Depuis quelque temps, les preuves que le microbiote intestinal constitue un élément essentiel de notre santé s'accumulent. Des travaux montrent ainsi que les microbiotes d'individus malades sont différents de ceux d'individus sains. Mais les chercheurs ignorent encore presque tout des mécanismes par lesquels ces bactéries contribuent à notre santé ou au contraire participent à nous rendre malades.
Plus de 10 billions de cellules microbiennes. Quelque 1.000 espèces de bactéries différentes. Voilà de quoi le microbiote de nos intestins est fait. Et de nombreuses études se sont intéressées au lien qui pouvait exister entre sa composition et notre état de santé. Des chercheurs sont enfin allés plus loin. Ils ont étudié les fonctions des organismes qui constituent notre microbiote.
Les résultats qu'ils présentent aujourd'hui reposent sur une méta-analyse métagénomique. Soit sur la combinaison de données portant sur du matériel génétique récupéré à partir de 2.000 échantillons de selles humaines et provenant de plusieurs études. Des études menées sur le cancer colorectal, la maladie de Crohn, la cirrhose, l'obésité, la polyarthrite rhumatoïde, le diabète de type 2 ou la colite ulcéreuse.
« Nous avons examiné la relation entre la richesse, la composition et la dispersion des protéines du microbiote intestinal et la maladie », explique Thomas Sharpton, chercheur à l'université d’État de l’Oregon (États-Unis). Car rappelons que les protéines sont des molécules complexes qui font l'essentiel du travail dans les cellules. Elles sont nécessaires à la structure, au fonctionnement et à la régulation des tissus et des organes.
Plus de données nécessaires
Des différences sont apparues selon les maladies considérées. Comparons par exemple les cas de la maladie de Crohn et de l'obésité. La richesse du métagénome intestinal de patients atteints de la maladie de Crohn est inférieure à celle du groupe témoin. Quant à la composition fonctionnelle de leur microbiote, elle diffère assez largement de celle du groupe témoin. La diversité fonctionnelle de leur microbiote, enfin, est augmentée.
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La richesse du métagénome intestinal de patients souffrant d'obésité est également inférieure à celle du groupe témoin. La composition fonctionnelle de leur microbiote ne diffère en revanche que peu de celle du groupe témoin. Et la diversité fonctionnelle de leur microbiote est diminuée.
Les chercheurs ont enfin tenté d'associer des fonctions spécifiques du microbiote à la maladie. Ils ont pu définir les indicateurs d'une maladie comme des modules dont le nombre de copies génomiques dans le métagénome est associé de manière significative à l'état de santé. Rares sont ceux qui s'avèrent spécifiques à une maladie. Mais pour aller plus loin, les chercheurs auront besoin de plus de données.
- Les travaux portant sur le lien entre microbiote et santé se limitent souvent à des études taxonomiques.
- Des chercheurs se sont ici intéressés à la richesse, à la composition et à la dispersion fonctionnelles du microbiote.
- De quoi éclairer les mécanismes qui permettent aux bactéries de nos intestins de jouer un rôle dans notre santé.
Interview : le microbiote intestinal, allié indispensable du système immunitaire Le microbiote intestinal regroupe l’ensemble des microbes présents dans notre intestin. Il permet un bon fonctionnement ainsi qu’une certaine protection du côlon. Gerard Eberl, responsable de l’unité Micro-environnement & Immunité à l’Institut Pasteur, nous en dit plus au cours de cette interview.