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MERS-CoV : il y aurait au moins trois souches bien distinctes

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Le coronavirus MERS-CoV ne proviendrait pas d'une seule et unique souche. Une analyse des génomes des virus retrouvés chez 21 patients révèle une grande diversité génétique, qui suggère que sa contagion est bien plus complexe que prévu. Quelles mesures prendre pour contrôler l'épidémie ?

Il n'existerait non pas une, mais au moins trois souches de MERS-CoV. D'où proviennent-elles ? La question n'a pas encore été totalement résolue. © Niaid

Déjà 58 morts pour 130 cas confirmés. Le coronavirus MERS-CoV ne semble pas extrêmement contagieux, mais il continue sa progression. Pourquoi ? Parce qu'il garde encore beaucoup de secrets que les scientifiques tentent de décrypter. Et les mystères qu'il nous cache pourraient être plus nombreux qu'on ne le pense.

On ignore par exemple le point de départ de l'épidémie. Si l'on suspecte depuis le début la chauve-souris, et qu'une étude récente montre une correspondance génétique parfaite entre un fragment de virus retrouvé chez un de ces mammifères volants et la même séquence chez un patient vivant à proximité, aucun MERS-CoV intégral n'a pour l'heure été retrouvé chez un quelconque animal. Quant aux dromadaires du Moyen-Orient, ils portent des anticorps dirigés contre le coronavirus, mais impossible d'affirmer qu'ils ont été infectés par une souche à l'origine de l'épidémie humaine.

On signale également quelques cas de transmission d'Homme à Homme. L'exemple le plus frappant étant l'épidémie qui s'est produite à l'hôpital d'Al-Hassa, en Arabie Saoudite. Mais les faits sont peut-être plus complexes qu'ils n'en ont l'air, si l'on se fie à une nouvelle étude parue dans The Lancet. Car l'analyse du génome du virus retrouvé chez 21 patients, dont plusieurs malades de cet hôpital saoudien, révèle que MERS-CoV est loin de se présenter sous une seule forme...

Différentes populations animales porteuses de MERS-CoV ?

L'objectif de ce travail était de retracer l'évolution du virus et de remonter à ses ancêtres les plus anciens, en se basant sur les différences retrouvées chez divers patients. Un arbre phylogénétique a pu être établi. Verdict : les analyses de Paul Kellam, du Wellcome Trust Sanger Institute, et de ses collègues, montrent une telle diversité qu'il y aurait au moins trois souches distinctes qui circulent en Arabie Saoudite, pays le plus largement touché par l'épidémie.

Chauve-souris, dromadaire, chèvre, mouton ? Bien que les mammifères volants figurent parmi les principaux suspects, ils pourraient ne pas être les seuls à l'origine de l'épidémie de MERS-CoV. © David J. Thomas, Flickr, cc by nc 2.0

Sur les 13 contaminations interhumaines suspectées, seules 8 sont cohérentes avec les preuves rapportées. À l'hôpital d'Al-Hassa, des patients infectés à quelques jours d'intervalle au même endroit présentent des virus bien trop différents pour qu'ils proviennent d'une transmission d'un malade à un sujet sain. Le virus n'ayant pas pu muter autant en si peu de temps, les scientifiques ne conçoivent que deux explications plausibles.

La première considère qu'une partie de la population saoudienne serait porteuse asymptomatique de MERS-CoV, lui laissant l'occasion de muter avant de devenir dangereux chez quelques patients qu'il contamine. La seconde, privilégiée par les auteurs, suggère que le coronavirus se développe chez les animaux, lui laissant l'occasion de se diversifier avant d'atteindre l'Homme. Dans ce cas de figure, il devient nécessaire d'identifier au plus vite l'espèce (ou les espèces) faisant office de réservoir, afin de limiter au maximum son contact avec nous.

Un coronavirus encore bien méconnu

Les auteurs ont tenté de décrire la généalogie de MERS-CoV. D'après leurs estimations, il serait apparu aux alentours de juillet 2011, dans la région de Riyad, capitale du royaume. Le virus a été décrit pour la première fois il y a un an, le 24 septembre 2012, mais des cas humains confirmés ont été découverts plus tôt dans l'année.

Cette étude était attendue de la communauté scientifique, qui poursuit ses investigations pour combler les nombreuses lacunes dans les connaissances sur le coronavirus. Bientôt, les résultats des analyses portant sur les chèvres et les moutons, de potentiels réservoirs de la maladie, devraient nous parvenir. En attendant, le célèbre pèlerinage vers La Mecque approche. Les autorités sanitaires du pays semblent plutôt confiantes. Alors pas de panique.

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