-
L'évolution jouit du privilège de l'actualité permanente. Beaucoup d'erreurs cependant ont gêné la compréhension de la théorie de Darwin.
À son retour, grâce à la protection de Henslow, il s'embarque pour un voyage autour du monde, le 27 décembre, en qualité de naturaliste non appointé, à bord du vaisseau le Beagle, commandé par le jeune capitaine FitzRoy. Il emporte avec lui une bibliothèque naturaliste comportant le premier volume des Principles of Geology du géologue uniformitariste (c'est-à-dire partisan de l'uniformité globale des causes des transformations physiques du globe, dans le passé comme dans le présent) Charles Lyell. Il explore ainsi l'archipel du Cap-Vert (où il vérifie le bien-fondé des théories de Lyell appliquées à l'observation des îles volcaniques), les côtes de l'Amérique du Sud (où ses recherches paléontologiques le conduisent à mettre en évidence de plus en plus nettement la ressemblance entre représentants fossiles et vivants de certains types de Mammifères), la Terre de Feu, les îles Falkland, l'île Chiloé, la Cordillère des Andes, les îles Galápagos (où il a l'intuition précise des processus qui conduisent à la distribution géographique des organismes et examine certaines modalités de ce qui lui apparaîtra bientôt comme étant la naissance d'espèces nouvelles à partir de formes souches), Tahiti (où il observe un récif de corail et réfléchit au processus de sa formation), la Nouvelle-Zélande, l'Australie, la Tasmanie, l'île Maurice, Le Cap. Au Brésil, il a éprouvé un sentiment de violente révolte devant l'esclavage des Noirs, qu'il ne cessera jamais de dénoncer comme une souillure indigne de certaines nations « civilisées ».
Il rapporte de ce voyage qui a duré presque cinq ans (jusqu'au 2 octobre 1836) un Journal of Researches qui contient la plupart des observations et des matériaux propres à l'élaboration de sa future théorie. Sa publication en 1839 s'accompagnera, sur une durée plus longue, de celle des documents géologiques, paléontologiques et zoologiques confiés par Darwin à l'expertise de différents spécialistes (Richard Owen pour les Mammifères fossiles, George Robert Waterhouse pour les Mammifères, John Gould pour les Oiseaux, Leonard Jenyns pour les Poissons, Thomas Bell pour les Reptiles) ou réservés à différentes monographies qu'il rédigera lui-même. Dès 1837, les progrès de l'investigation sur les résultats de voyage (celle de Gould en particulier) accélèrent la mise en place des idées de Darwin. En juillet, il ouvre son premier carnet de notes (Notebook) sur la transmutation des espèces. En septembre-octobre 1838, la lecture du l'Essai sur le principe de population de Thomas Robert Malthus (1798) fixe ses idées en leur fournissant un élément de modélisation mathématique (le rapport tensionnel entre la croissance géométrique de la population et la limitation des ressources, impliquant compétition et élimination), et le conduit à donner forme à ce qui constituera l'élément central de sa théorie (la sélection naturelle résultant de la lutte pour l'existence).
