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Le prophage correspond à la forme du bactériophagebactériophage lorsqu'il est inséré dans le génomegénome de la bactériebactérie infectée. 

On parle alors de virusvirus lysogène, par opposition au virus lytique, qui, lui, se multiplie et tue la cellule. Un même bactériophage peut se retrouver sous une ou l'autre forme.

Sous la forme prophage, le virus n'est pas virulent, mais exprime ses propres gènesgènes grâce à la machinerie cellulaire de l'hôtehôte.

Il peut rester sous cette forme aussi longtemps que la bactérie n'est pas stressée. Le phage peut même être transmis à la descendance de la bactérie par simple duplication de son génome (et ce celui du virus) lors de la multiplication cellulaire.