Des chercheurs ont découvert un nouveau coronavirus chez un enfant atteint de pneumonie. Issu d'un coronavirus de chien, c'est le huitième capable d’infecter l’Homme.

Alors que le SARS-CoV2 continue de faire des ravages dans le monde, un nouveau coronavirus capable d'infecter l'Homme a été découvert chez un jeune patient atteint de pneumoniepneumonie, en Malaisie. Le cas remonte à 2018, mais le virusvirus n'a été identifié que maintenant, comme l'explique l'étude parue dans le journal Clinical Infectious Diseases. Ne paniquez pas tout de suite : il n'existe, pour l'instant, aucune preuve que ce coronavirus soit transmissible entre humains, ni même qu'il soit à l'origine de la pneumonie chez l'enfant affecté. Il met cependant en évidence combien nous sommes vulnérables à l'émergenceémergence de nouveaux pathogènespathogènes et combien ces derniers peuvent passer inaperçus pendant des années.

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Le cas du premier chien testé positif au coronavirus

Le premier coronavirus affectant l’Homme provenant du chien

Sept coronavirus sont actuellement connus pour infecter l'humain, dont le SARS-CoV, le MERS, et plusieurs virus du rhume. La plupart sont des coronavirus proches de souches de la chauve-sourischauve-souris, dont on pense qu'elle est un véritable « réservoir » à virus. Le dernier découvert, lui, est un coronavirus canin entérique (CCoV), qui affecte normalement uniquement les chiens, causant vomissement, fièvrefièvre et diarrhéesdiarrhées. Les chercheurs ont donc été particulièrement surpris de le découvrir chez un patient. « On a d'abord cru à une contamination extérieure », explique au New York Times Gregory GrayGray, infectiologue à l'université de Duke et coauteur de l'article. Lui et ses collègues ont passé au crible des échantillons nasopharayngés de 300 patients hospitalisés pour une pneumonie à Sarawak, en Malaisie, entre 2017 et 2018. Chez huit d'entre eux, ils ont retrouvé des traces de CCoV, mais un seul s'est révélé pathogène pour les cellules humaines.

Le coronavirus canin entérique (CCoV) entraîne des troubles le plus souvent bénins chez le chien. © Vance Reeser, Flickr
Le coronavirus canin entérique (CCoV) entraîne des troubles le plus souvent bénins chez le chien. © Vance Reeser, Flickr

Une mutation similaire à celle du SARS-CoV-2

Le nouveau virus, surnommé CCoV-HuPn-2018, est un alphacoronavirus, contrairement au SARS-CoV-2SARS-CoV-2 qui est un bétacoronavirus. D'après son séquençageséquençage génétique, il s'agit d'une recombinaisonrecombinaison entre deux souches de CCoV, avec des fragments de coronavirus de chat et de porc. Il possède aussi une mutation nommée N, encore jamais documentée chez le chienchien mais qui est similaire à celles apparues chez le SARS et le SARS-Cov-2. « Il est possible que cette mutation aide le virus à s'adapter à l'Homme », avance Gregory Gray. Autre fait préoccupant : sur les huit patients infectés, sept étaient des enfants, ce qui suggère que cette cible est particulièrement à risque (bien qu'il soit impossible de déterminer si c'est à cause de la nature du virus ou des contacts plus rapprochés avec les chiens).

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L’ère des pandémies ne fait que commencer

D’où viendra la prochaine pandémie ?

Jusqu'ici, on estimait que c'était le contact avec les animaux sauvages qui favorisait le passage des virus de l'animal à l'Homme. Cette découverte montre que la menace peut aussi provenir des animaux domestiques, alertent les chercheurs. Étant donné qu'il existe des millions de virus affectant les mammifèresmammifères et les oiseaux, il est bien entendu impossible de tous les mettre sous surveillance. En avril dernier, ces chercheurs avaient ainsi établi un classement des virus animaux les plus susceptibles de se propager à l’Homme. Mais il s'agissait là uniquement des virus connus, et comme le montre le CCoV-HuPn-2018, il est bien plus probable que la prochaine pandémie surgira de là où on ne l'attend pas.

Pour l'instant, inutile de mettre Médor à la niche : les Hommes et les chiens cohabitent depuis des millénaires, et jusqu'ici tout s'est à peu près bien passé. « Il est très probable que de nombreux virus animaux cohabitent chez l'Homme et l'animal, mais on ne les a jamais détectés », confirme Xuming Zhang, virologue à l'université de l'Arkansas.