Le coronavirus SARS-CoV-2 à l'échelle atomique comme vous ne l’avez jamais vu !

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Les biologistes du studio de visualisation biomédicale Visual Science sont des spécialistes de la reconstruction de modèles complets de virus à l'aide de l'outil informatique. Cette fois, ils ont analysé toutes les données scientifiques disponibles à ce jour concernant la structure et les composants du coronavirus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19. Ils se sont aussi appuyés sur des données fournies directement par des experts en virologie. Résultat : un modèle 3D incroyablement détaillé.

En vidéo, modélisation 3D du SARS-Cov-2. © Visual Science

On découvre notamment sur ces images, les fameuses glycoprotéines de pointe qui forment la couronne du coronavirus et lui donne son nom... Des glycoprotéines intégrées dans la membrane. Placées le long de la surface, ces protéines de pointe sont utilisées par le virus pour cibler et fusionner avec la cellule hôte au début de la phase d'infection. La particule moyenne de SARS-CoV-2 présente environ 90 de ces glycoprotéines de pointe.

De façon plus générale, notez que sur ces images, les couleurs vives sont employées pour figurer les protéines codées par le génome viral. Les nuances de gris correspondent à des structures des cellules de l'hôte.

Le virus Sars-CoV-2 du Covid-19 vu au microscope électronique. Le virus apparaît en orange, en train de coloniser la surface des cellules (en vert). Les modèles tels que celui présenté par Visual Science permettent aux scientifiques de faire avancer leur compréhension du mode d’action du coronavirus. Pour le grand public, ils donnent du corps à cet ennemi par ailleurs invisible. © Niaid-RML
Pour en savoir plus

Des images inédites du nouveau coronavirus Sars-CoV-2

Article de Céline Deluzarche paru le 18/02/2020

Voici l'une des premières images du nouveau virus Sars-CoV-2, à l'origine de l'épidémie Covid-19 qui a débuté à Wuhan en décembre 2019. Elles sont issues du laboratoire Rocky Mountain (RML) du National Institute of Allergy and Infectious Diseases (Niaid), qui a analysé un échantillon issu d'un patient américain. L'image est une combinaison de deux techniques : la microscopie électronique à balayage (MEB), qui permet de visualiser la surface et la forme d'un échantillon en détectant les électrons qui rebondissent, et la microscopie à transmission qui permet d'observer l'organisation et la structure interne du virus. Elle a ensuite été colorisée artificiellement.

3D model of the SARS-CoV-2 virus at atomic resolution from Visual Science on Vimeo.

Le virus Sars-CoV-2 ressemble de près à celui du Mers-CoV ou du Sars-CoV original. « Ce qui n'est guère étonnant : ce sont les pics [des particules virales] disposés en couronne à la surface des coronavirus qui donnent leur nom à cette famille » (corona signifiant couronne en latin), précise le RML. Le nouveau virus est toutefois plus proche du Sars-CoV que du Mers-CoV. Selon une étude parue dans Nature le 3 février, le Sars-CoV-2 partage 79,5 % de séquences génétiques communes avec le Sars-CoV original et 96 % avec le coronavirus de la chauve-souris. Le virus du Covid-19 pourrait donc provenir d'une recombinaison entre un coronavirus Sars de chauve-souris avec un bétacoronavirus encore inconnu.

Novel Coronavirus SARS-CoV-2