Depuis quand le variant Omicron circule-t-il en Europe ?

Le 24 novembre 2021, l'Afrique du Sud a signalé à l'Organisation mondiale de la santé (OMSOMS) la présence d'un nouveau variant du coronaviruscoronavirus sur son territoire. Deux jours plus tard, il est classé comme variant préoccupant et baptisé Omicron. La découverte du variant Omicron coïncide avec une augmentation dramatique des cas de Covid-19Covid-19 en Afrique du Sud, notamment dans la région de Johannesbourg, un mois après la fin du pic de juin-octobre alimenté par le variant Delta. 

Les efforts de dépistagedépistage et de séquençageséquençage du gouvernement sud-africain ont levé le voile sur ce variant pas comme les autres. Il appartient à la lignée B.1.1.529 dont les origines phylogénétiquesphylogénétiques échappent encore aux scientifiques, tout comme les effets de sa protéine S hyper-mutée sur son comportement. Dans la foulée de ce signalement, beaucoup de pays ont suspendu leurs liaisons aériennes avec l'Afrique du Sud et ses voisins, eux aussi concernés par l'émergenceémergence d'Omicron. C'est toute l'Afrique australe qui devient inaccessible. L'OMS s'est prononcée en défaveur de ces mesures qui n'arrêtent pas la progression d'un virus. Bien avant le signalement du 24 novembre 2021, le variant Omicron était déjà en Europe.

Le variant Omicron présent aux Pays-Bas et en Écosse mi-novembre

Dans un communiqué paru le 30 novembre 2021, l'Institut national de santé publique et de l'environnement (RIVM) des Pays-Bas indique que des cas de variant Omicron ont été identifiés dans le pays lors de prélèvements réalisés entre le 19 et 23 novembre 2021. À cause d'une anomalie sur la protéine S lors des tests PCRtests PCR, le RIVM a demandé le séquençage pour confirmer la nature du SARS-CoV-2 présent. Au 29 novembre 2021, les résultats tombent : deux de ces prélèvements sont positifs pour le variant Omicron. Le lien avec l'Afrique du Sud n'est pas confirmé. Le 26 novembre 2021, 641 passagers d'un vol en provenance de l'Afrique du Sud ont été dépistés à l'aéroport Schiphol d'Amsterdam. Parmi eux, 61 cas de Covid-19, dont 14 cas de variant Omicron ont été identifiés.

En Écosse, neuf cas de variant Omicron ont été confirmés dès le 20 novembre 2021, soit quatre jours avant le signalement à l'OMS. Ces individus infectés, rassemblés à l'occasion d'une fête privée, n'ont a priori aucun lien direct avec l'Afrique du Sud ni aucun contact avec un tiers ayant voyagé récemment dans le pays. Les enquêtes de contact tracing sont toujours en cours pour remonter la source de la contamination.

Le nouveau variant du coronavirus était présent en Europe plus tôt qu'on ne le pensait. © famveldman, Adobe Stock

Omicron hors d'Afrique du Sud avant le signalement et les restrictions aériennes

Si le signalement de l'Afrique du Sud a eu lieu le 24 novembre 2021, un échantillon dans lequel le variant Omicron a été identifié date du 9 novembre 2021. C'est le cas confirmé le plus ancien connu à ce jour. Le temps que les autorités sanitaires séquencent, assemblent, comprennent et soumettent le génomegénome du variant Omicron à l'OMS et aux initiatives qui suivent l'émergence des variants dans le monde, il avait déjà quitté le territoire. Les restrictions aériennes décidées après coup n'ont pas changé la donne. L'Afrique du Sud s'est sentie sanctionnée pour avoir signalé un nouveau variant du SARS-CoV-2, dont la contagiosité et la sévérité ne sont pas encore connues.

Au moment de la rédaction de cet article, une vingtaine de pays ont déclaré la présence du variant Omicron sur leur territoire. En Afrique du Sud, il représente 73,5 % des variants séquencés ces quatre dernières semaines.