Les scientifiques connaissent seulement une infime partie des virus présents sur Terre. © Redpixel, Adobe Stock
Santé

100.000 nouveaux virus, dont 9 coronavirus, découverts par un super-ordinateur

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Les virus sont partout autour de nous, mais on en connait qu'une fraction. Un super-ordinateur a analysé des millions de données génétiques pour identifier 100.000 nouveaux virus, dont neuf proches des coronavirus.

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[EN VIDÉO] Interview 5/5 : l'impact du réchauffement climatique sur les virus  Avec le réchauffement du climat, il est possible que certains vecteurs de transmission d’un virus, les moustiques par exemple, puissent voyager et ainsi survivre sous nos latitudes. Dans cette interview, Jean-François Saluzzo, virologiste auprès de l’OMS, nous dresse un tableau des risques engendrés par l'association de ces deux fléaux. 

Les bases de données scientifiques débordent de séquences génétiques collectées par les chercheurs du monde entier. L'étude de cette mine d'or est une entreprise titanesque et ce travail ne pouvait être réalisé que par un super-ordinateur. Un groupe de scientifiques a utilisé Serratus, une infrastucture informatique sur le cloud, pour analyser 5,7 millions d'échantillons génétiques à la recherche du gène de la polymérase ARN dépendante, une enzyme que l'on ne retrouve que chez les virus. Résultat : 131.957 nouveaux détectés, dont neuf proches des coronavirus ! Si ce chiffre est impressionnant, ce n'est qu'une fraction du virome -- l'ensemble des virus existants -- de la Terre. L'étude est parue dans Nature.

Les nouveaux virus découverts proviennent essentiellement d'échantillons environnementaux. © Robert C. Edgar et al., Nature

Un aperçu des virus terrestres

La plupart des virus identifiés sont issus d'échantillons environnementaux pour lesquels l'hôte n'est pas connu. Pour les autres, beaucoup infectent les plantes et les invertébrés, plus de 11.000 et 6.000 respectivement ; 682 autres peuvent contaminer les humains. Pandémie de Covid-19 oblige, les scientifiques se sont intéressés à la famille des Coronaviridae. Parmi les données disponibles, 11.000 fragments génétiques pouvant appartenir à la famille des Coronaviridae ont été identifiés par le super-ordinateur.

Après assemblage et tri, neuf nouveaux virus proches des Coronaviridae ont été découverts. Tous issus d'échantillons pris sur des animaux aquatiques non-mammaliens, comme l'axolotl, l'hippocampe ou le fugu. Toutes ces données révèlent seulement une infime partie de la grande diversité des virus présents sur Terre, et pourront peut-être permettre d'identifier la source d'une future zoonose.

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