À l'aide d'une méthode d'apprentissage automatique, des chercheurs ont pu déterminer que notre alimentation et notre microbiote déterminent en grande partie ce qui circule dans notre sang.

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Connaissez-vous le métabolomemétabolome ? C'est un concept qui englobe l'ensemble des métabolitesmétabolites présents dans vos sécrétionssécrétions biologiques. La discipline qui s'attelle à les étudier se nomme la métabolomique. Ces métabolites sont souvent utilisés pour détecter des anomaliesanomalies et même pour diagnostiquer des maladies. Par exemple, le glucoseglucose est un de ces métabolites et on le mesure dans le cadre d'un dépistage de diabète (souvent de pair avec l'hémoglobinehémoglobine glyquée). On connaît les facteurs qui causent une variation des taux de certains métabolites mais, pour la grande majorité d'entre eux, les déterminants clés restent inconnus. Grâce à une méthode d'apprentissage automatique (machine learning, en anglais), des chercheurs sont parvenus à identifier deux facteurs fondamentaux dans la variation de notre métabolome sanguin. 

L'alimentation et le microbiome 

Dans cette expérience parue dans la revue Nature, les scientifiques ont mesuré le taux de 1.251 métabolites chez une cohortecohorte de 491 individus en bonne santé. À partir de jeux de données préalablement appris par l'algorithme, ce dernier s'est essayé à prédire les niveaux des différents métabolites en rapport avec ce qu'il savait des participants, c'est-à-dire les données concernant la génétiquegénétique de l'hôtehôte, le microbiomemicrobiome intestinal, les paramètres cliniques, le régime alimentaire, le mode de vie et les mesures anthropométriques. 

Les deux facteurs qui parvenaient à réaliser les meilleures prédictions étaient le régime alimentaire et le microbiome des participants. Ils expliquent les variations de centaines de métabolites plus d'une fois sur deux. L'impact du microbiome intestinal a été confirmé par la suite dans deux autres études avec d'autres cohortes indépendantes, ne laissant plus grande place au doute.

L'impact du microbiome intestinal a été confirmé par la suite dans deux autres études avec d'autres cohortes indépendantes, ne laissant plus grande place au doute. © Alex, Adobe Stock
L'impact du microbiome intestinal a été confirmé par la suite dans deux autres études avec d'autres cohortes indépendantes, ne laissant plus grande place au doute. © Alex, Adobe Stock

Vers une nutrition adaptée pour prendre soin de notre métabolome ? 

Dans l'étude, les investigateurs ont aussi décelé des relations causales entre certains aliments, qui favorisent l'émergenceémergence de certaines souches bactériennes, et par ce biais certains métabolites. Par exemple, dans un essai randomiséessai randomisé conduit en parallèle de l'étude, des associations robustes ont été trouvées entre certains métabolites et la consommation de pain. Faire attention à notre alimentation pour réguler le taux de certains métabolites, la diététique le fait déjà dans le cadre du diabète ou des hypercholestérolémieshypercholestérolémies par exemple. Mais, avec une connaissance de plus en plus fine des relations entre notre métabolome et notre alimentation, on pourrait ouvrir la voie à des études visant à étudier l'effet de l'alimentation sur la préventionprévention de certaines maladies via les effets sur le métabolome. Affaire à suivre.