Des bactéries vivant profondément dans une grotte isolée et jamais visitée par l’Homme sont résistantes à plusieurs antibiotiques utilisés couramment en médecine. La découverte pourrait permettre de mieux comprendre les mécanismes qui poussent les pathogènes à supporter les traitements médicamenteux, une résistance qui représente une grande menace pour la santé mondiale.
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Les antibiotiquesantibiotiques montrent leurs limites. Si depuis l'après-guerre leur utilisation massive a contribué à sauver de nombreuses vies, l'humanité est en passe d'être confrontée aux effets pervers. La sélection naturellesélection naturelle a fait son œuvre et de plus en plus de souches bactériennes survivent à une combinaison d'agents antimicrobiens. Des maladies devenues bénignes pourraient redevenir mortelles si on ne propose pas de nouvelles solutions.

D'où provient la capacité de ces procaryotesprocaryotes à s'adapter aussi bien ? Les mécanismes ne sont pas encore clairs. L'Homme et son usage intensif des médicaments a profondément modifié la nature du microbiotemicrobiote, mais ces êtres vivants étaient-ils déjà prêts à supporter les antibiotiques ? Une nouvelle étude publiée dans Plos One apporte des éléments supplémentaires qui confortent cette hypothèse.

Des bactéries isolées pourtant résistantes aux antibiotiques

Des chercheurs des universités de McMaster (Canada) et d'Akron (États-Unis) sont allés prélever des bactéries dans les recoins les plus profonds de la grotte de Lechuguilla, au Nouveau-Mexique. Découverte en 1986, elle a été aussitôt interdite d'accès, à l'exception de quelques scientifiques agréés. Les êtres qui s'y sont développés sont isolés du reste du monde depuis au moins 4 millions d'années, ce qui signifie qu'ils n'ont jamais été confrontés à l'Homme ni au fruit de ses activités, en particuliers ses antibiotiques.

La grotte de Lechuguilla est l'une des plus longues du monde, avec 210 kilomètres de galeries, pour une profondeur de 489 mètres. Dotée de particularités géologiques, elle est aussi considérée comme l'une des plus belles grottes du monde. On considère qu'il faut 10.000 ans à l'eau qui s'infiltre pour atteindre certains endroits. Ce sont dans ces mêmes lieux, non pollués par l'Homme, que les bactéries ont été récoltées. © <em>McMaster University</em>

La grotte de Lechuguilla est l'une des plus longues du monde, avec 210 kilomètres de galeries, pour une profondeur de 489 mètres. Dotée de particularités géologiques, elle est aussi considérée comme l'une des plus belles grottes du monde. On considère qu'il faut 10.000 ans à l'eau qui s'infiltre pour atteindre certains endroits. Ce sont dans ces mêmes lieux, non pollués par l'Homme, que les bactéries ont été récoltées. © McMaster University

Pourtant, parmi les 93 souches testées avec 26 agents antimicrobiens d'utilisation courante, toutes étaient résistantes à au moins l'un d'entre eux. La palme revient à trois variétés différentes de Streptomyces spp. tolérant sans en pâtir 14 antibiotiques. Globalement, chaque moléculemolécule a toujours été confrontée à une colonie résistante au minimum.

De manière assez surprenante, certaines colonies de bactériesbactéries Gram positif ont développé une insensibilité à la daptomycine, un principe actifprincipe actif récemment utilisé en dernier recours face à des infections au streptocoquestreptocoque doré (Staphylococcus aureus) multirésistant. Si cette tolérance a été répertoriée depuis quelques années dans le microbiote ambiant, et de manière encore très parcellaire, on n'imaginait pas la retrouver chez des organismes isolés depuis aussi longtemps.

Ce travail appuie donc l'idée que les bactéries sont intrinsèquement équipées pour lutter contre les molécules censées les combattre. Reste maintenant à mieux comprendre à quel niveau et comment ces organismes parviennent à lutter contre les antibiotiques, de manière à contrer ces mécanismes dans le cas d'infections par des souches contre lesquelles nos médicaments n'ont plus aucun effet.