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Biocarburants : une nouvelle bactérie sur les rangs

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La cause est entendue : les biocarburants, ou agrocarburants, ne pourront pas être produits par l'agriculture traditionnelle à partir de céréales ou de cannes à sucre. Les bactéries, les levures et les micro-algues, infatigables travailleuses spécialistes de la chimie organique, semblent bien plus adaptées. Plusieurs sont candidates. Un groupe américain en a trouvé une nouvelle.

La bactérie Rhodococcus opacus a bon appétit et produit beaucoup de lipides, s'agglutinant sous forme de boules de graisse, ici en blanc. Les biologistes veulent intensifier cette tendance à l'obésité et transformer ces lipides en carburant. © Jason Holder

Elle s'appelle Rhodococcus opacus et est cousine avec Mycobacterium tuberculosis, de sinistre réputation comme l'indique son nom. Ce n'est pas ce lien de parenté qui a éveillé l'intérêt d'Anthony Sinskey, du MIT (Massachusetts Institute of Technology), mais sa voracité. On pourrait dire de R. opacus que, sur le plan de la nourriture, elle n'est pas difficile. Cette bactérie a même été découverte pour la première fois dans des sols contaminés par les hydrocarbures. Car elle mange à peu près tout du moment que l'on y trouve des composés sucrés, sans être gênée par des molécules ordinairement toxiques. De plus, elle est une des rares bactéries à savoir produire une classe particulière de lipides, les tryacylglycérols, que l'on peut convertir facilement en carburant pour moteurs Diesel.

Anthony Sinskey et son équipe, qui ont déjà mis au point il y a plus de quinze ans un procédé de fabrication de polymères à l'aide de bactéries (commercialisé par la société Metabolix), y ont vu une intéressante qualité pour la production de biocarburantsRhodococcus « n'est pas comme Escherichia coli [le colibacille bien connu vivant dans nos intestins, NDLR] qui ne peut pas utiliser plusieurs sucres simultanément » explique le chercheur.

Premières concrétisations dans quelques années seulement ?

Mais pour vorace qu'elle soit, Rhodococcus ne convient pas pour devenir une parfaite chimiste productrice de biocarburant. Les biologistes du MIT cherchent donc à en modifier le génome. Ils ont commencé par en séquencer les 9.000 gènes (une publication est promise) et à dresser une liste des réactions métaboliques. L'équipe a également mis au point des outils spécifiques pour analyser rapidement des ensembles de gènes intéressants afin de repérer des lignées plus efficaces que les autres. Ces outils, affirment les chercheurs, pourraient d'ailleurs servir sur d'autres bactéries pour repérer des ensembles de gènes conférant des propriétés intéressantes pour la fabrication de carburants.

L'équipe a déjà obtenu une lignée capable de dévorer à la fois le glucose et le xylose. Sinskey et se collègues veulent aussi, notamment, modifier la bactérie pour que l'extraction des lipides qu'elle aura produits soit plus facile. « Dans l'idéal, résume le chercheur, nous voulons trouver un moyen de faire sortir les lipides de la cellule. »

Ces recherches sont aujourd'hui du domaine du laboratoire et la commercialisation n'est pas pour demain. Mais elle n'est pas non plus pour la fin du siècle. « Je pense que dans deux ou trois ans, j'aurai un procédé fiable » avance Sinskey. Ce travail illustre surtout l'intense activité scientifique pour trouver des alternatives crédibles à la filière agricole classique pour la production de carburants à partir de matière vivante, afin d'éviter une concurrence dramatique avec des cultures vivrières et des déforestations massives.

A côté des algues, du jatropha, de l'huile de palme voire des champignons, les levures et les bactéries figurent en bonne position mais la répartition qui verra le jour entre ces différentes voies reste pour l'instant imprévisible.