Séquençage du génome du virus de la pneumonie atypique

Image en microscopie électronique du nouveau coronavirus. 

Connaître la séquence complète du génome du virus, va permettre de développer des tests plus rapides et plus précis que ceux qui sont disponibles actuellement. Maintenant que les 30 000 nucléotides qui composent le génome de ce coronavirus sont connus, il est possible de synthétiser des protéines virales, qui permettront d'obtenir un vaccin, ou d'induire une réaction immunitaire plus forte chez certains malades. Le virus utilisé pour obtenir la séquence provient d'une culture effectuée d'un prélèvement de tissus chez un malade à Toronto.

L'équipe Canadienne a été la première à terminer le séquençage, mais quatre autres laboratoires sont en train d'achever le même travail sur d'autres isolats de virus. La comparaison des différents génomes sera extrêmement intéressante, car elle va permettre non seulement d'identifier les inévitables erreurs de séquençage, mais surtout les éventuelles mutations présentes dans les différents isolats.

La séquence confirme les résultats antérieurs sur l'origine du virus. Une boucle d'ARN à l'extrémité 3' du génome rapproche ce virus du virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV), qui touche principalement les dindes et les poulets. Certaines séquences d'ADN présentent des similarités avec le coronavirus de bovin ou avec le coronavirus causant des hépatites chez la souris. Cependant certaines séquences apparaissent être totalement nouvelles, et n'appartiennent à aucun autre virus de la famille des coronavirus. Cela signifie qu'identifier l'origine du virus ne sera sans doute pas une tâche aisée.