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Coronavirus MERS-CoV : un peu tôt pour incriminer la chauve-souris ?

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La semaine dernière, une étude scientifique clamait avoir trouvé dans une chauve-souris une séquence génétique du coronavirus MERS-CoV en tout point identique à celle retrouvée dans un des patients décédés. Le mammifère volant, déjà suspecté depuis le début, devenait le coupable idéal. Pourtant, des scientifiques appellent toujours à lui accorder la présomption d'innocence, la preuve apportée n'étant pas encore jugée irréfutable par tout le monde.

Les chauves-souris constituent les principaux suspects dans l'enquête qui cherche à remonter à la source du coronavirus MERS-CoV. Bien que les éléments soient à charge contre elles, il reste quelques légers doutes avant d'être pleinement affirmatifs, précisent certains virologues. © Oren Peles, Wikipédia, cc by 2.5

Il y a une semaine paraissait un article scientifique dans la revue Emerging Infectious Diseases qui semblait clore un débat qui n'en était plus vraiment un dans la communauté scientifique spécialisée : la chauve-souris Taphozous perforatus semble bien être le réservoir du coronavirus MERS-CoV, qui frappe principalement le Moyen-Orient depuis un an maintenant. En effet, un de ces animaux était contaminé par un coronavirus identique au nucléotide près à celui qui avait tué un homme vivant à une dizaine de kilomètres de là.

Ces mammifères volants ont toujours figuré au sommet de la liste des suspects. En effet, l'un d'eux avait déjà été à l'origine de l'épidémie de Sras il y a une dizaine d'années, causée par un autre coronavirus. Les chiroptères sont également connus pour porter de nombreux autres variants de ces agents pathogènes. Et de précédentes analyses révélaient que les chauves-souris étaient infectées par un coronavirus présentant un très haut niveau d'analogie avec le MERS-CoV.

Une séquence génétique trop courte ?

Mais les éléments avancés dans cette étude pourraient ne pas satisfaire tout le monde. Suite à la publication d'un article de presse explicitant cette étude, le New York Times s'est fait tacler par Vincent Racaniello, spécialiste de virologie à l'université Columbia, qui précisait sur son blog que les affirmations avancées par le journal étaient un peu précipitées.

Sur le millier d'échantillons récoltés, un seul a montré une séquence génétique complètement identique. Mais la séquence en question ne comporte que 190 nucléotides, dans un génome qui en compte environ 30.000. Pour le scientifique, ce fragment pouvait provenir d'un des aliments digérés par la chauve-souris ou être un résidu d'un virus recombinant.

Le quotidien américain vient donc de publier un nouvel article, précisant que cette découverte ne faisait pas encore l'unanimité. L'article fait également parler Stanley Perlman, chercheur à l'université d'Iowa, qui précise qu'à ses yeux, il aurait par exemple fallu étudier au moins 400 nucléotides, et dans une autre région du génome viral, car la zone explorée correspond à la machinerie transcriptionnelle, indispensable pour lez virus et donc moins soumise à la mutation.

La chauve-souris, réservoir probable du coronavirus MERS-CoV

Ian Lipkin, l'un des auteurs de ladite étude, est décrit comme un « chasseur de virus », s'intéressant aux sujets qui font le buzz, prêt à faire le conseiller scientifique pour le film hollywoodien Contagion. Une personnalité un peu décriée dans son univers.

Le coronavirus MERS-CoV (ici en jaune) a principalement frappé le Moyen-Orient, mais également quelques pays européens et le Maghreb, par l'intermédiaire de personnes revenant d'un voyage au golfe Persique. Quelques cas de transmission interhumaine ont été constatés, y compris en France. © NIAID, RML, DP

Pourtant, le chercheur se défend et balaie l'hypothèse des aliments contaminés, ces chauves-souris ne mangeant que des insectes, animaux chez qui on n'a jamais retrouvé le moindre coronavirus. Il affirme que le doute n'est plus permis car bien que court, le fragment génétique colle parfaitement avec ce qui a été retrouvé chez le patient. D'autre part, aucune contamination humaine n'aurait pu biaiser les échantillons.

Quid de l’hôte intermédiaire ? 

Un débat entre chercheurs auquel nous avons demandé de prendre part à Arnaud Fontanet, chef d'unité à l'Institut Pasteur et auteur d'une étude sur la contagion du coronavirus MERS-CoV en juillet dernier dans The Lancet. Le chercheur français souligne que depuis le début, la chauve-souris reste le réservoir le plus vraisemblable, et que le court fragment retrouvé donne encore plus de poids à cette hypothèse.


« Là où c'est intéressant, c'est que l'étude a été menée en Arabie Saoudite, à une dizaine de kilomètres de la résidence d'un cas humain, alors qu'auparavant les séquences obtenues ne venaient pas de ce pays. Cependant, le fait de n'avoir trouvé qu'une seule chauve-souris porteuse du coronavirus sur les 1.000 analysées invite à relativiser cette recherche, car on pouvait s'attendre à en trouver davantage » précise Arnaud Fontanet à Futura-Sciences.

Quoi qu'il en soit, cette recherche n'apporte pas les éléments suffisants expliquant l'histoire du virus, depuis son réservoir animal jusqu'à l'Homme. La piste est toujours à creuser selon le spécialiste des maladies émergentes. « Existe-t-il un hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l'Homme ? On sait que des encéphalites dues au virus Nipah ont pu être transmises par contact direct avec des déjections de chauves-souris, mais la piste des chèvres et des dromadaires, animaux domestiques, est également plausible. » Cette question est cruciale car c'est en déterminant le vecteur à l'Homme qu'on pourra contenir l'épidémie qui ne cesse de s'étendre. Au 28 août, l'OMS comptabilise 102 patients infectés, dont 49 décès.

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