Santé

Exploitation de la diversité : une approche métagénomique

Dossier - Quand bactéries et uranium font bon ménage...
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Depuis une vingtaine d'année, grâce aux outils de la biologie moléculaire, l'immensité du monde bactérien est apparue aux microbiologistes. Les quelques 5000 espèces connues à ce jour ne sont que la partie émergée de l'iceberg. Les bactéries sont capables de s‘adapter à des conditions de vie extrêmement variées et, peuvent se développer en présence de fortes concentrations de molécules toxiques.

  
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La seconde approche consiste à travailler sur la population bactérienne dans son ensemble, en s'affranchissant de l'étape de mise en culture, puisqu'au cours de celle-ci, 99 % de la diversité est perdue. Ici, nous nous intéressons au métagénome c'est à dire à l'ensemble des génomes des espèces de ces sols.

Nous cherchons à isoler de ce métagénome, les déterminants génétiques de la résistance à l'uranium. La stratégie utilisée (voir shéma ci-dessous) consiste à introduire des fragments de l'ADN environnemental dans une bactérie hôte, sensible à l'uranium, que l'on va chercher à rendre plus résistante grâce à cet ADN étranger. Une fois sélectionné, ce fragment d'ADN est séquencé puis analysé.

Ici, on n'a donc jamais accès à l'espèce bactérienne de départ mais on peut mettre en évidence des mécanismes nouveaux et avoir accès aux ressources génétiques des organismes non cultivables également.

Conclusion :

Outre l'intérêt fondamental de la compréhension des interactions vivant/uranium au niveau moléculaire, la connaissance de ces processus pourra servir de base pour proposer des solutions de décontamination de sols par des procédés de bioremédiation.

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