Plusieurs méthodes pour découvrir l'agent pathogène. © Megan Nichole

Santé

Diagnostic bactériologique : comment dépister une infection ?

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Déterminer l'origine d'une infection n'est pas une obligation pour les pathologies les plus courantes ou bénignes. Toutefois, cela reste une étape incontournable lorsque les symptômes ne permettent pas de poser un diagnostic différentiel précis, pour lequel la vie du patient peut être en jeu. La durée nécessaire à l'identification est très variable : de quelques minutes à plusieurs jours !

Les médecins, notamment de ville, prescrivent pour les infections courantes une antibiothérapie dite probabiliste, sans identification formelle de l'agent responsable ; toutefois, en milieu hospitalier notamment, un traitement dit documenté est le plus souvent mis en œuvre, ce qui nécessite d'identifier le micro-organisme responsable de l'infection, parfois le plus rapidement possible pour sauver le patient d'une septicémie par exemple.

Les différentes méthodes d’identification de l’agent pathogène

La durée nécessaire à l'identification de l'agent pathogène (bactérie, virus, mycètes, protozoaire...) dépend de la méthode mise en jeu. On peut en effet :

  • rechercher le micro-organisme dans un prélèvement (techniques microscopiques avec immunofluorescence, biologie moléculaire - biopuces à ADN, PCR) ;
  • le cultiver in vitro (techniques microbiologiques) ;
  • ou encore, rechercher une trace de son passage dans l'organisme, sa signature étant représentée par l'apparition d'anticorps spécifiques (techniques sérologiques).

Quelques minutes suffisent avec les méthodes immunochromatographiques actuelles, pour identifier, par exemple, un type de virus influenza (responsable de la grippe) ; un prélèvement nasal effectué chez le patient est mis en contact avec un support contenant des anticorps spécifiques d'un type de virus. La migration (chromatographie) de cet assemblage anticorps/virus est visualisée dans les minutes qui suivent (principe identique à celui des tests de grossesse) et renseigne alors un résultat positif.

Une minute pour comprendre... l’immunochromatographie. © Sébastien Droguet

Extrêmement rapide (20 mn si l'on dispose d'une colonie bactérienne isolée), la récente technique de spectrométrie de masse dite Maldi-Tof permet d'identifier une bactérie ainsi que son profil d'antibiorésistance. Toutefois, celle-ci s'avère parfois incapable de discerner deux bactéries apparentées et une recherche par les techniques microbiologiques classiques s'impose alors.

Exemple de spectre Maldi-Tof. © Futura

En moins de deux heures, les méthodes immunoenzymatiques, comme la méthode Elisa, permettent de détecter, soit la présence d'un antigène microbien, soit la présence d'anticorps spécifiques produits par l'organisme. La formation du complexe antigène/anticorps est révélée par l'action d'une enzyme laquelle présente une coloration d'autant plus intense que l'élément recherché (antigène ou anticorps) est en grande concentration.

Les méthodes de microbiologie classiques

Plus longues (18 à 24 heures, parfois 48 à 96 heures), les méthodes de microbiologie classiques consistent à mettre en culture, sur un milieu adapté, la bactérie à identifier. Une série de tests biochimiques, destinés à mettre en évidence la présence ou l'absence d'enzymes bactériennes, permet également d'obtenir un profil phénotypique (ensemble de caractères) qui est ensuite comparé à une base de données.

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