Un phytolithe est un minéral. Ce résidu inorganique est toutefois d'origine biologique, il résulte de la décomposition des plantes et est donc un microfossile végétal. Sa taille ne dépasse pas le micromètre.
Les racines des végétaux captent les minéraux nécessaires à la croissance de la plante, et certains éléments, en abondance dans le milieu, se cristallisent. Les phytolithes sont principalement des particules d'opale-A (SiO2 • nH2O) qui ont précipité.
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