Vous avez prévu des vacances pour cet été ? Peut-être que vous ramènerez avec vous des bactéries résistantes aux antibiotiques. Une étude récente décrit ce phénomène chez des Danois ayant visité des pays exotiques. 

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Quand on pense aux souvenirs de voyage, c'est plutôt une carte postale et un bibelot qu'une bactérie super résistante aux antibiotiques qui nous viennent à l'esprit. Pourtant, une étude récente de l'université de Maastricht démontre qu'au retour de leurs vacances dans des pays exotiquesexotiques, des voyageurs danois ont rapporté chez eux tout un panel de bactéries résistantes aux antibiotiques. Elles aussi ont voulu voir du pays !

Plus de gènes de résistance aux antibiotiques au retour d'un voyage

Ce sont 2.000 Danois en partance pour quatre régions, l'Asie du Sud et du Sud-Est et l'Afrique du Nord et de l'Est qui ont accepté de participer à cette expérience. Avant leur départ en vacances, ils se sont pliés à un prélèvement fécal par écouvillon. Le même prélèvement a été fait à leur retour, après un séjour compris entre une semaine et trois mois. Ainsi les chercheurs ont pu comparer la composition de leur résistome, c'est-à-dire l'ensemble des gènes bactériens de résistancerésistance présents dans leur microbiote, avant et après leur voyage.

Certaines bactéries qui vivent dans le microbiotemicrobiote ne sont pas cultivables en laboratoire. Pour contourner ce problème, les chercheurs ont utilisé une approche métagénomiquemétagénomique. Ils ont séquencé tous les gènes présents dans les échantillons fécaux. Par comparaison avec les gènes de résistance aux antibiotiques connus, ils ont identifié les morceaux d'ADN codant potentiellement pour une résistance et les ont intégrés dans des souches d'E. coli. Ainsi, ils ont pu voir si le gène suspecté de conférer une résistance transforme bel et bien les E. coli en souche super résistante.

Au total, les scientifiques ont pu exploiter les échantillons de 190 Danois. Leur résistome s'est enrichi à leur retour de voyage, qu'importe la région visitée, mais cela est d'autant plus vrai pour ceux en provenance d'Asie du Sud-Est. Ils ont même pu faire le constat suivant : de retour au pays, le résistome d'un Danois se rapproche de celui d'un Indien, par exemple, s'il a voyagé en Inde.

Les quatre régions analysées dans l'étude et le nombre d'échantillons fécaux obtenus pour chacune. © Alaric W. D’Souza et al. <em>Genome Medicine</em>
Les quatre régions analysées dans l'étude et le nombre d'échantillons fécaux obtenus pour chacune. © Alaric W. D’Souza et al. Genome Medicine

Des gènes de résistance à haut risque

Parmi les gènes de résistance identifiés - 56 au total -, plusieurs sont considérés à haut risque, car ils permettent aux bactéries qui les expriment d'être résistantes à des antibiotiques utilisés pour soigner des infections. C'est le cas de mcr-1 qui code pour une résistance à la colistine, l'antibiotique prescrit en dernier recours contre les bactéries Gram négatives. Ils ont aussi identifié tetM, tetQ, ermB et metAE pour ne citer qu'eux.

Les auteurs de cette étude prennent très au sérieux ces bactéries voyageuses. Ces gènes de résistance ne sont jamais dépistés au retour d'un voyage, sauf si une maladie se déclenche. Ils écrivent même que la multiplication des bactéries super résistantes aux antibiotiques pourrait « menacer 70 ans de progrès dans le traitement des maladies infectieuses d'origine bactérienne ».