Un champignon asiatique microscopique est à l’origine d'une crise de la biodiversité majeure, la plus importante jamais connue. Il a entraîné un déclin sans précédent parmi des centaines d’espèces d’amphibiens, dévorant leur peau jusqu’à provoquer un arrêt cardiaque. Une catastrophe écologique pourtant passée longtemps inaperçue.

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Imaginez une maladie mortelle rayant en quelques dizaines d'années tous les zèbres, chevaux, vachesvaches et autres mammifèresmammifères à sabot de la planète. Une maladie pire que la grippegrippe espagnole du début du XXe siècle qui a causé plus de 100 millions de morts. Une maladie aussi grave que le virus du Nil occidentalvirus du Nil occidental, responsable de la mort de millions d'oiseaux à travers le monde.

Ce tueur de massemasse s'appelle Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), un champignonchampignon aquatique microscopique qui serait le pire pathogènepathogène jamais connu, d'après une étude parue le 28 mars dans la revue Science. Les chiffres sont éloquents : depuis 1965, Bd a provoqué l'extinctionextinction totale de 90 espècesespèces d'amphibiensamphibiens et le déclin de 501 d'entre elles, dont 124 ont chuté de plus de 90 %, laissant peu d'espoir quant à leur survie. Au total, 6,5 % des espèces d’amphibiens ont ainsi été affectées par le champignon, ce qui représente la perte de biodiversitébiodiversité la plus importante jamais observée.

501 espèces d’amphibiens ont vu leur population chuter en raison de l’infection par le champignon <i>Batrachochytrium dendrobatidis.</i> © Ben C.Scheele et al, <em>Science,</em> 2019
501 espèces d’amphibiens ont vu leur population chuter en raison de l’infection par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis. © Ben C.Scheele et al, Science, 2019

Un champignon qui dévore la peau des grenouilles

Batrachochytrium dendrobatidis appartient à la famille des chytrides, des champignons aquatiques qui consomment habituellement de la matièrematière organique en décomposition. Mais, contrairement à ses congénères, Bd s'attaque à tous les amphibiens vivants : grenouilles, salamandres, tritonstritons... Il dévore leur peau et entraîne des desquamations et des ulcérations profondes. Comme les batraciens utilisent leur peau, très perméable, pour respirer, l'infection finit par provoquer un arrêt cardiaquearrêt cardiaque. Sa virulence est particulièrement élevée chez certaines espèces, où la mortalité peut atteindre 100 %. Plus de 30 espèces d'Atelopus, des petites grenouilles d'Amérique centrale, ont ainsi été entièrement décimées.

<i>Atelopus limosus</i>, une des espèces les plus touchée par le champignon mortel <i>Batrachochytrium dendrobatidis. © </i>Michaël Roy, iNaturalist
Atelopus limosus, une des espèces les plus touchée par le champignon mortel Batrachochytrium dendrobatidis. © Michaël Roy, iNaturalist

Une dissémination mondiale favorisée par les échanges internationaux

Identifié en 1998, Bd a pourtant commencé ses ravages dès les années 1970. Mais, c'est dans les années 1980 que l'épizootieépizootie a connu un pic, notamment sur le continent américain. Originaire d'Asie, le champignon s'est rapidement étendu au monde entier à la faveur des échanges internationaux. L'Europe semble avoir été moins touchée, mais selon les chercheurs, la catastrophe pourrait être survenue avant d'avoir été remarquée sur le continent : des déclins massifs d'amphibiens ont, en effet, eu lieu dans les années 1950 et 1960.

Attribués à l'époque à l'intensification de l'agricultureagriculture, ils pourraient en réalité avoir été causés par le pathogène. Curieusement, la maladie semble avoir épargné l'Asie, d'où elle provient pourtant. Les chercheurs avancent l'hypothèse que les amphibiens asiatiques ont pu s'adapter pour résister au pathogène. Cependant, il est aussi possible que les espèces y soient tout simplement moins bien étudiées.

Le continent américain est le plus touché par le pathogène. © Ben C.Scheele et al, <em>Science</em>, 2019
Le continent américain est le plus touché par le pathogène. © Ben C.Scheele et al, Science, 2019

Une nouvelle souche qui décime les salamandres européennes

Le déclin semble heureusement ralentir ces dernières années. Mais, sur les 501 espèces en déclin, à peine 12 % ont commencé à se rétablir, et 39 % connaissent toujours une diminution. De plus, le champignon émerge dans de nouveaux endroits jusqu'ici épargnés, comme la Papouasie-Nouvelle Guinée ou Madagascar.

Une nouvelle souche du champignon, Batrachochytrium salamandrivorans, a récemment débarqué en Europe via le commerce d'amphibiens et semble particulièrement virulent chez les salamandres locales. Une étude de Nature de 2017 montrait ainsi un effondrementeffondrement massif des populations affectées. Les États-Unis et le Canada se sont déjà dotés de mesures préventives, en interdisant l'importation de 201 espèces de salamandres. En Europe, le risque d'une nouvelle extinction massive n'est pas à exclure.