Les virus sont partout autour de nous, mais on en connait qu'une fraction. Un super-ordinateur a analysé des millions de données génétiques pour identifier 100.000 nouveaux virus, dont neuf proches des coronavirus.
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Les bases de donnéesbases de données scientifiques débordent de séquences génétiquesgénétiques collectées par les chercheurs du monde entier. L'étude de cette mine d'or est une entreprise titanesque et ce travail ne pouvait être réalisé que par un super-ordinateur. Un groupe de scientifiques a utilisé Serratus, une infrastucture informatique sur le cloud, pour analyser 5,7 millions d'échantillons génétiques à la recherche du gènegène de la polymérase ARN dépendante, une enzymeenzyme que l'on ne retrouve que chez les virus. Résultat : 131.957 nouveaux détectés, dont neuf proches des coronaviruscoronavirus ! Si ce chiffre est impressionnant, ce n'est qu'une fraction du virome -- l'ensemble des virus existants -- de la Terre. L'étude est parue dans Nature.
Un aperçu des virus terrestres
La plupart des virus identifiés sont issus d'échantillons environnementaux pour lesquels l'hôte n'est pas connu. Pour les autres, beaucoup infectent les plantes et les invertébrésinvertébrés, plus de 11.000 et 6.000 respectivement ; 682 autres peuvent contaminer les humains. Pandémie de Covid-19Covid-19 oblige, les scientifiques se sont intéressés à la famille des Coronaviridae. Parmi les données disponibles, 11.000 fragments génétiques pouvant appartenir à la famille des Coronaviridae ont été identifiés par le super-ordinateur.
Après assemblage et tri, neuf nouveaux virus proches des Coronaviridae ont été découverts. Tous issus d'échantillons pris sur des animaux aquatiques non-mammaliens, comme l'axolotl, l'hippocampehippocampe ou le fugufugu. Toutes ces données révèlent seulement une infime partie de la grande diversité des virus présents sur Terre, et pourront peut-être permettre d'identifier la source d'une future zoonosezoonose.
