Mais la contribution de Super-Kamiokande ne s'arrêta pas en si bon chemin. Non seulement l'expérience vérifia les oscillations des neutrinos solaires, mais elle confirma celle des neutrinos atmosphériques précédemment suggérée par deux expériences plus modestes.

Les neutrinos atmosphériques sont produits par le bombardement des rayons cosmiquesrayons cosmiques primaires, qui ne sont autres que des protons d'énergieénergie très élevée, sur les couches de la haute atmosphère. Lors de ces collisions, de nombreuses particules secondaires sont engendrées. Parmi elles, un grand nombre de particules se désintègrent.
Au niveau du sol, on obtient une averse de neutrinos des deux types, électronique et muonique, dans la proportion de 1 pour 2 du fait des processus connus de production. Ces neutrinos n'ont pas de direction privilégiée, ils proviennent de tous les horizons puisque l'atmosphèreatmosphère entoure la Terre d'une pelure à peu près uniforme et le flux de rayonnement cosmique est plus ou moins équivalent dans toutes les directions. Le détecteur Super-Kamiokande est capable de distinguer des traces provenant d'électrons ou de muonsmuons.


L'expérience SuperKamiokande peut donc classer séparément les interactions de neutrinos électroniques et de neutrinos muoniques. Or, si le flux des neutrinos électroniques frappe le détecteur dans toutes les directions au niveau attendu par les calculs, celui des neutrinos muoniques montre une distribution dans laquelle les neutrinos traversant la Terre, c'est-à-dire ceux produits aux antipodes et arrivant par le bas dans le détecteur, semblent avoir disparu.
Neutrino muonique et tauique : étude de leurs oscillations
Ici aussi, le phénomène d'oscillations peut être invoqué : les neutrinos électroniques n'oscillent pas dans les conditions mises en jeu, au contraire les neutrinos muoniques oscillent quand ils se propagent sur des distances correspondant au diamètre de la Terre, soit 13.000 kilomètres, pour des énergies autour de 1 GeVGeV en moyenne. Ceci n'est pas contradictoire avec le résultat obtenu à l'aide des neutrinos solaires où l'énergie détectée est beaucoup plus basse, environ 10 MeV, et la distance infiniment plus grande.
En effet, le paramètre discriminant pour la probabilité de l'oscillation est le rapport entre longueur parcourue et énergie. Le nouveau résultat s'interprète comme le signe de l'oscillation du neutrino muonique vers son compagnon tauique. Ce dernier résultat fut ultérieurement confirmé par une expérience construite dans un faisceau d'accélérateurs où la connaissance fine du faisceau permet des analyses plus rigoureuses. L'expérience, toujours en opération, analyse le faisceau de neutrinos de haute énergie produit au Fermilab près de Chicago à l'aide d'un détecteur massif situé 730 kilomètres plus loin.
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