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La séquestration naturelle du CO2 est l'ensemble des mécanismes naturels qui conduisent à la fixation du CO2 de l’atmosphère ou de l'eau dans la biosphèrebiosphère et dans la lithosphèrelithosphère.

Il s'agit donc des puits de carbonepuits de carbone continentaux et océaniques qui forment de la matièrematière organique carbonée et des carbonates, au travers de réactions biochimiques (photosynthèsephotosynthèse, biocalcification) ou chimiques (précipitation, complexation).