Le prophage correspond à la forme du bactériophage lorsqu'il est inséré dans le génome de la bactérie infectée.
On parle alors de virus lysogène, par opposition au virus lytique, qui, lui, se multiplie et tue la cellule. Un même bactériophage peut se retrouver sous une ou l'autre forme.
Sous la forme prophage, le virus n'est pas virulent, mais exprime ses propres gènes grâce à la machinerie cellulaire de l'hôte.
Il peut rester sous cette forme aussi longtemps que la bactérie n'est pas stressée. Le phage peut même être transmis à la descendance de la bactérie par simple duplication de son génome (et ce celui du virus) lors de la multiplication cellulaire.
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