Une récente revue narrative fait le point sur ce que la recherche a mis en évidence à ce jour concernant les liens entre microbiote et maladies chroniques, passant en revue les pistes d'explications, les mécanismes, les possibilités thérapeutiques mais aussi les limites des connaissances scientifiques en question.

Chez Futura, nous suivons régulièrement la recherche autour du microbiote intestinal. En effet, ce domaine d'étude est florissant depuis une vingtaine d'années, même si, comme nous le rappelions dans un précédent article, la mise en évidence de micro-organismesmicro-organismes dans l'intestin est bien plus ancienne. Récemment, une revue narrative, publiée dans European Journal of Clinical Nutrition, a fait le point sur les connaissances acquises dans ce domaine.

Trois facteurs primordiaux

Notre microbiote est un témoin de notre bonne santé. Néanmoins, il n'est pas toujours évident de distinguer s'il est une cause ou une conséquence d'un état pathologiquepathologique. C'est un problème récurrent dans la recherche qui identifie souvent des différences entre le microbiote des individus sains et celui des individus malades sans pouvoir réellement dire si ces différences expliquent tout ou partie de l'état pathologique des personnes malades. Néanmoins, trois grands facteurs sont désormais considérés comme très importants dans la recherche sur les liens entre microbiote et maladies : la diversité (c'est-à-dire la quantité de micro-organismes différents présents), la qualité (c'est-à-dire le caractère commensal ou néfaste des micro-organismes présents) et la fonctionnalité (c'est-à-dire les rôles métaboliques que remplissent les différentes souches présentes). On sait désormais qu'un microbiote diversifié, avec une quantité importante de bactéries commensales remplissant des rôles métaboliques primordiaux, est généralement garant d'une meilleure santé. 

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De forts liens avec l'immunité

Que ce soit les maladies auto-immunesmaladies auto-immunes, les maladies inflammatoires de l'intestin, les maladies cardiométaboliques, les maladies rénales ou encore les troubles psychiatriques, la plupart des liens entre le microbiote et les maladies semblent médiées par l'immunité : augmentation de la perméabilité intestinale, maturation immunitaire, déclin de l'activité de certaines cellules immunitaires, baisse de la production de certains métabolitesmétabolites primordiaux (notamment les acides gras à chaîne courteacides gras à chaîne courte), etc. Dans un ancien article, nous évoquions la découverte du rôle du microbiote comme zone de maturation de certaines cellules immunitaires. Il va sans dire que la composante immunitaire semble être la plus prometteuse en matièrematière de recherche fondamentale et thérapeutique à l'heure actuelle.

Les liens entre microbiote et maladies sont souvent médiés par l'immunité. © DR, Fotolia
Les liens entre microbiote et maladies sont souvent médiés par l'immunité. © DR, Fotolia

Les pistes de recherches cliniques

La majorité des interventions visant à exploiter le fonctionnement du microbiote concernant la transplantation fécale (dont l'efficacité est démontrée à ce jour uniquement pour l'infection à Clostridium difficile), des interventions nutritionnelles dont les effets bénéfiques peuvent souvent être expliqués grâce à des interactions au sein du microbiote et la prise de compléments spécifiques comme des prébiotiquesprébiotiques ou probiotiquesprobiotiques, ou de métabolites produits par le microbiote. 

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L'intervention nutritionnelle reste la plus alléchante pour les chercheurs étant donné son caractère non invasifinvasif et son effet immédiat et global sur la composition de notre microbiote. De récents essais randomisésessais randomisés ont montré que la composition et les fonctions répondent de façon assez consistante à des alimentations spécifiques. Il sera peut-être possible, dans un futur proche, de proposer des interventions diététiques pour cibler l'augmentation de certaines souches bactériennes ou la production de certains métabolites.