Le coronavirus a muté de nombreuses fois en six mois chez une femme séropositive

C'est un cas assez rare que décrivent les médecins de l'université de KwaZulu-Natal, en Afrique du Sud. Une femme de 36 ans, positive au VIH et traitée avec des antirétroviraux depuis 2006, s'est présentée dans un hôpital sud-africain avec la gorge sèche, une toux et une dyspnée. Dès son arrivée, elle est testée positive au coronavirus (le variant bêta) et est soignée selon la procédure standard avec une oxygénothérapie et un traitement à la dexaméthasone pendant six jours. À l'issu du 9^e jour, elle rentre chez elle.

Mais, entre-temps, les chercheurs l'ont convaincue de participer à une étude prospective qui s'intéresse à l'évolution du coronavirus chez les patients atteints par le VIH. Pendant 233 jours, soit plus de 7 mois, les médecins ont suivi de près l'évolution du virus dans son organisme et les résultats, encore en pré-publication, sont étonnants ! 

Le VIH et le coronavirus

Durant les 7 mois de l'étude, les médecins ont réalisé à intervalles réguliers des prélèvements nasopharyngés. Ils sont restés positifs jusqu'au 216^e jour, c'est-à-dire que le coronavirus se répliquait activement pendant six mois dans l'organisme de la patiente à des niveaux plus ou moins élevés (les Ct compris entre 16,4 et 31,6). L'état de santé de la patiente a aussi fluctué. Un mois après son admission à l'hôpital, elle ne présentait aucun symptômesymptôme. Deux mois plus tard, elle se plaignait de douleursdouleurs thoraciques. Le mois suivant, elle ne souffrait que de fatigue et enfin, au sixième mois, elle était asymptomatique. À chaque prélèvement, les médecins ont également séquencé le génomegénome du coronavirus. C'est à cette occasion que le SARS-CoV-2SARS-CoV-2 a démontré ses incroyables capacités d'adaptation.

Les mutations identifiées chez la patiente de 36 ans tout au long de sa surveillance. La lettre D, suivie d'un chiffre, correspond au jour après le début du suivi auquel le prélèvement a été fait. © Karim F et al., medrXiv

Des mutations à la pelle

En l'espace de six mois, les médecins ont pu suivre l'émergenceémergence de plusieurs mutations. La première à faire son apparition est E484K, connue pour déjouer l'activité des anticorpsanticorps neutralisants, dès le 6^e jour après son diagnosticdiagnostic. Cette mutation semble aussi liée aux infections persistantes car elle est restée présente chez la patiente jusqu'à la toute fin de son suivi. Un mois plus tard, les médecins ont mis le doigt sur une seconde mutation ; une délétiondélétion à la position Y144, elle aussi persistante. Puis, ont suivi les mutations K417T, F490S, L455F, F456L et N501Y.

En raison de la présence du VIH, la patiente souffrait d'une immunodépressionimmunodépression sévère. Au début du suivi, son comptage de lymphocyteslymphocytes TCD4 était très bas, à peine 6 lymphocytes par µL de sang. En conséquence, le nombre de copies du génome du VIH était très haut. C'est seulement au bout de six mois, quand le nombre de lymphocytes est remonté, que l'organisme de la patiente a pu se débarrasser du coronavirus et ralentir la réplicationréplication du VIH. Cette étude de cas illustre bien le fait que les patients immunodéprimés fabriquent naturellement beaucoup de virionsvirions et donc des mutations.