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Des bactéries partout !!!

Dossier - Quand bactéries et uranium font bon ménage...
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Depuis une vingtaine d'année, grâce aux outils de la biologie moléculaire, l'immensité du monde bactérien est apparue aux microbiologistes. Les quelques 5000 espèces connues à ce jour ne sont que la partie émergée de l'iceberg. Les bactéries sont capables de s‘adapter à des conditions de vie extrêmement variées et, peuvent se développer en présence de fortes concentrations de molécules toxiques.

  
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Toute la problématique des microbiologistes qui s'intéressent aux bactéries de l'environnement est de répondre à quelques questions simples : combien sont-elles ? où sont-elles ? qui sont-elles ? que font-elles ? Pour répondre aux deux premières questions, les techniques de microbiologie classique (culture sur milieu solide) ont été utilisées pour dénombrer les colonies obtenues à partir d'un échantillon. A partir d'un gramme de sol, par exemple, on peut obtenir jusqu'à 108 colonies sur boite. Une grande diversité de biotopes ont ainsi été étudiés mais la véritable révolution a eu lieu en 1980, où le dénombrement des micro-organismes a pu être fait in situ, grâce à des sondes fluorescentes comme le DAPI. Ces techniques, indépendantes de la mise en culture, ont révélé l'existence d'une diversité jusque-là insoupçonnée et ont véritablement bouleversé notre vision du monde bactérien. Par exemple, comme on le voit sur la figure ci-dessous, un gramme de sol peut contenir plus de 1010 cellules.

Observation au microscope des micro-organismes du sol après coloration au DAPI (D'après Torsvik and Ovreas ; Curr. Opin. Microbiol. 2002, 5 :240-245).


Image de microorganismes visualisées en fluorescence dans des sédiments (a), de l'eau (b), une éponge (c) et des racines de tomates (d) 
©  Schleper C, Jurgens G & Jonuscheit M (2005) Nat. Rev. Microbiol. 3:479-481

On a ainsi pu établir que 99% des bactéries de l'environnement ne sont pas cultivables dans les conditions du laboratoire. La quantité de cellules bactérienne sur terre est estimée à plus de 1030, représentant ainsi 60 à 100% de la masse de carbone contenue dans les plantes. L'exploration de biotopes variés a révélé la présence de bactéries sur terre et dans les océans, en particulier dans des milieux extrêmes comme les déserts arides, les glaces polaires, les sources chaudes, les fumeurs noirs sur les dorsales océaniques, les milieux acides, salins, radioactifs, pollués...mettant ainsi en évidence leurs extraordinaires capacités d'adaptation. Elles constituent donc un réservoir énorme de diversité avec une impressionnante étendue d'habitats colonisés et de processus biochimiques et moléculaires mis en œuvre.