Le génome d'une plante ressuscitée séquencé pour la première fois

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En 2020, des chercheurs avaient réussi à faire germer des graines âgées de 2.000 ans d'un dattier de Judée, Phoenix dactylifera (voir notre précédent article, ci-dessous). Aujourd'hui, des chercheurs de l'université de New York ont séquencé le génome de certains de ces palmiers, réalisant ainsi le premier séquençage d'une espèce « ressuscitée ».

« Par chance, les graines de palmier-dattier vivent très longtemps et peuvent germer avec un minimum de dommages à l'ADN, dans l'environnement sec de la région, se félicite Michael D. Purugganan, qui a dirigé l'étude publiée dans PNASEn ravivant du matériel biologique tel que les graines anciennes, nous pouvons non seulement étudier les génomes des populations perdues, mais aussi, dans certains cas, redécouvrir des gènes qui peuvent avoir disparu dans les variétés modernes. »

Répartition des palmiers-dattiers Phoenix dactylifera et Phoenix theophrasti. Le rectangle dans la région du Levant méridional (en rose) indique l’endroit où les graines ont été trouvées. © Muriel Gros-Balthazard et al., PNAS, 2021

Ce qui est assez fascinant dans ce cas précis, c'est que les chercheurs ont pu retracer l'influence croissante de l'Empire romain dans la région du Levant à partir de ces graines. L'article montre que le génome du palmier de Judée a commencé à intégrer de plus en plus de gènes de palmiers de Crète (Phoenix theophrasti) entre le IVe siècle avant J.-C. et le IIe siècle après J.-C. « Les palmiers-dattiers de Judée ont probablement recueilli ces gènes étrangers à mesure que l'Empire romain s'étendait au Moyen-Orient, apportant avec eux des dattes et des graines des îles grecques. Cela peut avoir conduit à l'hybridation des deux espèces », décrit Michael Purugganan.

La « génomique de la résurrection » risque toutefois d'être assez limitée, car les échantillons comprenant de l'ADN suffisamment intact sont très rares. Et lorsqu'on dispose d'un seul spécimen, on ne peut pas être sûr que son génome soit représentatif de toute l'espèce.

Un dattier de l'espèce Phoenix dactylifera. © zatletic, Adobe Stock
Pour en savoir plus

Des scientifiques ont fait germer des graines d'un palmier vieilles de 2.000 ans

Article de Julie Kern publié le 15/02/2020

Ce sont les graines les plus anciennes à avoir germé ! Issues d'une espèce de dattier (Phoenix dactylifera), elles ont été collectées au fil des ans dans des grottes et dans un ancien palais construit durant le règne d'Hérode. Plusieurs d'entre elles ont pu s'ouvrir grâce à l'intervention d'un groupe international de scientifiques.

Pour les sortir de leur état de dormance, les graines ont été plongées dans l'eau et dans l'acide gibbérellique pendant 24 heures. Deux autres bains d'hormones ont permis de stimuler la croissance des racines et des parties végétatives. Seulement six parmi les 32 jugées viables ont germé. Puis, elles ont poussé tranquillement en pot, à l'abri, au sud d'Israël. Génétiquement, elles sont un mélange de plusieurs cultivars de dattier présents dans la région.

Pour attester leur âge, les scientifiques ont utilisé la méthode du carbone 14 sur des fragments de tégument de la graine. Les six graines germées sont âgées d'environ 2.000 ans, ce qui font d'elles les graines les plus anciennes encore capables de donner naissance à une plante viable. Le précédent record était détenu par une graine de lotus vieille de 1.300 ans.

La morphologie des six graines de dattes étudiées. © Sarah Sallon et al. Science Advances
Les graines ont donné des plantes viables. Voici les états après plusieurs mois de croissance. © Sarah Sallon, et al. Science Adavnces
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