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Un phytolithe est un minéralminéral. Ce résidu inorganique est toutefois d'origine biologique, il résulte de la décomposition des plantes et est donc un microfossilemicrofossile végétal. Sa taille ne dépasse pas le micromètremicromètre.

Les racines des végétaux captent les minérauxminéraux nécessaires à la croissance de la plante, et certains éléments, en abondance dans le milieu, se cristallisent. Les phytolithes sont principalement des particules d'opale-A (SiO2 • nH2O) qui ont précipité.