Quels sont les variants du SARS-CoV-2 les plus importants ? © freshidea, Adobe Stock
Santé

Combien y a-t-il de variants du coronavirus en circulation en France et dans le monde ?

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[EN VIDÉO] Coronavirus : 5 questions sur le variant brésilien  Le coronavirus SARS-Cov-2 a subi plusieurs mutations récentes. Un variant brésilien vient d’arriver en France. Que faut-il savoir sur lui ? 

Le variant anglais est celui qui s'est le plus propagé. Il est sous étroite surveillance avec les variants sud-africain et brésilien, mais ce ne sont pas les seuls identifiés. Combien de variants ont été repérés ?

Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN, ces derniers sont caractérisés par un taux de mutation important. En effet, lorsque l'enzyme qui réplique le génome du virus fait une erreur de lecture, elle n'est pas capable de la corriger. Le génome du virus accumule donc des mutations au fil du temps, certaines n'ont aucune conséquence sur sa biologie, tandis que d'autres lui confèrent un avantage évolutif. La pression évolutive exercée par le système immunitaire et les anticorps ont aussi un rôle à jouer. C'est en partie pour cela que c'est la protéine S, cible privilégiée des anticorps, qui accumule le plus de mutations. Ce variant muté se multiplie alors plus facilement, jusqu'à ce que les scientifiques détectent sa présence. 

Combien y a-t-il de variants du SARS-CoV-2 en circulation actuellement ? Probablement beaucoup plus que ceux que nous avons déjà identifiés. Actuellement, le Gisaid suit de près cinq variants majeurs du coronavirus. Parmi eux, il y a évidemment le variant anglais (lignée B.1.1.7), le variant sud-africain (lignée B.1.351) et le variant brésilien (P1). Mais ce ne sont pas les seuls ! D'autres variants, pour le moment minoritaires ou absents en France, font de nombreux cas ailleurs dans le monde.

Parmi tous les variants du SARS-CoV-2, le variant anglais est le plus répandu. © Andrea, Adobe Stock

Les variants majoritaires du SARS-CoV-2

En France, il n'y a que le variant anglais qui circule activement. Selon le site Géodes de Santé publique France, environ 53,4 % des tests de dépistage réalisés au niveau national dans les laboratoires concernent le variant anglais. Les variants brésilien et sud-africain ne représentent, à eux deux, que 5 % des tests de dépistage.

Le Gisaid suit deux autres variants : les variants B.1429 et B.1.427 identifiés pour la première fois en Californie. Aux États-Unis, il a déjà infecté plus de 10.000 personnes. Comme les autres variants, il a été identifié pour la première fois à l'automne 2020 par les scientifiques de l'hôpital Cedar-Sinai de Los Angeles. Il est caractérisé par cinq mutations, dont trois dans la protéine S (S13I, W152C, L452R). Selon les scientifiques, la mutation L452R confère à ce variant une résistance accrue aux anticorps monoclonaux dirigés contre la protéine S. Le Gisaid a enregistré trois signalements de ce variant en France.

Et ceux qui sont minoritaires

Il y a aussi le variant de la lignée B.1.525, repéré simultanément au Royaume-Uni et au Nigeria. Sa protéine S concentre quatre mutations (Q52R, E484K, Q677H, F888L), et il est présent dans 25 pays, notamment au Danemark où une centaine de cas ont été identifiés, au Royaume-Uni et au Nigeria. En France, sept signalements de ce variant ont été enregistrés par le Gisaid. Il est considéré pour le moment comme un variant « d'investigation » (variant under investigation), il fait l'objet d'un suivi mais n'est pas encore un variant « d'inquiétude » (variant of concern) comme le sont les variants anglais, sud-africain ou brésilien.

Enfin, un dernier variant, appartenant à la lignée A.23.1 a été signalé par le Pango Lineages (mais non suivi par le Gisaid) a été identifié en Ouganda. Il est caractérisé par quatre mutations de la protéine S (F157L, V367F, Q613H et P681R). Présent dans 18 pays dont le Royaume-Uni, l'Ouganda et le Rwanda, il n'est pas encore arrivé en France.

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