L'environnement microbiologique pourrait-il influencer la présence et le caractère infectieux du SARS-CoV-2 ? Une étude préliminaire a tenté d'apporter des pistes de réponses à cette question en récoltant et en analysant des échantillons à l'Hôpital de San Diego, en Californie. 

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La pandémie de Covid-19 a entraîné pléthore de recherches afin de mieux comprendre le virusvirus à l'origine de la maladie : le SARS-CoV-2SARS-CoV-2. Si le virus et son génome ont été décortiqués de fond en comble -- permettant la mise au point extrêmment rapide de vaccins --, l'environnement microbiologique dans lequel évolue le virus a été laissé de côté. En effet, un virus n'évolue pas seul. Il fait partie d'un environnement microbien qui peut potentiellement maximiser sa présence et sa contagiosité (on parlera d'effets synergiques) ou au contraire minimiser ces facteurs (on parlera d'effets antagonistesantagonistes). Il est donc important de comprendre dans quel milieu évolue le SARS-CoV-2 afin de pouvoir évaluer les environnements microbiens à risque de la même façon qu'évaluer la présence de CO2 dans l'airair permet de renseigner sur la probabilité que des aérosolsaérosols viraux soient présents.  Une récente étude parue dans la revue Microbiome apporte quelques pistes sur le sujet des environnements microbiens favorables au SARS-CoV-2. 

Des échantillons prélevés dans un hôpital californien 

Les chercheurs américains ayant participé à cette étude ont collecté 972 échantillons provenant de personnes (patients, soignants) et de surfaces (sol, barres de lit, etc.) et les ont analysés à l'aide de tests PCR pour séquencer le métagénome microbien des échantillons. Ils ont ensuite classé les différents environnements identifiés à l'aide d'analyses de forêts d'arbres décisionnels, des techniques statistiques d'apprentissage, qui permettent de faire des prédictions à partir d'un jeu de données de grande dimension. Grâce à leurs résultats, les chercheurs pouvaient prédire de façon robuste la présence de SARS-CoV-2 dans différents échantillons. Un genre de bactérie est sortie du lot et semble être un facteur déterminant pour le virus : les Rothia, des bactéries aérobies à gram positif appartenant à la famille des Micrococcacées.

Le SARS-CoV-2 évolue dans un environnement microbien particulier. © Siarhei, Adobe Stock
Le SARS-CoV-2 évolue dans un environnement microbien particulier. © Siarhei, Adobe Stock

Les futures études à conduire

Cette étude a permis d'identifier des récurrences et des indices dans l'environnement microbien complexe. Désormais, pour mieux comprendre les interactions entre le SARS-CoV-2 et son environnement microbien, il faut passer du côté de la recherche expérimentale en laboratoire. Dans leur article, les investigateurs suggèrent que des études utilisant des modèles animaux soient réalisées en faisant varier la présence de certains micro-organismesmicro-organismes et de mesurer la réplicationréplication et la contagiosité du virus. Cela pourrait conduire à développer des technologies et des stratégies pour contrôler l'environnement microbiologique au sein des structures de soins.