Pasteur forgea le mot vaccinationvaccination pour désigner l'injection préventive, dans le sang d'un individu, d'un germegerme microbien pathogènepathogène dont la virulence avait été artificiellement atténuée. Cela immunisait l'individu contre la maladie en cas de rencontre ultérieure avec le germe virulent. Le terme vaccination rendait hommage à une pratique empirique généralisée par le médecin anglais Jenner au XVTIIe siècle: l'injection de broyats de pustules de vachesvaches atteintes de cow-pox (ou vaccine), une maladie bénigne qui immunisait contre la variolevariole.

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On savait depuis l'Antiquité qu'un patient guéri d'une maladie contagieuse (variole, rougeolerougeole, scarlatine, oreillonsoreillons, etc.) ne contractait jamais une deuxième fois cette maladie. Cette absence de récidiverécidive avait incité certains médecins du XVIIIe siècle à pratiquer, en reprenant d'anciennes méthodes chinoises, l'inoculation préventive à des enfants de broyats de croûtescroûtes de varioleux pour tenter de les protéger contre la variole. La question de l'utilité de "l'inoculation" restait très discutée au XIXè siècle, parce que des "accidents mortels" suivant l'inoculation étaient assez fréquents.

Pasteur aborda la lutte contre les maladies contagieuses vers 1870, au beau milieu de sa carrière scientifique, alors qu'il avait déjà élaboré sa "théorie des germes" (microbiens) pour expliquer les fermentationsfermentations et les putréfactions et après avoir remporté de grands succès dans la lutte contre les "maladies" de la bière, du vin, du vinaigre, des fromages ou encore contre les maladies des vers à soievers à soie. Certaines particularités de la formation intellectuelle de Louis PasteurLouis Pasteur se révélèrent, paradoxalement, favorables à ses nouvelles recherches:

1. Pasteur était chimiste et non biologiste. Cela entraînait le savant vers l'étude des transformations chimiques provoquées par les microbesmicrobes beaucoup plus que vers l'étude de leur morphologiemorphologie ou de leur position systématique. Contrairement à une légende trop répandue, Pasteur n'a pas beaucoup utilisé le microscopemicroscope.

2. Pasteur n'avait aucune formation de naturaliste ni de médecin (à la différence de son grand rival allemand Robert KochRobert Koch). Ceci eut pour conséquence inattendue de pousser Pasteur vers le lamarckisme (où il pouvait retrouver les desseins d'un Créateur tirant les êtres vivants vers toujours plus de perfection) plutôt que vers le darwinismedarwinisme qu'il connaissait très mal. On ne trouve, dans les oeuvres de Pasteur, aucune réflexion sur la variation intraspécifique ou sur la sélection naturellesélection naturelle. En revanche, le concept lamarckien d'une transformation directe des propriétés d'un être vivant par le mileu le confortait dans ses recherches: trouver un procédé "d'atténuation de la virulence" d'un microbe en changeant les conditions de culture du microorganisme. Robert Koch, darwinien convaincu, faisait au contraire de la virulence d'un microbe un caractère spécifique, peu sensible aux changements de milieu.

3. Il convient enfin de signaler l'idéologie positiviste et scientiste des milieux scientifiques français dans laquelle baignait Pasteur; absolument déterministe, le savant croyait possible de modifier la nature après avoir découvert les lois des phénomènes. Pasteur était donc convaincu de pouvoir vaincre la maladie par la recherche du "germe" responsable et la modification des conditions de développement de ce germe dans l'organisme.