Comment les variants du SARS-CoV-2 sont-ils identifiés ? On fait le point sur les différentes étapes.

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Les variants du coronaviruscoronavirus SARS-CoV-2 sont de plus en plus présents en France. À Dunkerque, la circulation active du variant anglais inquiète les autorités sanitaires. La situation est comparable en Moselle où le variant anglais représente près d'un dépistagedépistage positif sur quatre.

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Mais comment sont-ils dépistés dans les laboratoires d'analyse médicale ? Santé publique France a émis un document intitulé « Conduite à tenir pour la détection et l'investigation des cas suspects ou confirmés du nouveau variant VOC202012/01 UK et 501.V2 Sud-Africain » qui précise le protocole à suivre pour les cas suspects de variants du SARS-CoV-2SARS-CoV-2

Les tests de dépistage qui semblent témoigner de la présence d'un variant du coronavirus sont envoyés au CNR de Lyon pour être séquencés. © tilialucida, Adobe Stock
Les tests de dépistage qui semblent témoigner de la présence d'un variant du coronavirus sont envoyés au CNR de Lyon pour être séquencés. © tilialucida, Adobe Stock

Cas possible, probable et confirmé

Trois cas sont distingués : possible, probable et confirmé. Il y a tout d'abord les cas dits possibles. Ils concernent un test PCRtest PCR positif réalisé chez une personne ayant été en Afrique du Sud ou au Royaume-Uni dans les 14 jours précédant l'apparition des symptômessymptômes ou la réalisation du dépistage. Lorsqu'un tel cas est identifié, l'ARS informe la personne concernée et veille au respect de son isolement et des gestes barrières au sein du foyer. Le reliquat du test PCR est envoyé au Centre national de Référence de Lyon pour effectuer un séquençageséquençage et confirmer la présence du variant anglais ou sud-africain. Si les restes du test ne sont pas disponibles, la personne devra en effectuer un nouveau.

Il y a ensuite les cas dits probables dont il existe deux définitions :

  • Les cas probables microbiologiques : toute personne ayant eu un test PCR positif pour les gènesgènes de la nucléocapside, de l'ORF1ab, mais négatif pour la protéineprotéine S avec un Ct < 25, c'est-à-dire une charge viralecharge virale élevée. Cela ne concerne que le variant anglais.
  • Les cas probables épidémiologiques : toute personne dont le test PCR est positif et ayant été en contact avec une personne dépistée pour un variant.

Comme pour les cas possibles, ces échantillons sont envoyés directement au CNR de Lyon pour être séquencés. L'ARS se charge d'informer la personne des conclusions de son dépistage et d'enquêter sur les origines de la transmission.

Enfin, un cas de variant du SARS-CoV-2 est confirmé lorsque le CNR, où tout autre laboratoire habilité, a effectué le séquençage du génomegénome viral présent dans le prélèvement et a attesté qu'il s'agit bien du variant anglais ou sud-africain. Dans tous les cas, les personnes dépistées doivent s'isoler et respecter les gestes barrières en attendant les résultats du test pour casser la chaîne de transmission.