique. L'ensemble de ces étapes dure plusieurs jours, c'est pourquoi il n'est pas possible de séquencer la totalité des échantillons des tests de dépistagedépistage.

Les informations provenant des différents échantillons de l'ensemble des laboratoires du territoire sont analysées pour détecter le plus tôt possible la survenue d'un nouveau variant, tracer sa diffusiondiffusion dans l'espace et dans le temps.

Il existe une autre technique permettant de tracer les variants déjà connus. Il s'agit de la technique RT-PCR de criblage. Au lieu d'analyser la totalité du génome du virus, la machine part à la recherche des mutations déjà identifiées de variants en circulation. Cette méthode est beaucoup plus rapide. Une fois un nouveau variant identifié, c'est cette technique qui est utilisée pour tracer sa propagation.