Les humains ont déjà transmis des maladies infectieuses aux grands singes, dont ils sont très proches génétiquement. © PicsArt, Adobe Stock
Santé

L'Homme et les grands singes sont les espèces plus menacées par le coronavirus

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L'être humain n'est pas le seul à pouvoir être infecté par le coronavirus SARS-CoV-2. Selon une analyse de la protéine cellulaire ACE2, de nombreuses autres espèces sont susceptibles de l'être, notamment les grands singes.

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Parmi toutes les espèces animales qui existent sur Terre, le coronavirus SARS-CoV-2 a sa préférée, l'Homo sapiens. Cela ne veut pas dire que d'autres espèces animales ne sont pas susceptibles d'être infectées par le SARS-CoV-2 car il s'agit d'un virus zoonotique. De plus, les médias ont plusieurs fois relayé le cas de chiens et de chats contaminés alors que leur maître l'était aussi.

En se basant sur une courte séquence de 25 acides aminés du domaine RBD de la protéine ACE2, cruciale pour l'entrée du SARS-CoV-2 dans la cellule, des scientifiques de l’UC Davis en Californie ont établi un classement des espèces animales les plus prédisposées à l'infection.

La séquence de 25 acides aminés de la protéine ACE2 humaine a servi de mesure étalon pour classer les 410 espèces animales choisies par les scientifiques (252 mammifères, 4 amphibiens, 17, reptiles, 72 oiseaux et 65 poissons).

Quelques espèces connues selon leur risque d'être infectées par le coronavirus. © Matt Verdolivo, UC DAvis

Les grands singes sont les plus à risque

Chez l'être humain, la sous-unité de la protéine ACE-2 qui reconnaît le virus est composée de 25 acides aminés sans lesquels il ne peut plus infecter sa cellule-hôte. Moins il y a d'acides aminés en commun entre les deux séquences comparées, moins l'animal est considéré comme à risque puisque que les interactions entre le virus et son récepteur sont compromises.

Ainsi, les espèces ayant tous les résidus identiques avec l'ACE2 humaine sont considérées comme « à très haut risque » d'infection. Lorsqu'il y a 23 acides aminés en commun, l'animal entre dans la catégorie « à haut risque » et ainsi de suite pour les catégories « à risque modéré », « à faible risque » et « à très faible risque ».

Dix-huit espèces possèdent les mêmes 25 acides aminés que la protéine humaine et sont donc « à très haut risque » d'infection. Sans surprise, ces espèces sont proches d'Homo sapiens sur le plan phylogénétique. Ce sont tous des « singes de l'Ancien Monde » ou des catarhiniens. Ce micro-ordre comprend l'être humain et nos plus proches cousins, comme le bonobo, le gorille ou l'orang-outang (les hominoïdes) et une seconde branche, les cercopithécidés.

La catégorie « à haut risque » compte 28 espèces, plus diverses, comme des cétacés, des cervidés ou encore des lémuriens ou bien le Colobe d'Angola, un cercopithécidé. Ces espèces ont 23 résidus en commun avec ACE2.

La catégorie médium regroupe les espèces ayant 20 acides aminés en commun. Elle compte 57 espèces très variées, dont le chat domestique.

Les chercheurs ont aussi inclus le Grand rhinolophe (Rhinolopus ferrrumequinum) et le pangolin chinois (Manis pentadectyla). Ces deux espèces sont intimement liées à l'épidémie de coronavirus. La première, une chauve-souris, est connue pour être le réservoir naturel de nombreux coronavirus et serait celui de l'ancêtre du SARS-CoV-2, et la deuxième est soupçonnée d'être l'hôte intermédiaire du virus, sans que cela soit confirmé avec certitude.

La séquence protéique d'intérêt chez le Grand rhinolophe a seulement 9 acides aminés en commun avec la protéine humaine. Seulement huit pour le pangolin chinois. Ces deux espèces entrent donc dans la catégorie « à très faible risque » d'infection. 

Inquiétudes pour les espèces menacées

Cette étude met aussi en avant que 40 % des espèces des catégories à risque très haut, haut et modéré sont classées comme « menacées » par l'Union internationale pour la Conservation de la Nature (IUCN). Les auteurs soulignent que les personnes en contact avec ces animaux dans la nature ou dans les zoos devraient mettre en place des règles pour éviter la transmission humain-animaux du coronavirus.

La transmission d'un virus humain à un grand singe a déjà été documentée, mais pas pour le coronavirus. Aussi, ces travaux n'attestent pas que les animaux avec des séquences orthologues identiques à celles de l'être humain peuvent être effectivement infectés par le SARS-CoV-2.

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